Коммунистическая партия ввела очень жесткий идеологический контроль над прессой и литературой. Издание газет и журналов регулировалось постановлением ЦК ЛКП от 11 сентября 1940 года «О периодических изданиях», согласно которому новые публикации могли выпускаться только с согласия ЦК ЛКП, в то время как редакторы всех периодических изданий также могли назначаться только ЦК ЛКП. В 1938 году в Литве (исключая Вильнюсский регион) было 159 газет и журналов, весной 1941 года их было всего 34 (включая Вильнюсский регион).
Упомянутым постановлением ЦК КПК при КПК было создано Центральное управление литературы, то есть Главлит; на Главлит было возложено очень ответственное задание по цензуре всех публикаций и изъятию всей литературы, политически и идеологически неподходящей режиму, из всех библиотек и книжных магазинов. Главой этого нового учреждения был Василий Проценко, присланный из Москвы, его заместителем был Анатолиюс Сприндис, «импортный» литовец, и Борис Гурвич были парторгом (секретарем организации коммунистической партии), коммунистом-подпольщиком, который четыре раза сидел в тюрьме. Наряду с книгами «антикоммунистического, религиозного и сомнительного содержания» часто уничтожались произведения таких авторов, как Бернардас Бразджионис, Чарльз Диккенс, Редьярд Киплинг, Лаздину Пеледа, Майронис, Элиза Ожешкова, Фридрих Шиллер, Хенрик Сенкевич, Шатриос Рагана, Мотиеюс Валанчюс, Антанас Венуолис и другие. В список запрещенных публикаций вошли периодические издания и учебники истории независимой Литвы. Только из национализированных издательств в Каунасе на уничтожение было отправлено 424 000 изданий. Своим постановлением от 28 мая 1941 года ВКП (Б) ЦК приказал Народному комиссариату просвещения и Главлиту создать специальное хранилище (рус. спецхран). В 1940-1941 годах многие религиозные произведения искусства в музеях были уничтожены. некоторые национализированные художественные ценности из усадеб были изъяты музеями, но многие антикварные предметы мебели, картины и ковры были разграблены офицерами Красной Армии и агентами советской службы безопасности и вывезены в Россию. Офицеры и солдаты Красной Армии, местные комсомольцы и активисты повредили и уничтожили придорожные святыни (коплицтульпис), статуи святых, часовни и другие предметы искусства. 21 мая 1941 года Бюро LCP [B| CC приняло решение убрать скульптуры генерала Сильвестрас Жукаускас, Главнокомандующий литовской армией и участник борьбы за независимость Владас Путвинскис, основатель Союза стрелков Литвы Антанас Юозапавичюс, армейский офицер и одна из первых жертв борьбы за независимость, и рядовой Повилас Лукшис, из сада Военного музея в Каунасе и за установку памятника Ленину в Вильнюсе.
Реальность советской жизни быстро развеяла иллюзии многих литовских интеллектуалов. Прорыв в их творчестве, наблюдавшийся летом 1940 года, исчерпался к осени. Даже Петрас Цвирка, Людас Гира, Костас Корсакас и Антанас Венцлова замолчали. Йонас Шимкус, редактор «Tarybų Lietuva», в новогоднем номере газеты пожаловался на писателей, заявив, что государство предоставило им квартиры, увеличило гонорары, и все же они были просто «спящими братьями». Весной 1941 года газета «Tiesa», орган ЦК ЛКП[Б], в своей редакционной статье «Писатели должны писать» заявил, что читатели напрасно ждали книг литовских писателей, в результате чего Государственное издательство и культурные журналы («Raštai», «Kultūra») были вынуждены довольствоваться переводами с русского языка. С целью «перевоспитания» писателей и художников были организованы курсы по диалектическому материализму, которые читали лекторы из Москвы. Но все это было напрасно, оригинальных работ не было.
Культура национальных меньшинств Литвы, особенно еврейская культура, понесла серьезные потери. Вместо 8 еврейских ежедневных, 5 еженедельных и 4 других периодических изданий, выходивших в начале 1940 года, остались только две газеты («Der Ernes», издание ЦК ЛКП на идише, и «Штральн», журнал коммунистической молодежи). Поскольку иврит считался языком «буржуазного» и «реакционного сионизма» в Советском Союзе, в Литве его не терпели. Вместо 23 еврейских средних школ и неполных средних школ, которые действовали весной 1940 года, осталось 12 еврейских школ, в которых языком обучения был идиш. Субботы больше не считались праздничными днями, поэтому евреи должны были работать и учиться в эти дни. Изъятие еврейских книг из библиотек и их уничтожение началось даже раньше, чем литовских книг; Еврейский историко-этнографический музей и Библиотека имени Страшуна в Вильнюсе были переданы Институту литовских исследований. Весной 1941 года началась ликвидация Научного института YIVO в Вильнюсе, гордости литваков. Деятельность ешив в Каунасе Слабаде (Вилиямполе) и Тельшяй, которые образовали раввинов и были известны во всем еврейском мире, была прекращена.
Ограничения, налагаемые на католическую церковь
Летом 1940 года Церковь потеряла не только государственную поддержку, которую получала, но и была почти полностью вытеснена из общественной жизни — она потеряла возможности распространять идеи веры; были отменены уроки религии в школах; были уволены капелланы, работавшие в армии, школах и тюрьмах; была запрещена деятельность религиозных организаций; издательства Церкви и религиозных организаций были национализированы; все религиозные периодические издания были закрыты. Все религиозные праздники утратили статус официальных государственных праздников. 1 декабря 1940 года в Литве были введены в действие гражданский и уголовный кодексы Российской Советской Федеративной Социалистической Республики — они не признавали религиозные организации юридическими лицами. Советы запретили выпуск религиозной литературы и книг, связанных с религией. Книги, связанные с религией, которые были обнаружены в национализированных издательствах, книжных магазинах и библиотеках, были конфискованы.
Почти вся недвижимость Церкви была национализирована. Еще до принятия законов о национализации были конфискованы многие здания запрещенных религиозных организаций, а также крупные здания священнических семинарий и монастырей. В первые дни советской оккупации подразделения советской армии заняли все здания Тельшяйской духовной семинарии и Вилкавишкисской духовной семинарии, а также большую часть Вильнюсской духовной семинарии. Вся земля, принадлежащая Церкви и религиозным организациям, была национализирована — каждому приходу было оставлено только право владения тремя гектарами земли. Согласно закону, принятому 31 октября 1940 года, все жилые дома, находившиеся в собственности религиозных организаций, были официально национализированы.
Все священники, с точки зрения советских властей, априори были опасными политическими врагами, оказывающими плохое влияние на население. 2 октября 1940 года заместитель народного комиссара внутренних дел ЛССР Петр Гладков подписал приказ главам районов собирать данные о священниках всех религий и внимательно следить за их деятельностью. Советские спецслужбы также проявляли особый интерес к взглядам высших иерархов Церкви и строили планы по провоцированию некоторых конфликтов между ними. В начале 1941 года НКВД подготовило проект предложений о том, как уничтожить католическую церковь в Литве. В нем рекомендовалось не только усилить давление на Церковь, но и организовать раскол внутри Каунасской архиепископии, используя противоречия между умеренной частью Церкви во главе с архиепископом Юозапасом Сквирецкасом и антисоветским течением, возглавляемым его заместителем, епископом Винсентасом Бризгисом. Проект также предусматривал разжигание разногласий между поляками и литовцами по поводу присоединения Вильнюсской архиепископии к Литовской церковной провинции.