Многим литовцам казалось, что этому правительству можно доверять только потому, что им руководила Креве-Мицкявичюс. 19-20 июня 1940 года легитимность нового правительства была признана Президиумом Сейма Литвы и представителями армии, Союза стрелков, создателей добровольцев и представителями других общественных организаций. Надеясь восстановить демократическое правление, лидеры популистского крестьянского союза и Христианско-демократической партии выразили свою лояльность и доверие Народному правительству. Они даже подтолкнули Креве-Мицкявичюс быстрее объявит о новых парламентских выборах, чтобы «восстановить демократию, попранную Сметоной». Газета XX Amžius христианских демократов радовалась, что отныне все граждане смогут пользоваться демократическими свободами, включая свободу вероисповедания, и будет создано новое, более счастливое литовское государство. 23 июня доктор Юозас Леймонас, глава Литовской католической молодежной федерации «Павасарис» («Весна»), по радио призвал членов федерации поместить слова из выступления Палецкис 18 июня «глубоко в их умах и сердцах». Другие активисты также передали поздравления по этому случаю, но среди них не было ни одной еврейской организации.
В то время литовские посланники под руководством Креве-Мицкявичюса пытались убедить правительства аккредитованных стран в том, что новое правительство в Каунасе было законным, сформированным в соответствии с Конституцией и что Литва не была оккупирована, а Советы «не посягали ни на независимость Литвы, ни на ее внутреннюю структуру». Иностранные дипломаты не были отозваны из Каунаса; более того, 21 июня они нанесли визит в Креве-Мицкявичюс, признав таким образом Народное правительство.
Ненависть к правительству Сметоны rбыла настолько сильной, и люди были настолько сыты режимом по горло, что радость от его падения для многих временно затмила угрозу оккупации. В течение короткого периода времени Советам удавалось поддерживать иллюзию краха только режима Сметоны, а не краха государства. Москве не нужно было вводить оккупационный режим, потому что Народное правительство, которое контролировалось группой Деканозова, выполняло функции оккупационной администрации.
16 июня в Литве был объявлен период национальной обороны, но начиная с 22 года Палецкис издал закон, который восстановил статус усиленной государственной защиты, который предоставил широкие полномочия министру внутренних дел. Это было удобно для коммунистов, которые начали приходить к власти: наиболее важные решения принимались не коллегиальным органом и не Народным правительством, а двумя лицами, которые безоговорочно выполняли приказы штаба Деканозова — исполняющим обязанности президента Палецкисом и министром внутренних дел Гедвиласом. 18-20 июня Президент удовлетворил ходатайства о помиловании и освободил из тюрем коммунистов и других лиц, осужденных за коммунистическую деятельность. Указами министра внутренних дел от 19 июня были закрыты Литовский националистический союз и Литовский национальный союз молодежи «Jaunoji Lietuva». 25 июня была легализована Коммунистическая партия Литвы, а несколько дней спустя — Ленинский коммунистический союз молодежи (комсомол) Литвы. Там не было ни слова о легализации политических партий, запрещенных в 1936 году Сметоной. Одним из первых указов Народного правительства было прекращение действия конкордата с Ватиканом. Были предприняты важные шаги по разрушению организационной структуры Литовской Республики. С 1 июля указом Палецкиса был распущен. Тем временем министр внутренних дел по «соображениям национальной безопасности» запретил с 1 июля все некоммунистические организации (социальные, культурные, религиозные) и даже студенческие корпорации. Чтобы ввести контроль над СМИ со стороны оккупационного правительства, 18 июня правительство ужесточило контроль за информацией и прессой. Указом министра внутренних дел от 27 июня с 7 июля были запрещены все некоммунистические газеты и журналы, за исключением официального «Летувос айдас» и временно, до начала августа, исключение было сделано для двух популярных национальных ежедневных изданий «Lietuvos žinios» and «XX amžius». «Lietuvos aidas», редактируемая «беспартийным коммунистом» Йонасом Шимкусом (12 июля переименована в «Darbo Lietuva», а в сентябре в «Tarybų Lietuva»), стала полуофициальной газетой Народного правительства.
С целью создания структур, аналогичных Советскому Союзу, 26 июня местные комитеты ЛКП приступили к формированию народной милиции. 11 июля деятельность Союза стрелков была приостановлена, а начиная с 13 июля организация была разоружена и ликвидирована. Хотя приказ был выполнен, некоторым стрелкам удалось спрятать свое оружие. С конца июня начались увольнения высших военных чинов, губернаторов районов, мэров, начальников полиции, судей и глав волостей (сельских округов). К середине июля было уволено около 350 чиновников высшего и среднего звена. На их должности были назначены коммунисты, комсомольцы или беспартийные, которые им симпатизировали.
Тем временем Совет министров, возглавляемый Креве-Мицкявичюсом, обсуждал второстепенные или даже третьестепенные вопросы и не смог воспрепятствовать разрушению литовского государства, организованному сотрудниками Деканозова. В начале июля коммунисты имели солидное большинство в правительстве, и колеблющиеся министры встали на их сторону. Коммунистическая партия, управляемая Деканозовым и Поздняковым, стала единственной властью, а Совет Министров был послушным исполнителем воли партии.
Нейтрализация Литовской армии
Тот факт, что литовская армия так и не получила никакого приказа оказывать сопротивление вторгшейся Красной Армии, был большой победой Кремля. До включения Литвы в состав СССР самой важной целью Москвы было нейтрализовать литовскую армию. Последние представляли собой организованную военную силу, воспитанную на высоко ценимых идеях защиты независимости страны и патриотизма. Для Москвы было слишком рискованно немедленно распускать литовскую армию, потому что это оставило бы многих людей, потенциально опасных для Советов, вне контроля советского режима: несколько тысяч офицеров, унтер-офицеров и государственных служащих (многие из которых были офицерами и сержантами в отставке), занятых в армии. Более того, было неизвестно, сколько оружия осталось бы у них на руках. У Москвы не было надежных литовских специалистов, которые могли бы заменить командующих литовской армией, как это было в случае с Департаментом государственной безопасности Литвы. Массовые аресты офицеров также были неприемлемы, поскольку это могло спровоцировать сопротивление армии. По-видимому, именно поэтому Москва решила реформировать литовскую армию постепенно. Реформа началась с приказа некоторым потенциально опасным офицерам, особенно тем, кто имеет более высокие звания, уволиться из вооруженных сил, в то время как оставшиеся офицеры были переведены на другие должности.
Уже 19 июня началась нейтрализация армии с отставкой полковника Дж. Пранас Саладжиус с поста командующего Союзом стрелков Литвы, полковника. Антанас Гаусас с должности командира девятого пехотного полка, лейтенант. Полковник. Петрас Кирлис освобожден от должности начальника Второго отдела Управления разведки и контрразведки объединенного штаба сухопутных войск. Начиная с 25 июня увольнения в запас и переводы на другие должности стали массовыми. Это началось с высших командиров, но вскоре распространилось на нижестоящие звания. Перед началом ликвидации литовской армии 188 офицеров были вынуждены уйти в отставку, а 26 из них по требованию Владимира Деканозова и Николая Позднякова были арестованы. В конце июня и в июле почти все лица, занимавшие должности командиров и начальников штабов дивизий, полков, корпусов и батальонов, были вынуждены уйти в отставку или переведены на другие должности.