Антанас Снечкус в своей рабочей комнате, 1941 год.
5-й съезд LCPĮB] 5-9 февраля 1941 года.
5-й съезд ВКП (б) 5-9 февраля 1941 года постановил расширить чистку рядов государственных чиновников. Весной 1941 года коммунисты начали кампанию кадровой чистки, начав с тех народных комиссариатов, которые казались им «катастрофически зараженными»: юстиции, финансов и торговли. Руководство LCP [B] обвинило руководителей этих учреждений в невыполнении кадровой политики партии и уволило тех, кто не заменил бывших государственных чиновников Литовской Республики коммунистами. В апреле-июне 1941 года Бюро ЦК ВКП(б) уволило народного комиссара финансов Тадаса Залескиса, народного комиссара финансов Юозаса Вайшнораса и народного комиссара юстиции Кястутиса Домашявичюса. По сути, судьба народного комиссара юстиции Повиласа Пакарклиса также была предопределена. В апреле были уволены глава Управления по делам искусств при КПК ЛССР Петрас Юоделис и заместитель председателя Комитета по планированию Дзидас Будрис, работающий в этом направлении. Всего за время первой советской оккупации из было уволено не менее 2400 государственных служащих ЛССР административных учреждения по политическим и социальным причинам. Руководство LCP [B] часто просило прислать администраторов из Советского Союза в Литву. К июню 1941 г. LCPĮB] в различных административных учреждениях работало 2184 коммуниста, почти столько же, сколько государственных чиновников Литвы, уволенных из административных учреждений ЛССР. Эти коммунисты составляли ядро советской бюрократии и были основным источником кандидатов на замещение должностей в номенклатурной системе. В сентябре 1940 года система номенклатуры — отбор лидеров по их верности Коммунистической партии, их назначение на должности и политический контроль — была перенесена в Литву. Для заполнения номенклатурных должностей требовалось около 3700 человек, лояльных коммунистам. К июню 1941 года LCP [B] отобрала и назначила около 2000 человек на высшие и исполнительные должности. Руководящие должности в основном занимали коммунисты. К январю 1941 года 1412 коммунистов были наняты в качестве высокопоставленных должностных лиц в ЛССР административные учреждения. В то время в коммунистической партии, комсомоле и административных учреждениях работали 2064 коммуниста и 574 комсомольца, в общей сложности 2638 человек. Коммунистические администраторы составляли довольно небольшую часть литовской советской бюрократии, но они занимали высокие посты в бюрократической иерархии и, следовательно, составляли наиболее политически влиятельный слой администраторов, которые в глазах общества по праву олицетворяли оккупационную власть.
Политическая реструктуризация
Осенью 1940 года, после изменения юго-восточной границы страны, территория Литовской ССР расширилась: большинство литовских территорий, которые в 1920-1939 годах были оккупированы и контролировались Польшей, а осенью 1939 года, после оккупации их Красной Армией, были присоединены к Советскому Союзу и переданы в управление Белорусской ССР, были возвращены Литве. Согласно указу Президиума Верховного Совета СССР от 6 ноября, литовские населенные пункты Адутишкис, Даугелишкис, Дивенишкес, Друскининкай, Марцинконис, Мелагенай, Ратничия, Рудня, Швенчионис и Тверечюс отошли к Литве общей площадью 2647 км2 с населением 82 000 человек.
