До начала декабря 1940 года особый отдел НКВД, начальником которого был назначен полковник Дж. У Юозаса Барташюнаса, который работал в органах советской безопасности, включая НКВД, в России в 1921-1940 годах, почти все штатные должности были уже заполнены. Его важнейшей задачей был шпионаж за солдатами и регистрация всех заявлений или действий, которые могли свидетельствовать об их недовольстве новым режимом и службой в Красной Армии, а также наблюдение за тем, организуются ли в корпусе какие-либо подпольные действия, и поиск «предателей отечества». Политические начальники корпуса передали часть информации в особый отдел НКВД, но для отдела этого было недостаточно. С самого начала своего формирования специальный отдел начал организовывать свою обширную сеть тайных осведомителей, и уже к 10 ноября 1940 года в отделе насчитывалось 387 агентов-информаторов. Секретная служба, комиссары и политические начальники составляли списки подозрительных солдат, которые назывались «списками загрязнения частей». Уже в начале января 1941 года почти 2600 офицеров, командиров низшего звена и солдат числились в списках корпуса лиц, представляющих опасность для безопасности.
В мае 1941 года была начата подготовка к ликвидации 29-го стрелкового корпуса. 20-22 мая 1941 года литовские части были переведены в летние лагеря: штаб корпуса и подчиненные ему части, 179-я стрелковая дивизия — на полигон в Пабраде, а 184-я стрелковая дивизия — на полигон в Варене. Они были переведены со своим оружием, но без боеприпасов. Другие советские подразделения были размещены вокруг литовских частей.
10-12 июня, накануне массовых арестов, почти все литовские командиры, заместители командиров и начальники штабов дивизий и полков были заменены русскими. Литовские командиры были отправлены в Россию на «учебные курсы», в то время как литовские подразделения были дополнены солдатами из других частей Красной Армии.
Во время массовых арестов 14-18 июня 1941 года Советы арестовали 236 офицеров корпуса. 19 июня их высадили на московской железнодорожной станции Бабинино и согнали в лагерь военнопленных в Юхновке. Туда также были доставлены около 500 латышских и около 200 эстонских офицеров. 28 июня прибалтов согнали обратно на железнодорожную станцию Бабинино, а на следующий день затолкали в вагоны товарного поезда, отправили в Сибирь, а 9 августа высадили в стране вечной мерзлоты в Дудинке на полуострове Таймыр. Через несколько дней их отправили в рабочий поселок, который только в 1953 году получил название города Норильск. Без каких-либо допросов и судов их поместили там в концентрационный лагерь. Не все арестованные офицеры были отправлены в Норильск. Семнадцать арестованных офицеров были доставлены в тюрьмы Горького и Москвы. В основном это были офицеры, арестованные за участие в антисоветском сопротивлении (члены Вильнюсского объединенного штаба Фронта активистов Литвы) и подозреваемые в антисоветской деятельности.
В мае 1941 года 14 офицеров артиллерии (включая начальника артиллерийского корпуса генерал — майора Дж. Винкас Жилис, начальник 179-й артиллерийской дивизии генерал-майор. Йонас Юодикиус и другие) были направлены в Военную академию в Москве на курсы переподготовки. После начала войны между Германией и СССР, в ночь с 28 на 29 июня, 42 офицера из стран Балтии были вызваны на учебный полигон штаба академии и арестованы, обвиненные в антисоветской деятельности и плохом воспитании подчиненных. Артиллеристов отправили в трудовой лагерь Лама в Норильске.
В 1940-1941 годах 414 офицеров были насильственно высланы из Литвы (не считая тех, кто ушел в отставку после потери независимости) — 195 из них погибли. Погибло не менее 220 офицеров, включая 24 офицера, которые были убиты в начале германо-советской войны.
Экономическая аннексия Литвы
Национализация промышленности и других отраслей экономики
«Основы социализма» уже были заложены в Советском Союзе: частная собственность была отменена, и во всех сферах экономики доминировала социалистическая собственность в форме государственной и кооперативной собственности (последняя мало отличалась от государственной). После того, как Литва стала Советской республикой, было немедленно начато строительство «основ социализма», то есть уничтожение частной собственности. Все отрасли экономики были быстро преобразованы в соответствии с советской моделью без какого-либо учета местных условий, исторических традиций или экономической жизнеспособности.
12 июля 1940 года под давлением Деканозова Народное правительство (заседание проходило под председательством Креве-Мицкявичюса) приняло решение перевести золотой запас Литвы, хранящийся за границей, в Государственный банк СССР. Правительства США, Великобритании и Франции, однако, проигнорировали этот указ и заморозили золотые резервы Литвы. Москве удалось присвоить только золото, хранящееся в шведских и швейцарских банках (19 миллионов литов).
22 июля Народный сейм принял декларацию о национализации банков и основных отраслей промышленности. 30 июля при Совете министров была сформирована Комиссия по национализации. В ее состав вошли представители Министерств государственного аудита, финансов и промышленности, и ей было поручено координировать процесс национализации. Во время реализации настоящей декларации Сейма, 26 июля исполняющий обязанности президента Палецкис объявил Закон о национализации банков, согласно которому в течение нескольких недель должны были быть арестованы 46 кредитных учреждений (202, включая филиалы): банки (Экономический, Кредитный, Международный, Центральный еврейский и т.д.), страховые компании, сберегательные кассы, кредитные ассоциации и ломбарды. Общий капитал этих учреждений составил 114 миллионов литов, а стоимость всего движимого и недвижимого имущества составила еще 33,4 миллиона литов. Мелкие национализированные кредитные компании были закрыты, в то время как другие были реорганизованы и включены в кредитную систему СССР. Вообще говоря, литовские кредитные компании потеряли свою независимость и стали филиалами центральных банков СССР.
26 июля был принят Закон о национализации основных отраслей промышленности; в соответствии с этим Законом были национализированы все компании, в которых работало более 20 человек. Министерство торговли, созданное 25 июля и возглавляемое коммунистом Мотиеюсом Сумаускасом, осуществило национализацию промышленности. В каждой компании были созданы комитеты по национализации во главе с комиссарами. Чтобы предотвратить перебои в работе национализированных промышленных компаний, их владельцам и старому административному персоналу было поручено временно выполнять свои обязанности под наблюдением комиссаров до назначения новых директоров. По всей Литве было национализировано более 1000 промышленных предприятий. На них работало около 40 000 рабочих и административного персонала, а общая стоимость компаний составляла более 413 миллионов литов. Вместе с кооперативными предприятиями на их долю приходилось около 70% продукции всего промышленного и ремесленного производства Литвы. Национализация затронула иностранный капитал, вложенный в литовскую промышленность. На начало 1940 года это составляло 35,7 млн. литов.
1 августа было создано Министерство торговли, которое возглавил активист левого популистского крестьянского союза, сторонник кооперативов Марияонас Грегораускас. Указом Президиума Верховного Совета от 27 сентября 1940 года частные торговые компании с годовым оборотом в 150 000 литов были арестованы. В Литве насчитывалось более 1100 компаний такого размера. Национализация затронула также некоторые более мелкие компании. Осенью 1940 года было захвачено 1600 магазинов, складов, ресторанов, столовых и книжных лавок. Более 80% национализированных коммерческих предприятий принадлежали евреям, более 9% — литовцам, а остальные — полякам, немцам или находились в смешанной национальной собственности. Департамент внешней торговли был упразднен.