Не успокоившись на этом, Вишневский нажал на Фадеева, которого "Литгазета" тоже не раз поругивала за срывы как в организационной, так и творческой работе. Поддавшись чувствам, Фадеев решил устранить неудобного критика из "Литгазеты" именем Сталина.
Эту некрасивую историю подробно потом описал в своих мемуарах Валерий Кирпотин. Он рассказывал: "Снял Фадеев Войтинскую не просто, а именем Сталина. Он так ей и сказал:
- Вы должны уйти по указанию товарища Сталина.
Войтинская, свято верившая в революцию, пережила шок. От испытанного потрясения лишилась дара речи. Но писать она не разучилась. Войтинская написала Сталину: она не жалеет о должности (Сняли - назначили! Не в первый раз). Но её сняли именем Сталина, которому она предана до гробовой доски, за которого готова умереть.
Письмо - самое "мудрое", которое можно было только написать, ибо оно было не придуманное, оно шло из глубины души, искренне, наивно, и потому действительно остановило на себе внимание Сталина.
Войтинской неожиданно позвонил Поскрёбышев:
- Кто у телефона?
- Муж.
- Позовите вашу жену, с нею будет говорить Сталин.
- Сталин?! Извините, она не может подойти к телефону. У неё паралич речи.
Трубку положили.
Новый шок вызвал то, что в философии называется отрицанием отрицания. Она заговорила.
Войтинская бросилась к телефону, билась, билась, но Сталин дважды не звонит. Так она и не добилась связи" (В. Кирпотин. Ровесник железного века. - М., 2006).
Из "Литгазеты" Войтинскую перевели в "Известия" на должность заведующей отделом искусства. Но там она тоже не прижилась.
В 1945 году Войтинская вернулась к научной работе и стала преподавать в Высшей партшколе при ЦК КПСС. Ей давно хотелось подготовить работу о Чернышевском. В 1946 году Войтинская на своих довоенных материалах защитила диссертацию "Н.Г. Чернышевский в борьбе за материализм", получив звание кандидата философских наук.
Но тут в стране началась борьба с космополитами, и Войтинскую обвинили в распространении чуждых идей. Главными её обличителями стали бывший руководитель Агитпропа в ЦК Г. Александров, секретарь парткома Института философии Ф. Константинов и главный редактор журнала "Вопросы философии" Д. Чесноков. В письме на имя секретаря ЦК ВКП(б) Г. Маленкова они 21 марта 1949 года заявили, что "Розенталь и Войтинская в своих книгах о Н.Г. Чернышевском утверждали, что не русские мыслители и русская философия, а фейербахианство выражало революционно-демократические тенденции русского исторического процесса". Но тогда это обращение "начальников" советской философии серьёзных последствий для Войтинской не имело. Из Высшей партшколы её "выдавили" на творческую работу лишь после смерти Сталина, уже при Хрущёве.
В конце 1950-х - начале 60-х годов главной печатной площадкой для правдолюбки стала новая газета "Литература и жизнь", где ей предложили регулярно печатать обзоры провинциальных журналов.
Незадолго до смерти Войтинская направила руководителям Московской писательской организации заявление по поводу итогов Четвёртого съезда писателей. Она пришла к выводу, что литературный генералитет разучился работать с творческой интеллигенцией. В качестве примера критик привела судьбу Солженицына, которого начальство чуть не затравило.
В своём заявлении Войтинская спрашивала: "Верно ли политически репрессировать молчанием талант А. Солженицына? Вряд ли это поможет ему творчески, полноте анализа литературного процесса. Его творческая судьба к тому же волнует многих. Напомню, что А. Солженицын систематически обращался к нам за помощью. В разговоре с Г.М. Марковым мне было сказано, что Солженицын будет вызван для творческого разговора в Секретариат ССП. Идея разумная, и очень жаль, что разговор этот не состоялся до съезда. Многого бы мы избежали, в частности, апелляции к съезду. Напомню, что вопрос о границах цензуры подымался А. Фадеевым, Н. Погодиным и В. Вишневским во второй половине 30-х годов. Каждому ясно, что в любом, тем паче социалистическом, государстве должна существовать цензура, ограждающая это государство от влияния буржуазной идеологии. Но в практической сфере её компетентности и границ и ныне далеко не всё благополучно. Напомню, что П.Н. Демичев на нашем партийном собрании обещал навести порядок в цензуре <[?]> Я далеко не всё разделяю в письме А. Солженицына, но убеждена, что он очень талантлив и честен. Вот почему я уже много месяцев борюсь, чтобы с ним побеседовали дружески, серьёзно. Это в интересах хозяйского отношения к литературе[?] Убеждена, что было бы куда плодотворнее по-хозяйски помочь Солженицыну. И, даже поспорив, издать его лучшие рассказы в "Советском писателе". А в нашей периодике, "Литгазете" или даже "Правде", напечатать его статью на любую политически приемлемую для нас и него тему[?] Доверие, окрыляя человека, приближает его к нам".