Большинство атеистических статей и лекций, как и прежде, были прочитаны профессиональными пропагандистами, работавшими в «Жиния» («Полное знание») Общество или группы лекторов, созданные Отделом пропаганды и агитации ЦК ЛКП. В 1979 году насчитывалось 1470 лекторов по атеизму, которые ежегодно читали более 13 000 лекций по «научному атеизму». В 1966 году в ЛССР Музей атеизма был открыт в церкви Святого Казимира в Вильнюсе, которая была закрыта Советами в 1949 году. В 1960-х и 1970-х годах были созданы первые антирелигиозные документальные фильмы: «Kryžiaus šešėlyje» («В тени креста»), «Juodoji procesija» («Черная процессия») и «Ir per amžių amžius» («Во веки веков»). Радио начало регулярно транслировать атеистические передачи. В 1959 году во всех высших учебных заведениях Советского Союза были введены курсы «научного атеизма» (вначале факультативные, но позже они стали обязательными). В высших учебных заведениях были созданы кафедры «научного атеизма». Советский режим в 1960-х годах, преследуя в первую очередь свои внешнеполитические цели, позволил Литовской католической церкви постепенно восстановить свои отношения со Святым Престолом. Советское правительство разрешило представителям Литовской католической церкви участвовать во Втором Ватиканском соборе и выполнять некоторые решения Собора, особенно его решение относительно литургической реформы.
Программа обновления Церкви, предусмотренная Вторым Ватиканским собором, неизбежно стала катализатором сопротивления системе. Советский режим изначально пытался успокоить движение за права верующих в Литве тактикой ограниченных уступок и активизации прямого взаимодействия со священниками и верующими. В 1973 году сторонник агрессивной антирелигиозной политики Ругиенис был заменен на посту представителя Совета по делам религиозных культов более умеренным и вежливым Казимерас Туменас, который старался чаще общаться с духовенством и устанавливать с ними дружеские отношения. Встречи государственных должностных лиц с администраторами епархий, благочинными, рядовыми священниками и приходскими комитетами проводились на регулярной основе. Была разрешена публикация большего количества религиозной литературы, хотя в основном это были некоторые базовые книги, необходимые для религиозных практик и начальной катехизации: миссал, литургические календари, молитвенники и Новый Завет. С конца 1960-х годов квота студентов в тогдашней единственной священнической семинарии Литвы была увеличена — семинарии были возвращены некоторые здания, которые были конфискованы ранее. Советское государство профинансировало за свои деньги капитальный ремонт этих зданий. Однако отбор абитуриентов в семинарию сохранился, и увеличение лимита было компенсировано усилением контроля за внутренней жизнью семинарии. Либерализация порядка ремонта церквей должна была продемонстрировать добрую волю правительства к верующим, но советские власти, игнорируя многочисленные требования верующих, не вернули им церкви в Клайпеде и Игналине, хотя обе церкви были построены на их средства.
Такими уступками ограниченного характера стремились не только устранить наиболее очевидные признаки дискриминации в отношении верующих, но и вызвать столкновение между умеренной частью Церкви и активными защитниками ее прав. Представитель CARC во время своих встреч со священнослужителями и верующими объяснил, что советское правительство не ограничивает свободу вероисповедания и что улучшению отношений между Церковью и правительством препятствуют только «священники-экстремисты», которые выдвигают необоснованные требования и «порочат советский строй». Эти попытки государственной политики не имели большего эффекта, в первую очередь, из-за слишком ограниченных уступок. Об этом ясно свидетельствует «Положение о религиозных объединениях» (RRA), принятое 28 июля 1976 г. Президиумом ЛССР Верховный совет. По сути, в нем не было ничего радикально нового. Однако, по крайней мере, в Литве это был первый случай, когда секретные постановления, касающиеся религиозной деятельности, были публично обнародованы. По этой причине постановление произвело впечатление разорвавшейся бомбы и вызвало новые протесты защитников прав верующих. В 1979 году 550 священников, то есть более половины всех священников Литвы, отказались подчиняться постановлению. В новой Конституции СССР, принятой в 1977 году, принцип, закрепляющий религиозную дискриминацию, также сохранился, только в Советском Союзе была гарантирована свобода атеистической пропаганды и запрещена пропаганда религии. Таким образом, было совершенно понятно, что движение за права верующих не ослабевало, а постоянно расширялось, вытесняя все диссидентские силы в Литве.
Усиление движения за права верующих и опасения, что избрание Кароля Войтылы Папой Римским еще больше усилит деятельность Церкви в Литве, побудили советский режим в начале 1980-х годов ужесточить репрессии. Туменас был освобожден от должности представителя CARC и заменен Петрасом Анилионисом, который до этого в течение пятнадцати лет возглавлял окружной комитет LCP в Купишкисе. Новый представитель CARC пообещал быстро «восстановить все, что Туменас разрушил». Анилионис ожидал, что решительными действиями восстановит ситуацию 1960-х годов. В 1980-1983 годах были осуждены десять мирян и монахов, участвовавших в подпольной деятельности Церкви, а также лидеры движения за права верующих, священники Сигитас Тамкявичюс и Альфонсас Сваринскас,. Католический комитет по защите прав верующих был вынужден прекратить свою общественную деятельность из-за репрессий и общественного давления со стороны правительства, хотя он продолжал функционировать в подполье с 1983 года. В 1980-х годах несколько священников, принимавших участие в деятельности сопротивления, погибли при невыясненных обстоятельствах. Вполне возможно, что советские спецслужбы в большей или меньшей степени способствовали их гибели, стремясь таким образом избежать негативных последствий, которые могли спровоцировать судебные процессы над этими священниками.
’Советское правительство не могло подавить движение за права верующих только репрессиями и пропагандой. Укрепляющаяся система нелегальной подготовки священников вынудила к дальнейшему расширению возможностей официально функционирующей семинарии. В 1979-1983 годах одиннадцать кандидатов, подготовленных в подпольных условиях, были рукоположены в священники. Не признанные правительством священниками, они смогли гораздо свободнее выполнять пастырскую работу, большинство из них также присоединились к борьбе за права верующих. Желая перевоспитать и контролировать более умеренных, Анилионис предложил обсудить возможность легализации некоторых из них. Официально печатаемая религиозная литература стала более разнообразной, и было напечатано больше экземпляров. В 1980 году было разрешено напечатать «Малый катехизис» (тиражом 60 000 экземпляров), в котором был отражен процесс обновления Церкви, начавшийся после Второго Ватиканского собора. Литургические календари, выпущенные в 1979-1981 годах, были заменены в 1982 году значительно более объемным информационным изданием «Католический календарь-каталог».
В 1984 году вышло второе дополненное издание богослужебного молитвослова, тираж которого (160 000 экземпляров) был самым большим из всех официально религиозных изданий за весь советский период. В 1985 году Совет министров ЛССР окончательно отменил дискриминационный тариф на электроэнергию для зданий, используемых в религиозных целях. В 1982 году был достигнут частичный компромисс относительно управления епархиями: епископу Сладкявичюсу разрешили вернуться в Кайшядорис и свободно управлять своей епархией, в то время как епископ Я. Степонавичюс продолжал оставаться в Жагаре.