Посещение Адольфом Гитлером Клайпеды. 23 марта 1939 года.
Тем временем союз ашисов активизировался и потребовал создания коалиционного правительства, которому доверяет вся страна. На этот раз руководство вооруженных сил поддержало оппозицию. Негативное отношение президента Сметонаса к коалиции не изменилось, но с ростом политической напряженности в стране президент был вынужден маневрировать и создать подобие коалиционного правительства. 28 марта 1939 года было сформировано правительство «единой работы» под руководством бригадного генерала Йонаса Чернюса. Правительство ликвидировало Управление общественных работ (Visuomeninio darbo vadyba) агентство, которое готовило обязательные статьи для газет и журналов и очень сильно раздражало общественность. Все это создавало иллюзию восстановления демократии в стране. Однако истинная суть «коалиционного» правительства проявилась очень быстро. Представители Христианско-демократической партии и Популистского крестьянского союза были приглашены войти в состав правительства в качестве частных лиц. Их соответствующие партии не имели реального влияния на государственные дела. Сметона продолжал твердо контролировать руль правительства и не делал никаких уступок оппозиции. Не было никаких признаков демократизации в управлении страной. Общество было разочаровано.
Весной 1939 года в европейской политике начали происходить фундаментальные изменения. Англия и Франция, которые до сих пор шли на уступки Гитлеру (проводя «мюнхенскую политику»), почувствовали, что их обманули, и решили сопротивляться, в то время как Советский Союз, самый рьяный сторонник системы коллективной безопасности, решил заключить соглашение с Берлином и разделить Европу между ними. Секретные советско-германские переговоры, начавшиеся весной 1939 года, были успешными, и 23 августа рейхсминистр иностранных дел Иоахим фон Риббентроп и председатель Совета народных комиссаров СССР и Народный комиссар иностранных дел Вячеслав Молотов подписали в Москве Договор о ненападении между двумя странами и секретные приложения к нему (Протокол), согласно которым Финляндия, Эстония, Латвия, Румынская Бессарабия и вся восточная Польша вошли в сферу советского влияния. Заручившись поддержкой на Востоке, 1 сентября 1939 года нацисты вторглись в Польшу, а их союзники Великобритания и Франция объявили войну Германии. Это было началом Второй мировой войны.
Подписание пакта Молотова-Риббентропа. Москва, 23 августа 1939 года.
Германия пыталась втянуть Литву в войну против Польши. Марш литовцев на Вильнюс означал бы моральную поддержку Берлина, кроме того, это способствовало бы реализации пакта от 23 августа: сделать Литву своим сателлитом. Однако литовское правительство без колебаний отклонило предложение Германии вернуть Вильнюс и безоговорочно последовало закону о нейтралитете, принятому Сеймом 10 января 1939 года, который был поддержан оппозицией, армией и президентом Сметоной, который считал, что Германия в конечном итоге проиграет войну. Сторонники бывшего премьер-министра Литвы Августинаса Вольдемараса (voldemarininkai') и радикальные националисты выступили за марш на Вильнюс. Тем не менее, самым страстным сторонником марша был Казис Шкирпа, литовский посланник в Берлине; он был убежден, что Германия выиграет войну, и поэтому у Литвы не было другого выбора, кроме как говорить в один голос с Берлином и что Берлин предоставит Литве «по крайней мере статус Словакии». Отчеты политической полиции показывают, что в стране преобладало отношение в пользу марша на Вильнюс и восстановления столицы. Люди восприняли отказ правительства организовать марш на Вильнюс как еще одну капитуляцию правительства. Моральные последствия этого отказа для состояния нации, возможно, были даже хуже, чем после польских или немецких ультиматумов 1938 года. В период с 1939 по 1940 год литовское правительство, особенно Президент, проводило политику не нейтралитета, а полного бездействия, плывя по течению. Литва не смогла сохранить свой нейтралитет; она пожертвовала своим нейтралитетом не Берлину, а Москве.
17 сентября 1939 года Советский Союз также объявил войну Польше. В течение двух дней Красная Армия без боя захватила Вильнюс, а 21 сентября достигла административной линии, отделяющей независимую Литву от Вильнюсского края. СССР стал непосредственным соседом Литвы. Удаление Польши с политической карты Европы уменьшило возможности выживания стран Балтии. До этого они, и особенно Литва, маневрировали между тремя силами — Берлином, Москвой и Варшавой, которые пользовались поддержкой западных государств.
Когда нацисты окружили Варшаву, они захватили восточную часть провинции (воеводства) Варшава, а также провинцию Люблин, то есть территорию, которая согласно пакту от 23 августа была передана Советам. Чтобы окончательно урегулировать территориальные вопросы, фон Риббентроп вылетел в Москву во второй раз и после кратких переговоров с Иосифом Сталиным и Молотовым 28 сентября 1939 года подписал германо-советский договор о границе и дружбе, который, как и первый договор, подписанный 23 августа, имел секретные приложения. В обмен на польские земли к востоку от реки Висла (восточная часть Варшавской губернии, Люблинская губерния и так называемый Сувайкский треугольник) Берлин передал Литву Москве, договорившись лишь о небольшой части Ужнемунского района Литвы с населением 184 000 человек.
Навязав договоры о взаимопомощи Эстонии (28 сентября) и Латвии (5 октября) и выторговав у немцев Литву, Советы действовали незамедлительно. Уже 29 сентября Молотов предложил литовскому правительству начать переговоры относительно дальнейшего развития отношений между двумя странами. Когда 7 октября министр иностранных дел Литвы Юозас Урбшис прибыл в Москву (в состав литовской делегации входили заместитель премьер-министра Казис Бизаускас, главнокомандующий бригадный генерал Стасис Раштикис и посол в Москве Ладас Наткявичюс), Сталин раскрыл закулисные решения советско-германских переговоров и потребовал, чтобы литовское правительство подписало договор о взаимопомощи с СССР, согласно которому Вильнюс будет передан Литве, но на его территории будут размещены гарнизоны Красной Армии.
Во время переговоров в Москве, в третий раз за 18 месяцев, президенту Сметоне пришлось решать одну и ту же дилемму: сопротивляться или сдаться насилию. Похоже, что президент Литвы сдался еще до начала переговоров: 2 октября, исходя из экономии денег, он отправил домой армейский резерв, который был призван двумя неделями ранее (17 сентября). Численность армии сократилась с 89 470 до 32 000-33 000 солдат.
10 октября 1939 года Урбшис и Молотов подписали «Передачу Вильнюса и Вильнюсской области Литовской Республике и Советско-литовский договор о взаимопомощи» от имени своих правительств, согласно которому в середине ноября 18 786 военнослужащих Красной Армии были размещены в Алитусе, Приенае, Гайжюнае (около Йонавы) и Науйойи-Вильне и Киртимае (около Вильнюса). Общественность выразила свое мнение по поводу договора от 10 октября следующими словами: «Вильнюс музу, о мес — россия» (Вильнюс принадлежит нам, а мы принадлежим русским).
После подписания договора от 10 октября Литва перестала быть нейтральной страной и больше не могла проводить независимую внешнюю политику. 13 декабря при голосовании за резолюцию об исключении Советского Союза из Лиги Наций представитель Литвы, как и представители Латвии и Эстонии, воздержался. Цензура не позволяла прессе публиковать выступления западных политиков, раскрывающих поддержку Москвой Берлина. Правительство Литвы старалось не оскорблять своего восточного соседа даже словесно. Люди были приговорены к 12 месяцам заключения в исправительно-трудовых лагерях за высказывания («распространение слухов») о том, что Советский Союз оккупирует Литву.