После учредительного съезда Саюдиса, отношения этого движения с LCP некоторое время были довольно дружескими. В то время, после общенациональной эйфории, начался естественный отлив. Уступки руководства ЛКП были важны для Саюдиса, но их решения часто носили не принципиальный, а чисто декоративный характер. Важной вехой, освобождающей Литву от зависимости и безоговорочного подчинения Москве, должно было стать обсуждение поправок к Конституции. 8 ноября 1988 года во время встречи в Риге Народных фронтов прибалтийских республик и Саюдис, представители Эстонии проинформировали других коллег из стран Балтии, что на сессии Верховного Совета Эстонской ССР планируется принять декларацию о суверенитете и поправки к конституции. Представители Народного фронта Эстонии ожидали, что Верховные Советы Литвы и Латвии будут вести себя таким же образом. Однако на сессии Верховного Совета Литовской ССР от 18 ноября 1988 года наиболее важные законы, касающиеся превосходства законов ЛССР над законами СССР, приняты не были. Литовский УВерховного Совета ССР не хватило смелости пойти на этот шаг из-за позиции и поведения первого секретаря ЦК ЛКП Альгирдаса Бразаускаса. Вероятно, из-за давления со стороны Михаила Горбачева, Бразаускас и Лионгинас Шепетис, председательствовавший на заседании, апеллируя к политической реальности, заявили, что Москва немедленно объявит такие законы недействительными. В таких обстоятельствах решение Верховного Совета Литовской ССР было выгодно Москве как «положительный пример* подавления непокорной Эстонии».
В Литве это было первое противодействие партийной организации и администрации Саюдису. Бразаускас и реформаторы LCP потеряли значительную часть поддержки населения. Сторонники радикальных действий укрепились в Саюдисе, их лидером был назван Витаутас Ландсбергис, который, в отличие от лидеров Народных фронтов Эстонии и Латвии, никогда не был членом Коммунистической партии. После сессии Саюдис получил множество писем протеста против правительства Литвы, было собрано 1,8 миллиона подписей, которые показали, что Верховный совет ЛССР не отражает мнения населения Литвы. Стало ясно, что ЛКП еще не освободилась от безусловной зависимости от диктата ЦК КПСС и Москвы и оставалась отделом союзной партийной организации.
20 ноября 1988 года, сразу после упомянутой сессии Верховного Совета ЛССР, сейм Саюдиса собрался на внеочередную сессию, на которой потребовал созыва внеочередной сессии Верховного Совета ЛССР (были собраны подписи почти половины депутатов Верховного Совета) для обсуждения изменений в Конституцию. Сейм Саюдиса принял декларацию «О моральной независимости Литвы». В нем говорилось, что в будущем законными могут быть признаны только те законодательные акты, которые не противоречат независимости Литвы. Саюдис также подготовил проект закона о референдуме, который должен был предоставить нации право самоуправления и даже варианты отделения от СССР. Из-за этих принципиальных разногласий с ЛКП Саюдис перешел в оппозицию к правительству ЛССР. 25 ноября на заседании совета Саюдисского сейма Ландсбергис был избран председателем движения.
Участники 20-го съезда Коммунистической партии Литвы исполняют Государственный гимн. Вильнюс, 29 декабря 1989 года.. Фото В. Гулевифиуса и А. Сабаляускаса
Альгирдас Миколас Бразаускас выступает на 20-м съезде Коммунистической партии Литвы. 1989.
ЛКП не только принял вызов Саюдиса, но и перешел в контратаку. 26 ноября на заседании бюро ЦК ЛКП было заявлено, что некоторые лидеры Саюдиса ставят нереалистичные политические требования на первое место в своей деятельности и обвиняют Саюдиса в том, что он не исключает «лиц, которые не скрывают своих намерений отделиться от Советского Союза и восстановить буржуазный строй в Литве». «Atgimimo banga» («Волна возрождения»), еженедельное шоу Саюдиса на национальном литовском телевидении, было запрещено, предпринимались попытки ограничить саюдисскую прессу; обещания предоставить помещения для Штаб-квартира Саюдиса была «забыта», а ее банковский счет заморожен.
