Уже в 1-й сцене («Кремлевские палаты»), предшествующей избранию Бориса Годунова, боярин Шуйский, который расследовал угличское убийство, рассказывает вельможе Воротынскому о Битяговских с Качаловым, которых подослал Борис Годунов. Собеседник заключает: Борис Годунов потому уже месяц сидит, затворясь у сестры, монашествующей царицы Ирины, что «кровь невинного младенца / Ему ступить мешает на престол». Однако оба сходятся на том, что «Вчерашний раб, татарин, зять Малюты, / <…> и сам в душе палач», куда менее родовитый, нежели они, все-таки будет царем на Москве: наступили времена, когда смелость стала важнее знатности и власть достается тому, кто решительнее за нее борется. 3-я («Девичье поле. Новодевичий монастырь») и 4-я («Кремлевские палаты») сцены вроде бы подтверждают боярский «диагноз». Любопытный и равнодушный к своей политической участи народ, плача и радуясь, по указке бояр возводит Бориса Годунова на трон. Бояре и патриарх благоговейно (и отчасти лукаво) слушают речь нового государя.
Характер Бориса Годунова в этой сцене не раскрыт; все это лишь экспозиция, выявляющая завязку глобального исторического сюжета (убийство царевича – моральное поражение «победителя» в борьбе за царскую вакансию – явление самозванца). Собственно сценическая интрига завяжется позже – в сцене «Палаты патриарха», когда читатель (зритель) узнает о бегстве инока-самозванца Григория Отрепьева из монастыря.
Начиная с 7-й сцены («Царские палаты») Борис выходит на первый план. Царь, которого только что покинул колдун (что указывает на неуверенность правителя в своих силах), произносит исповедальный монолог. Он царствует шестой год (столько же лет прошло между гибелью Димитрия и воцарением Бориса; хронологическая симметрия показательна); правление оказалось неудачным – голод, пожары, «неблагодарность» черни. Жених любимой дочери мертв; одной смелости для обладания властью мало; право на нее должно быть подкреплено внутренней правотой:
Почва уходит из-под ног Бориса Годунова – он это чувствует, хотя ничего еще не знает о «воскресении» Димитрия (Патриарх не решился известить государя о бегстве Григория).
Страшная новость настигает Годунова в 10-й сцене (также названной «Царские палаты»); ее спешит сообщить хитрый Шуйский, с которым накануне московский боярин Пушкин поделился вестью, полученной от краковского племянника Гаврилы Пушкина. (Попутно в уста пушкинского предка вложены мысли автора трагедии о разорении древних боярских родов – в том числе «Романовых, отечества надежды» – как о политической причине Смуты. Это рассуждение меняет все «смысловые пропорции» трагедии, где на примере Шуйского показана потеря достоинства древним боярством, а на примере Басманова – изворотливая подлость боярства нового.)
Потрясенный Борис в недоумении: что же такое «законность» власти, избранной всенародно и утвержденной церковно, если мертвые имеют «право» выходить из гроба, чтобы допрашивать царей? Политические следствия порождены моральными причинами; Лжедимитрий способен внушить толпе опасные идеи и повести ее за собою; тень готова сорвать с царя порфиру: «Так вот зачем тринадцать лет мне сряду / Все снилося убитое дитя!»
Сцена 15-я («Царская дума») служит кульминацией «годуновской» линии сюжета. Войска Лжедимитрия движутся на Москву; отправив Трубецкого и Басманова на войну, Годунов держит совет с приближенными: как остановить Смуту? Патриарх, которого Пушкин (вопреки историческому прототипу – Иову) изображает глуповатым добряком, простаком, неожиданно предлагает моральный выход из создавшихся обстоятельств: перенести чудотворные мощи царевича Димитрия из Углича в Архангельский собор столицы.
Но в том-то и дело, что перенести мощи и оказаться в непосредственной близости от своей жертвы Годунов не может, это выше его сил. А значит – он обречен в борьбе с Самозванцем, которого породил. Понимая это, изворотливый Шуйский отводит доводы простодушного Патриарха («Не скажут ли, что мы святыню дерзко / В делах мирских орудием творим?») и объявляет, что сам явится на площади народной и обнаружит «злой обман бродяги». Ситуация трагикомическая; и Годунов (который во время патриаршей речи от ужаса закрывает лицо платком) на протяжении сцены из фигуры злобно-величественной, трагедийной превращается в фигуру полукомическую. Он «жалок» – ибо в нем «совесть нечиста». Он более не властитель, так как зависит от обстоятельств.