В октябре 1940 года в ЦК ВКП (Б) были сформированы следующие подразделения: Организации инструкторов, персонала, агитации и пропаганды, Школьный, сельскохозяйственный, промышленный и транспортный отделы, Специальный, финансовый и экономический секторы. Низшие партийные организации скопировали структуру и функции структурных подразделений Центрального комитета LCP [B].
Стремясь существенно изменить состав коммунистов Литвы и сделать его похожим на состав AUCP [B], в ноябре 1940 года была начата кампания по выдаче AUCPĮB] членских билетов коммунистам Литвы, и фактически это была чистка рядов LCP | B]. Ко 2 июня 1941 года из партии были исключены 1109 человек (20% членов), в том числе 300 коммунистов-подпольщиков. Те члены, которые были сочтены руководством AUCP ([B]) враждебными и политически ненадежными из-за их социального происхождения и статуса, мировоззрения, политической деятельности и других обстоятельств, были исключены. После исключения неподходящих людей из LCP [B |] осталась социально и идеологически однородная коммунистическая организация, которая была более послушной, более дисциплинированной и легко контролировалась партийным руководством.
В начале 1941 года в LCP [B] состояло 2653 члена. Более половины членов принадлежали к советской бюрократии. Многие члены были из репрессивных структур. Из всех коммунистов 19,5% (485 членов партии) работали в системе НКВД ЛССР. Литовская коммунистическая организация состояла преимущественно из людей с начальным образованием или вообще без образования (86,7% всех коммунистов). После кампании зачистки национальный состав коммунистов сильно изменился. Количество литовских и еврейских коммунистов сократилось. Литовцы составляли 63%, а евреи — 16% членов партии. Российские и белорусские коммунисты, приехавшие в Литву из СССР, значительно пополнили ряды LCP ([B]) (в июне 1941 года они составляли 40% членов партии). Благодаря этой тенденции LCP [B] постепенно становилась коммунистической организацией для коммунистов, приехавших из других стран, а не для местных жителей. На протяжении 1941 года число местных коммунистов в Коммунистической партии быстро сокращалось, в то время как число членов партии из СССР, особенно русских, увеличивалось. За шесть месяцев 1941 года число литовских коммунистов сократилось до 46%, евреев — до 12%, в то время как количество русских увеличилось в четыре раза. Особенно это было верно в Каунасе и Вильнюсе. В Каунасе русские составляли половину членов городской коммунистической организации, литовцы — всего 21%, а евреи — почти 26%. В Вильнюсе количество литовцев и евреев в партии было еще меньше: около 11% представителей каждой национальности, в то время как русские составляли 77% всех коммунистов. Кстати, в коммунистической организации Вильнюса не было ни одного польского коммуниста. По мере усиления этой тенденции русскоязычные затмили местных коммунистов других национальностей.
Русификация и чистка административного аппарата. Номенклатура
После присоединения Литвы к Советскому Союзу Коммунистическая партия начала внедрять сталинскую модель национальных отношений и реализовывать свою национальную политику. Механизм политического контроля местной администрации, характерный для всех советских республик, был передан Литве. Учреждениями ЛССР фактически управляли и контролировали представители СССР: ВКП (Б) ЦК и представитель СССР в Литве Н. Поздняков (он покинул Литву в 1941 году, и его функции были переданы секретарю аппарата ЦК ЛКП [Б] Н. Гридину) и другие преимущественно граждане России, направленные ЦК ВКП [Б] в Литву и нанятые органами Коммунистической партии и административными учреждениями. Например, из 47 членов ЦК ВКП(Б) 18 были выходцами из СССР, из 11 членов Бюро ЦК ВКП(Б) 4 были русскими из СССР, из 56 секретарей ВКП(Б) в городах и районах 39 были присланы из СССР. Из 18 народных комиссаров 7 были выходцами из СССР (2 из них были русскими), из 31 заместителя народного комиссара 17 были неместными (15 из них были русскими). В бюрократической иерархии ЛССР они были вторыми в команде, однако фактически обладали властью. Эти люди руководили работой властей и контролировали работу литовских бюрократов.
