В лучших романах Золя имеется несколько пластов. Первый связан с магистральной темой цикла (протест против искажения природы человека в империи), которая зачастую трактуется сатирически и даже гротескно. Второй – с социологией интересующей Золя в данный момент профессии. Третий – с эротической темой, трагическим мотивом неудовлетворённого желания. Наконец, Золя нередко напоминает о себе как импрессионист и лирик.
Существует мнение, что в «Ругон-Маккарах» Золя преодолел «ограниченность» натурализма и пришёл к широким социальным обобщениям. Думается, точнее сказать иначе. Как натуралист Золя всё время менялся. Его путь от «Терезы Ракен» к роману «Жерминаль» — это путь к социально-биологическому образу мира.
Название романа «Жерминаль» имеет немало оттенков, связанных с весной, зарождением новой жизни, социальным протестом (жерминаль, или март-апрель, – седьмой месяц по календарю революции 1789–1794 годов), с незримым трудом, который обеспечивает благосостояние тех, кто «наверху». В центре романа – страдания шахтёров. Они буквально приносят себя в жертву Молоху – шахте Ворё, «злому хищному зверю». Это ненасытное божество обрекает семью Маэ быть вечными детьми голода. «Они» (Посёлок двухсот сорока) довольствуются самым элементарным, как бы борются за огонь (кусок мяса по праздникам, можжевеловая водка, полуживотные радости). Шахтёров, правда, поддерживает внутреннее достоинство человека труда, но оно сродни покорности лошадей, годами в штольнях не видящих света. Тем не менее сокращение жалкой получки приводит к явлению «красного призрака революции». Хотя взрыв народного гнева (уподобляемый Золя первобытной силе природы, ветру) и укрощён, в перспективе он обещает гибель империи и освобождение труда.
Трактовка темы «гроздьев гнева» в романе связана прежде всего с образом Этьена. Он появляется в Монсу тёмной зимней ночью и через год покидает посёлок весной на заре, когда всходят хлеба. За это время к его фамильным чертам «человека-зверя» добавляются свойства аналитика, комментатора происходящего. Мечтая о справедливости, Этьен берётся за самообразование, становится свидетелем того, как стачку пытаются направить в нужную им сторону разные силы. Плюшар – марксист, профессиональный агитатор; Раснёр придерживается реформистских взглядов, содержит пивную, где проповедует свои взгляды; Суварин – поклонник Бакунина, мистик индивидуального насилия. Этьен приходит к выводу, что все они далеки от народной жизни.
В итоге и сам он пытается возглавить бунтующих и даже сравнивается Золя с «апостолом», проповедником новой церкви. Многие из рабочих поверили в Этьена, но дальнейшее развитие событий показало, что бессознательный порыв в народном восстании несравнимо сильнее сознательного начала. Этьен вызвал к жизни дремавшие в народе стихийные силы и, сокрушив тем самым хрупкие рамки пусть даже несправедливого социального договора (к этому стремится, взрывая шахту, и Суварин), оказался сметённым ими. На глазах Этьена, уже не вожака, а вынужденного наблюдателя, бастующие становятся гигантским «человеком-зверем». Искупление вины труда, как демонстрирует Золя, не происходит, её корни в некоей вековой, общеродовой вине, и апофеозом восстания поэтому становится зловещая кастрация уже мёртвого тела Мегра (несколько позже чёрные руки вечно голодного деда Бессмертного также инстинктивно сомкнутся вокруг белой шейки «булки»-богачки Сесиль). По трагической иронии становится «человеком-зверем» и сам Этьен, расправившись со своим соперником по любви.
Тройная катастрофа, пережитая Этьеном (поражение восстания, крушение на шахте, гибель Катрин), делает его лишним человеком – он стал другим и уже не сможет вновь приспособиться к обычному укладу жизни в Монсу: «Да, всё рушится, как только кто-нибудь вздумает присвоить себе власть. Хотя бы этот знаменитый Интернационал, который призван был обновить мир, – теперь он бессилен, гибнет от бессилия, и вся его огромная армия распалась, раскрошилась от внутренних раздоров. Значит, Дарвин прав: мир не что иное, как поле битвы, где сильные пожирают слабых для улучшения и продолжения вида». Не находя аргументов против Дарвина (и опровергая Маркса), Этьен вступает в противоречие с самим собой, готов признать себя «сильным». Однако стихия перечёркивает и эту иллюзию.