3 июля 1940 года был принят закон о реорганизации литовской армии. В нем совершенно очевидно подчеркивалось, что литовская армия реорганизована по примеру Красной Армии и носит название «Литовская народная армия». Были введены должности политических руководителей, а также отдел пропаганды в армии, в то время как солдатам разрешалось участвовать в политической деятельности в свободное время. Должности политических руководителей постепенно вводились с 4 июля. За короткий промежуток времени было назначено 306 политических начальников, которые были обязаны контролировать действия командиров и внедрять коммунистические идеи в армию. Таким образом, Коммунистическая партия взяла на себя политический контроль над армией.
Ген. Феликсас Балтушис-Жемайтис. Каунас, 22 июня 1940 года.
Советские военные стремились занять командные должности в литовской армии. По этой причине Феликсас Балтушис Жемайтис, занимавший высокопоставленный пост в Красной Армии, был назначен 12 июля на должность командующего Литовской народной армией (он получил звание бригадного генерала), в то время как днем ранее заместитель начальника политического отдела Орловского пехотного училища, проживающий в России с 1915 года, Йонас Мацияускас был назначен политическим руководителем Народной армии. Дивизионный генерал Винкас Виткаускас остался на посту министра обороны, но его полномочия были строго ограничены. Приказ армии действителен только в том случае, если он подписан министром обороны, командующим вооруженными силами и политическим руководителем армии. Все основные вопросы, связанные с политикой, реорганизацией армии, назначениями, увольнениями и переводами офицеров, решались министром обороны и командующим сухопутными войсками совместно с политическим руководителем сухопутных войск. Два из них были отправлены из Москвы, что, по сути, означало, что советские солдаты взяли под контроль литовскую армию.
Аресты в армии начались 18 июля. В тот день были арестованы начальники Второго отдела (разведка и контрразведка) Управления объединенного штаба армии: полковник Дж. Костас Далкснис, начальник департамента, а также его заместитель, лейтенант. Полковник. Юозас Матусайтис и Петрас Кирлис, глава отдела разведки и контрразведки.
Ген. Йонас Мацияускас. Из альбома «Kovų keliais» («На дорогах сражений»), Вильнюс. 1965.
Их быстро отправили в московские тюрьмы, допросили, а позже убили. Антанас Снечкус, бывший секретарь подпольной Коммунистической партии Литвы, ставший директором Департамента государственной безопасности Литвы, использовал свое влияние для ареста бывших военных комендантов, полковников. Vladas Braziulis (Braziulevičius), Col. Pranas Saladžius, Lieut. Полковник. Йонас Буженас, и бригадный генерал военного прокурора Эмилис Вимерис. В ночь с 23 на 24 июля в военном учебном лагере в Швенченеляе были арестованы 24 рядовых солдата, сержанта и прапорщика, а также восемь офицеров Девятого пехотного полка. Они были арестованы за то, что на митингах, организованных Советами, отказались голосовать за присоединение Литвы к СССР. Поскольку большинство солдат полка выступали против включения Литвы в состав СССР, полк был немедленно реорганизован путем перевода двух своих батальонов в другие полки и включения в свои ряды некоторых батальонов из других полков. Это действие продемонстрировало, что даже малейшее несогласие будет сурово наказываться. За время существования Народной армии до конца августа было арестовано 26 офицеров и 40-50 солдат и сержантов досоветской армии. Остается неизвестным, сколько отставных офицеров было арестовано, но эта цифра могла составлять около 50-60 человек.
Народы Seimas
До официальной аннексии Литвы название Литовской Республики, Конституция, а также остальная законодательная и правительственная структура Литвы и администрации оставались в силе. Представители СССР использовали те звенья литовского государственного аппарата, особенно его исполнительной власти, которые могли помочь осуществлять советскую оккупационную политику, не вызывая подозрений у населения Литвы.
