Летом и осенью 1988 года советское правительство потеряло почти все рычаги контроля над деятельностью Литовской католической церкви. Прежде всего, уже в апреле 1988 года, во время визита литовских епископов в ад лимину, управление Церковью было радикально изменено без предварительного одобрения правительства. Епископ Винцентас Сладкявичюс был избран на пост президента Конференции епископов Литвы вместо уходящего в отставку архиепископа Людаса Павилониса. Первоначальная реакция CARC и Анилиониса была довольно бурной, но они были вынуждены признать свершившийся факт. Всего через несколько недель Конференция епископов во главе с епископом Сладкявичюсом снова без согласия представителя CARC реформировала руководство духовной семинарии. 29 мая 1988 года было объявлено о решении Папы Римского присвоить епископу Сладкявичюсу титул кардинала, что стало одним из важнейших моментов поворотного момента в процессе освобождения Церкви. Используя свой необычайно возросший авторитет, который давал титул кардинала, Сладкявичюс в течение двух месяцев решительно разорвал цепи, которые до тех пор сковывали Церковь.
2 августа 1988 года, выступая на симпозиуме католических священников (в нем приняли участие почти 50 процентов священников Литвы) в семинарии священников, кардинал Сладкявичюс призвал священников не бояться, смело катехизировать молодежь, заниматься благотворительной деятельностью и требовать свободы религиозной прессы. Он также сказал, что администраторы епархий будут назначать священников и принимать студентов в семинарию, не спрашивая разрешения у представителя CARC. Приветствие и прощание преподобного Сваринскас (он был досрочно освобожден из трудового лагеря при условии, что уедет за границу) проявил симпатии общественности летом 1988 года. Видя быстро растущий общественный радикализм, который консервативное руководство ЦК ЛКП, потерявшее всякий авторитет, не могло остановить, Москва не возражала против того, чтобы пленум ЦК ЛКП 21 октября 1988 года избрал приемлемого для Саюдиса Альгирдаса Бразаускаса первым секретарем. Огромный моральный авторитет Церкви побудил новое партийное руководство вернуть Вильнюсский собор верующим во время съезда Саюдиса.
Праздничная Святая месса в кафедральном соборе Вильнюса после того, как здание было возвращено верующим и освящено. Епископ Юлионас Степонавичюс сидит справа.
Папа Иоанн Павел II назначает Винцентаса Сладкявичюса кардиналом.
Перезахоронение останков святого Казимира в Вильнюсском кафедральном соборе. Вильнюс, 1989.
Еще до конца года преподобный Тамкявичюс вернулся из депортации; церковь Марии королевы Мира в Клайпеде была возвращена верующим, было разрешено строить новые церкви в Вильнюсе и Науойи Акмене, большинство священников, окончивших подпольную духовную семинарию, были официально «трудоустроены». В начале 1989 года епископ Я. Степонавичюс вернулся в Вильнюс, мощи святого Казимира были возвращены в восстановленный Вильнюсский кафедральный собор, архиепископ М. Рейнис был реабилитирован, культовые сооружения и другая недвижимость, принадлежавшая религиозным конфессиям, начали постепенно возвращаться. Католический журнал для верующих «Katalikų pasaulis» («Католический мир») начал издаваться официально.
После смены первого секретаря Коммунистической партии Литвы в октябре 1988 года старый член охраны ЦК ЛКП П. Анилионис ушел в отставку с поста представителя CARC. В начале 1989 года его заменил Казимерас Валанчюс, который был дружелюбен по отношению к Церкви. В конце 1989 года статья 50 Конституции ЛССР была изменена. В новой редакции признается, что все религиозные организации обладают правами юридического лица. Религиозные организации по-прежнему были вынуждены согласовывать многие важные вопросы (отношения с зарубежными странами, владение недвижимостью и т.д.) с представителем CARC. 4 октября 1989 года институт CARC был реорганизован в CARC Совета Министров ЛССР и полностью упразднен только после восстановления независимости Литвы.
Сопротивление национальному возрождению
По мере того, как либерализация и демократизация коммунистического режима перерастала в национальное возрождение, все враждебные освобождению силы начали собираться во все более вырисовывающемся консервативном крыле LCP, которое пыталось мобилизовать сторонников, найти какую-то поддержку в обществе. Коммунистическая партия очень старалась создать как можно больше просоветских организаций и движений и вовлечь в них жителей Литвы, в основном нелитовского этнического происхождения, которые были враждебны независимости Литвы. Предшественники этих организаций были основаны в 1988 году как противоположность Саюдису.
Одной из мер по противодействию национальным движениям стран Балтии было создание международных фронтов (альтернативных объединений сторонников прокоммунистической ориентации, не говорящих на родном языке) в странах Балтии. В Литве такой организацией было Социалистическое движение за перестройку в Литве «Виенибе» — Единство — Jednošč (слово, означающее «единство», написано на литовском, русском и польском языках, далее «Единство»). Организация, созданная 4 ноября 1988 года, первой начала борьбу против провозглашения литовского языка государственным языком республики. В 1989 году «Единство», особенно настойчиво в своей прессе — газете своей вильнюсской группы «Виенибе» — «Единство» — «Единый» и появившемся позже республиканском издании «Интердвижение Литвы» («Международное движение Литвы»), протестовало против Закона о государственном языке и призывало русскоязычных и польскоязычных объявить забастовку и, наконец, установить польскую или славянскую автономию. Организация при содействии единомышленников организовала несколько крупных, шумных и агрессивных митингов. 14 мая 1989 года состоялся учредительный съезд организации «Единство», на котором было зарегистрировано 707 делегатов. Валерий Иванов, лидер вильнюсской группы «Единство», стал главой организации. Довольно быстро эта организация присоединилась к основанному позже Фронту трудящихся СССР. Таким образом, в Литве была создана структура, аналогичная структуре «международных фронтов» Латвии и Эстонии, которая должна была координировать антинациональную деятельность в этих странах.
Юрий Гальцев, Иван Кучеров и другие создали еще одну прокоммунистическую организацию — Социалистическую федерацию трудящихся Литвы, которая издавала свой еженедельник «Вместе и наравне» («Вместе и равные»). Заместитель председателя КГБ Станислав Цаплин поддерживал деятельность этой организации, и, несмотря на протесты общественности, она была зарегистрирована 17 января 1990 года. В основном штатные партийные секретари и администрация крупных вильнюсских заводов прямого профсоюзного подчинения учредили «Комитет защиты советской власти в Литве», который с декабря стал учреждением, координирующим действия коммунистических организаций 20 заводов. Совет секретарей вильнюсских коммунистических организаций объединил практически все силы, выступающие против независимости, в компаниях союзного подчинения. Владимир Антонов, секретарь партийной организации научно-исследовательского института радиотехнического завода, возглавлял совет секретарей. Осенью 1989 года противостояние между национально-освободительными силами и промосковскими организациями значительно усилилось.
Разногласия между LCP и Sąjūdis. Раскол LCP