В 1940 году большинство лиц, арестованных в Литве, содержались в местных тюрьмах. 11 сентября в тюрьмах содержалось 4125 человек. Большинство из них были обвинены по статье № 58 уголовного кодекса России — «за контрреволюционные преступления». Число арестованных увеличивалось с каждым месяцем. На 1 апреля 1941 года общее число заключенных составляло 6200 человек (3892 допрошенных и 2308 приговоренных). Сотни людей без каких-либо формальных оснований были обвинены в соответствии со стандартами уголовного кодекса Советской России. Многие заключенные испытали на себе последствия «необходимых действий по допросу» (пыток). Независимо от причин ареста, заключенных допрашивали очень жестоко. Те, чьи руки, пальцы или ребра были сломаны во время допросов, долгое время ждали помощи врача. В тюрьмах Литвы в течение года умерло 48 человек, из которых 27 человек были приговорены к смертной казни, а остальные умерли во время допросов.
В 1940-1941 годах, до великой депортации 14 июня 1941 года, было арестовано 6606 человек (3835 литовцев (58,1%), 1664 поляка (25,2%), 334 еврея (5,1%), 262 русских (4%) и другие), они были обвинены в политических преступлениях. Самые большие группы заключенных были отправлены из Литвы в лагеря ГУЛАГА в апреле-июне 1941 года — 3565 заключенных были перевезены в Советский Союз (1365 заключенных были перевезены туда после начала советско-нацистской войны). Они были заключены в трудовые лагеря в Архангельской области, республиках Коми и Карелия, Норильске, а также в тюрьмы в городах Соль-Илецк, Горький и других местах.
В 1941 году большинство литовцев, находившихся в заключении в трудовых лагерях и тюрьмах Советского Союза, формально все еще оставались допрошенными подозреваемыми. Эти формальности были решены зимой 1941-1942 годов, когда всем заключенным были предъявлены обвинения по разделам статьи № 58 и заочно приговорены к тюремному заключению сроком от 5 до 25 лет, в то время как некоторым из них было назначено самое суровое наказание — расстрел. Полковник Антанас Сидабрас, лейтенант. Полковник. Юозас Лавинскас, капитан. Стасис Громницкас, капитан. Брониус Саликас и другие были застрелены в Норильске. Более 5000 литовцев были приговорены, а 568 граждан Литвы были расстреляны в Сибири. Стремясь замаскировать эту практику, до сентября 1955 года Советы сообщали родственникам лиц, приговоренных к смертной казни, что приговоренные получили «10 лет тюремного заключения без права переписки и их местонахождение неизвестно». Согласно постановлению КГБ СССР от 24 августа 1955 года, родственникам лиц, приговоренных к смертной казни, сообщили, что заключенные «были приговорены к 10 годам лишения свободы и скончались по месту отбывания наказания». Из-за этого решения даты смерти были намеренно сфальсифицированы до начала 1990 года. Тем не менее, не все литовцы были приговорены немедленно. Некоторые из них много лет ждали решения Чрезвычайного заседания НКВД СССР. Бывший президент Литвы Александрас Стульгинскис находился в заключении в трудовом лагере Краслаг с июня 1941 года, но только 27 февраля 1952 года Чрезвычайное заседание МГБ СССР приговорило его к 25 годам тюремного заключения.
С 1948 года заключенные, которые уже отбыли полный срок тюремного заключения («националисты, члены антисоветских организаций, лица, представляющие опасность из-за своих антисоветских связей и враждебной деятельности, и другие»), были вынуждены жить в условиях депортации под наблюдением МГБ (на Колыме, в Новосибирской и Красноярской областях, в 50 километрах к северу от Транссибирской магистрали, в части центрального Казахстана). Только 482 бывших заключенных, или 14 процентов всех заключенных, вернулись в Литву, 849 заключенных (24,7 процента) умерли в трудовых лагерях, судьба остальных неизвестна. По данным НКВД, на момент начала войны в Литве насчитывалось 3336 заключенных, около 400 из них были убиты в начале войны.