Несмотря на большие разногласия, тем не менее, обе силы пытались избежать открытой конфронтации. В декабре была создана контактная группа из представителей LCP и Саюдиса для прояснения возникающих проблем. Радикалы из Саюдиса и убежденные ортодоксальные коммунисты, которые еще не потеряли надежду дисциплинировать население и вернуть старые порядки, вдохновляли политическую оппозицию. 21 февраля 1989 года пленум ЦК КПК выступил за то, чтобы ‘развитие республик было связано с СССР». Разрыв между Саюдисом и LCP стал очевиден в подходе к будущему Литвы. Однако LCP не удалось перехватить политическую инициативу. Весной 1989 года ЛКП проиграла Саюдису на выборах в Съезд народных депутатов СССР. Реальная власть коммунистов немного уменьшилась, в то время как власть Саюдиса увеличилась. Волей-неволей руководство LCP было вынуждено искать решение.
18 мая 1989 года Верховный Совет ЛССР принял всего за полгода до этого отвергнутую «Декларацию о государственном суверенитете Литовской ССР» и поправки к конституции о превосходстве законов республики над законами СССР — этим шагом, хотя и запоздалым, взяв на себя определенную ответственность за дальнейшие шаги на пути к независимости. Москва даже не отреагировала на эти постановления Верховного Совета ЛССР.
В первой половине 1989 года Саюдис, оставаясь национально-освободительным движением, все чаще стал выполнять некоторые неформальные функции политической партии. В литовской прессе все чаще и чаще возникали дискуссии о способах восстановления независимости. 18 июня 1989 года Сейм Саюдиса принял декларацию о развитии восстановления литовской государственности.
Заявление ЦК КПСС, обнародованное после «Балтийского пути» 26 августа, в котором в сепаратизме обвинялись не только национальные движения стран Балтии, но и Верховный Совет ЛССР за представленную им оценку агрессии СССР против стран Балтии, еще больше усилило необходимость освобождения населения. Однако даже в этой угрозе, напоминающей о сталинских временах, негативные выводы комиссии не были опровергнуты, но пошли разговоры о намерениях Москвы предпринять решительные действия против национализма. Это заявление подтолкнуло некоторых все еще сомневающихся членов LCP и в целом более пассивных людей к принятию решения о необходимости независимости. Вскоре лидеры всех движений стран Балтии заявили, что нет оснований смягчать требование независимости. Совет Саюдиса, в котором выражался протест против того факта, что конституционное право республик принимать решения в отношении суверенитета рассматривалось как политическое преступление, анонсирован отдельный документ. 24 декабря 1989 года Съезд народных депутатов СССР одобрил выводы комиссии по расследованию Пакта Молотова-Риббентропа. Прибалтийские государства приобрели иной статус, чем другие советские республики, хотя консервативные силы Советского Союза не хотели с этим считаться. 7 февраля 1990 года ЛССР Верховный Совет постановил, что «декларация Сейма литовского народа от 21 июля 1940 года о присоединении к СССР, как не представляющая волю литовского народа, является незаконной и ничтожной».
В ЛКП всегда были люди с разными взглядами: с освобождением политический спектр расширился от либералов до ортодоксальных большевиков. Коммунистические организации поначалу лениво отреагировали на новую политику Горбачева. Только партийные интеллектуалы и интеллигенция вели себя иначе. Многие из них с самых первых дней активно участвовали в кампаниях и мероприятиях Саюдиса, в общественной жизни общества. Однако для большинства партийной номенклатуры идеи национального возрождения казались неприемлемыми. Ситуация в LCP изменилась в марте 1989 года, когда «верхи» приняли резолюцию о начале обсуждения в партии статуса LCP и программных положений.
Впервые жители Литвы начали интересоваться реальной историей Коммунистической партии, ее ролью в обществе и перспективами на будущее. Партийная дискуссия быстро вскрыла безжалостную правду — LCP никогда не была политической партией или национальной организацией. Его идеологические истоки были скрыты в догмах марксизма-ленинизма, в то время как имперские интересы коммунистической России всегда определяли цели деятельности, стратегию и тактику. По мере того, как правда о прошлом Коммунистической партии, преступной деятельности и служении иностранным интересам становилась ясной, в обществе усиливались антикоммунистические чувства и гнев по отношению к сотрудничеству правящей элиты с Москвой.