Законами от 21 июля и 3 августа 1940 года Литве был навязан статус Советской республики и началось быстрое разрушение ее государственности путем преобразования всех аспектов жизни по советской модели. 25 августа Народный Сейм,,,Казисом Прейкшасом. Конституция была по существу аналогична «основному закону» любой другой советской республики. Как и на остальной территории Советского Союза, в Литве земля, ее недра, воды, леса, заводы, фабричные сооружения, средства транспорта и связи, крупные фермы, предприятия коммунального хозяйства и все более крупные дома в городах были объявлены государственной собственностью. Вся экономическая и культурная жизнь управлялась в соответствии с государственным народным экономическим планом. Таким образом, новое учреждение, Комитет по планированию ЛССР, возглавляемый,,Пиюс Гловацкас, человек, просидевший в тюрьме за коммунистическую деятельность 15 лет, стал важным государственным учреждением. Важнейшей характеристикой Конституции ЛССР, отличавшей ее от конституций старых советских республик, было то, что в дополнение к социалистической собственности временно разрешалось работать частным крестьянским хозяйствам, мастерским ремесленников и небольшим магазинчикам. Свободы печати, слова, совести, собраний, демонстраций, создания организаций и другие демократические свободы, провозглашенные в КонституцияЛССР была невозможна в тоталитарном государстве. Литовцы, как и все советские граждане, могли (даже были обязаны) участвовать в митингах два раза в год — 1 мая и 7 ноября, в то время как свобода слова означала свободу (часто обязанность) восхвалять Сталина и Коммунистическую партию. Любая критика правительства, не говоря уже о режиме, считалась антисоветской деятельностью и строго наказывалась.
После 21 июля государственный гимн Литвы исчез из радиопрограмм Каунаса и Вильнюса, а литовские трехцветные флаги исчезли с башни Гедиминаса в Вильнюсе, с башни Военного музея и памятника тем, кто погиб за свободу Литвы в Каунасе. Согласно Конституции ЛССР, флаг представлял собой красное полотнище с серпом и молотом в верхнем углу и надписью «Литовская ССР» над ним. Герб Советской Литвы представлял собой венок из дубовых листьев с сияющим солнцем на нижней внутренней стороне венка, серпом и молотом и красной пятиконечной звездой над ним. «Интернационал» был государственным гимном как СССР, так и всех его республик. С конца августа трехцветный флаг Литвы, герб Литвы (Витис) и «Таутишка гисме» Винкаса Кудиркаса (государственный гимн Литвы) стали символами «буржуазного национализма».
В Советской Конституции 1940 года была статья о том, что столицей Литовской ССР был Вильнюс. 11 октября 1940 года Президиум Верховного Совета ЛССР принял указ «О государственных праздниках Литовской ССР». Новый год, 22 января (день памяти Владимира Ленина), 1 и 2 мая (дни «Международной солидарности пролетариата и смотра бойцов революционных сил»), 21 июля, 7 и 8 ноября (дни прихода большевиков к власти в России) и 5 декабря (день «Конституции Сталина») были объявлены государственными праздниками. Празднование национальных и религиозных праздников рассматривалось как проявление «гражданской незрелости» или даже выражение антисоветской деятельности. Уже 29 июля Народное правительство отменило обращение «мистер» как форму обращения и вместо него ввело «товарищ». 7 августа Совет министров принял решение перевести часы на час вперед, то есть в Литве было введено московское время.
Структура правительства Литвы была адаптирована в соответствии с моделью СССР. 25 августа Народный сейм был переименован в Верховный Совет ЛССР, а пост президента был упразднен. Его заменил Президиум Верховного Совета под председательством избранного (фактически назначенного ЛКП и утвержденного ЦК ВКП(Б)) Палецкиса, его заместителями были Домас Рочиус, активист коммунистического подполья и писатель Людас Довиденас. 22 августа Совет министров был переименован в Совет народных комиссаров (председатель М. Гедвилас), а министры — в Народных комиссаров. Министерства иностранных дел, обороны и транспорта исчезли из Совета народных комиссаров ЛССР, поскольку все их функции были переданы Народным комиссариатам Союза. Из бывших членов Народного правительства, Повиласа Пакарклиса (народный комиссар юстиции), Марияонаса Грегораускаса (народный комиссар торговли), Антанаса Венцлова (народный комиссар образования) и Матаса Мицкиса (народный комиссар сельского хозяйства, которого заменил Бронюс Пушинис в начале 1941 года) сохранили свои должности в Совете народных комиссаров под председательством Гедвиласа.