Депортации в июне
Депортации семей в отдаленные регионы севера России и Сибири занимали особое место в системе большевистского террора. Литовцы также были депортированы со своей родины в 19 веке, но депортации, проводимые царской Россией, не были столь массовыми и жестокими (женщин и детей не разлучали со своими мужьями). С осени 1940 года начали составляться списки «врагов народа». От 16 мая 1941 г. AUCP[B] ЦК и УПК СССР приняли секретное решение «О выселении социально чуждого элемента из прибалтийских республик, западной Украины, западной Белоруссии и Молдовы». Нарком внутренних дел СССР Берия был назначен старшим исполнителем этой акции. 23 мая, выполняя директиву Москвы, ЛССР Нарком государственной безопасности подписал секретный приказ о создании центрального штаба в составе семи высокопоставленных сотрудников НКГБ и двух высокопоставленных сотрудников НКВД для подготовки и проведения операции по депортации. В штат штаба не входили сотрудники местной службы безопасности. В течение первых двух недель центральный штаб возглавлял заместитель наркома государственной безопасности ЛССР Давид Быков, а позже — Петр Гладков. Для руководства операцией по депортации были сформированы окружные штабы (оперативные тройки) из 77 сотрудников НКГБ и НКВД. Три четверти из них были чекистами, присланными из России.
Ранним утром 14 июня 1941 года началась массовая депортация жителей Литвы, которая продолжалась четыре дня. Сотрудники НКГБ и НКВД, а также милиция (советская милиция) проводили его, в то время как местные партийно-советские активисты, особенно комсомольцы, помогали им. Около 17 600 жителей Литвы были депортированы в Автономную Республику Коми и регионы Алтай, Красноярск и Новосибирск. Около 3000 мужчин были разлучены со своими семьями и отправлены в качестве заключенных в трудовые лагеря. Кстати, осенью 1941 г. Снечкус написал в отчете Центральному комитету ВКП(б), что в начале войны депортация «контрреволюционных элементов» еще не была завершена.
Все социальные слои населения Литвы были включены в списки на депортацию, хотя интеллектуалы пострадали больше всего. Среди тех, кто был депортирован в трудовые лагеря и ссылку в северных и восточных регионах СССР, был бывший президент Литвы Александрас Стульгинскис, бывший председатель Сейма Константинас Шакенис, бывший премьер-министр Пранас Довидайтис, бывшие министры Вольдемарас Чарнецкис, Йонас Масилюнас, Юозас Папечкис, Йокубас Станишаускис, Йонас Суткус, Стасис Шилингас и Юозас Тонкунас, писатели Витаутас Бичюнас и Аугустинас Грициус, сотрудники СМИ и журналисты Казис Дауса, Валентинас Густайнис и Балис Жигелис, ученые Изидорус Тамошайтис и Винцас Вилкайтис и другие. Среди жертв советского террора было почти 1200 учителей и 79 священников. Этнические литовцы составляли 71,6% всех депортированных, в то время как евреи — 12,5%, поляки — 11,4%, русские — 1,1% и т.д.
Убийства солдат и мирных жителей
Об убийствах мирных жителей, совершенных в Литве 22-27 июня 1941 года, стало известно почти сразу. Процесс эксгумации и опознания сразу привлек внимание общественности. Немецкое оккупационное правительство использовало это в своих антисемитских пропагандистских кампаниях.
В первый день войны указом Президиума Верховного Совета СССР в регионах, расположенных вблизи линии фронта, включая Литву, было введено военное положение. Все дела политических заключенных были переданы военным трибуналам, которые в то время обычно назначали заключенным высшую меру наказания — расстрел. 22 июня Советы планировали перевезти 4000 заключенных из Литвы в СССР. Остальные должны были быть освобождены или расстреляны. Однако из-за быстрых изменений на фронтах войны планы не были реализованы. Сотрудники НКВД и НКГБ были вынуждены покинуть Каунас в ночь на 23 июня. 23 июня из Каунасской тюрьмы было перевезено около 100 заключенных. 24 июня в Минской тюрьме были казнены 15 человек, приговоренных к смертной казни. Полковник в отставке Степонас Рустейка, Ванда Пранкониене и капитан Шварплайтис были отделены от остальных заключенных и расстреляны. Все остальные заключенные были выведены из Минской тюрьмы вместе с 2000 другими заключенными. Большинство литовцев в Червене были включены в группу заключенных, которые подлежали ликвидации. Их вывели на марш в направлении Бобруйской тюрьмы, и большинство из них были казнены во время марша. Среди них были полковник Балыс Гедрайтис, полковник Юозас Шараускас и десятки других известных литовских деятелей или простых фермеров, рабочих и государственных служащих. Казиса Бизаускаса, одного из подписавших Акт о независимости Литвы, забрали из Каунасской тюрьмы. Вместе с 14 другими заключенными он был перевезен в Псковскую область, недалеко от железнодорожной станции Бигосово. 26 июня 1941 года все они были расстреляны.