Стремясь создать надежный административный аппарат ЛССР, руководство AUCPĮB] ускорило миграцию русских из СССР в Литву, поощряя их трудоустройство в различных учреждениях, особенно административных. К июню 1941 года не менее 1695 коммунистов из СССР прибыли на партийную и административную работу в Литву (в дополнение к Советской Армии, дислоцированной в Литве, и коммунистам, работавшим в репрессивных органах). Во время первой советской оккупации русские и люди других национальностей, приехавшие из СССР, полностью доминировали в Репрессивные органы ЛССР: более 80% сотрудников Народного комиссариата внутренних дел и около 75% сотрудников Народного комиссариата государственной безопасности не были местными жителями. Под прикрытием лозунгов пролетарского интернационализма и социалистического патриотизма русский язык, культура и образ жизни проникли в административный сектор ЛССР вместе с советской российской бюрократией.
Закрепление русского языка в учреждениях ЛССР было приоритетом национальной политики ВКП(Б), что отражало цели коммунистов по созданию надежной местной администрации и использованию ее для реализации политики ассимиляции и русификации литовской нации. Коммунисты стремились исключить литовский язык из канцелярских отношений и повседневного общения персонала, а вместо этого внедрить русский язык и сделать его сначала рабочим, а затем официальным языком людей, проживающих в Литве, то есть фактически государственным языком. Русский язык быстрее всего распространился в руководящих органах LCP [B]. Русскоязычные коммунисты, не знавшие литовского языка, призвали ЛКП [Б] ввести русский язык в качестве партийного. Начиная с лета 1940 года, пленумы и заседания Бюро LCPĮB] Заседание проходило, и протоколы велись на русском языке. В 1940-1941 годах многие подразделения LCP [B] ЦК и некоторые городские и районные комитеты ВКП (Б) приняли русский в качестве рабочего языка. Чтобы ускорить использование русского языка, некоторые российские руководители начали запрещать использование литовского языка на работе и потребовали, чтобы говорили только по-русски. Из-за доминирования России в партийных и административных институтах и политики русификации часть общества отождествляла Советский Союз с Россией, а правительство СССР и тоталитарный режим — с диктатурой российских коммунистов. Отождествление оккупационного режима с русской нацией особенно распространилось в повседневном сознании.
Стремясь управлять Литвой и сделать ее советской, правительство СССР было политически заинтересовано в формировании слоя советской бюрократии. В результате Коммунистическая партия начала заменять оставшихся государственных чиновников Литовской Республики, которые работали в административных органах ЛССР, коммунистами и другими должностными лицами, лояльными оккупационному режиму. Уволенные сотрудники были заменены новыми с корнями из «народных глубин», как правило, малообразованными людьми. Наиболее важными требованиями были членство в партии, революционное прошлое, «хорошее» (пролетарское или полупролетарское) происхождение и, конечно же, безоговорочное повиновение. Однако во время первой советской оккупации в LCP [B] не было достаточного количества квалифицированных людей, способных выполнять административную работу, поэтому они не могли уволить всех сотрудников сразу. Были быстро заменены только руководители учреждений. Не желая разрушать управление страной, коммунисты сохранили многих государственных чиновников среднего и низшего звена и намеревались использовать их на административной работе до тех пор, пока партия не подготовит подходящих людей для их замены. В ноябре 1940 года LCPĮB] решил начать организованную кампанию по зачистке сотрудников правящего аппарата. В начале 1941 года в LCPĮB] ЦК заявил, что коммунистам, тем не менее, не удалось радикально изменить состав аппарата и сформировать советскую бюрократию. Бывшие государственные чиновники Литовской Республики по-прежнему доминировали в административном аппарате ЛССР.