С роспуском Сейма (парламента) Литовской Республики 1 июля стало очевидно, что будут проведены новые парламентские выборы. В тот же день на встрече в посольстве СССР, на которую также были приглашены лидеры Коммунистической партии Литвы и некоторые члены Народного правительства, был одобрен сценарий фарсовых выборов. Однако наиболее важные решения были приняты в Москве, а подготовка к выборам и парламентские выборы проводились во всех трех оккупированных советским союзом странах Балтии одновременно.
5 июля Совет министров под председательством Юстаса Палецкиса принял закон о выборах Народного сейма. 6 июля газеты опубликовали правительственные акты, касающиеся даты выборов (14 июля) и назначения Центральной избирательной комиссии под председательством Владаса Нюнки, члена Центрального комитета Коммунистической партии Литвы (LCP). В тот же день была опубликована предвыборная программа фиктивного Союза трудящихся Литвы (Lietuvos darbo liaudies sąjunga, или LDLS, по-литовски — версия так называемого «Блока коммунистов и беспартийных» 1940 года) было объявлено. На самом деле это была предвыборная программа LCP.
8 июля Центральная избирательная комиссия объяснила, что только организации, зарегистрированные государством, то есть только коммунистические организации (Коммунистическая партия; Комсомол, Международная организация Красной помощи и профсоюзы, возглавляемые коммунистами), могут выдвигать кандидатов в Сейм, поскольку все остальные организации уже были запрещены. Большинство кандидатов были членами LCP, но среди беспартийных кандидатов были также некоторые известные в Литве личности, в том числе писатели Петрас Цвирка, Людас Довиденас, Людас Гира, Стасе Вайнейкене и Антанас Венцлова, опер певица Александра Стаскявичюте, а также два известных театральных актера, Ромуальдас Юкневичюс и Хенрикас Качинскас.
После объявления даты выборов началась безудержная, вводящая в заблуждение и даже лживая пропаганда и агитация. Раздел внешней политики предвыборной программы ЛДЛС провозглашал «дружбу между народами Литовской Республики и Советского Союза и прочный и нерушимый союз Литовской Республики и Союза Советских Социалистических Республик», но ни единым словом в программе не говорилось о том, что Литва будет включена в состав СССР. Раздел внутренней политики предвыборной программы ЛПНП обещал следующее: освободить «трудящихся крестьян» от неуплаченных налогов и долгов; передать землю безземельным крестьянам и крестьянкам, имеющим небольшие участки земли; улучшить финансовое положение промышленных и белых воротничков; расширить и улучшить социальное обеспечение и здравоохранение; развивать национальную культуру; гарантировать равенство всех этнических групп и свободу вероисповедания, а также свободу слова, печати, собраний и ассоциаций; гарантировать безопасность граждан и их собственности.; снизить арендную плату за квартиры; ввести систему регистрации актов гражданского состояния для заключения браков. Все было обещано всем слоям литовского народа, и немедленно. Члены Народного правительства неоднократно заверяли электорат, что независимость Литвы и право владеть частной собственностью будут сохранены.
Самое важное репрессивное учреждение, Департамент государственной безопасности, которым руководил секретарь ЦК ЛКП Снечкус, также готовилось к выборам. 6 июля, то есть в тот же день, когда была объявлена дата выборов, он подписал секретный приказ, в котором говорилось, что «деструктивный антигосударственный элемент, агитирующий против Народного правительства или нарушающий порядок выборов», должен быть немедленно арестован. Аресты начались уже в июне. В политическом лексиконе появился термин «враг народа». Термин был намеренно очень широким и сознательно неопределенным, применяемым не столько к «буржуазии», сколько ко всем, кто, будучи недовольным новым правительством, распространял «слухи» (что Литва оккупирована, что в стране будут колхозы и юта будет заменена рублем) и особенно к тем, кто не будет принимать участия в выборах. Запугивания и угрозы, особенно проставление отметок в паспортах, были эффективной мерой правительства, направленной на то, чтобы заставить электорат прийти и проголосовать 14 и 15 июля (период голосования был продлен).