Правительство Литвы решило выразить свое недовольство Советскому Союзу, но в тексте телеграммы не было написано ни слова протеста, и фактически Урбшис и Наткявичюс должны были принять решение о содержании и форме протеста. Утром 15 июня в 7.20 утра была подготовлена телеграмма, которая в 8.25 была передана литовскому представительству в Москве, в которой говорилось, что «требования советского правительства были приняты, хотя они противоречили договору от десятого октября [1939 г.]», и посольству было направлено указание: «Мы оставляем вопрос о форме и содержании вопроса на ваше усмотрение».
Заседание правительства от 15 июня в 7 часов утра завершилось решением принять все советские требования, даже не назвав агрессию и не заявив официального протеста правительству СССР. В полдень, когда из Москвы пришло сообщение о том, что Раштикис не является приемлемой кандидатурой для советского правительства и что формирование нового правительства придется обсуждать с Владимиром Деканозовым (заместителем Молотова), который вылетит в Каунас, президент Сметона окончательно решил покинуть Литву. Перед своим отъездом он подписал акт о назначении главы правительства Меркис будет исполняющим обязанности президента. Вечером 15 июня Сметона и министр обороны Казис Мустейкис достигли Кибартай и пересекли границу Германии.
Дата 15 июня 1940 года является датой начала оккупации Литвы. В тот день первым и единственным четким указанием армии от ее начальника дивизионного генерала В. Виткаускаса и начальника штаба дивизионного генерала С. Пандзявичюса был приказ №. 107. В нем говорилось, что: «после того, как литовское правительство приняло требования советского правительства о создании новых гарнизонов советской армии в Литве, 15 июня этого года в 3.00 пополудни части советской армии начали свой марш через границу вглубь страны». Командирам дивизий было приказано организовать встречу советских войск в соответствующие районы, отправив командиров подразделений встретиться с ними и представиться, а в более важных районах сделать это самим [командирам дивизий]. Все правила вежливости и дружеских отношений, подобные тем, которые применялись к ранее дислоцированным армейским гарнизонам, должны были применяться и к марширующей армии. На 1 июня 1940 года литовская армия насчитывала 26 084 солдата (1728 из которых были офицерами); Литовский союз стрелков насчитывал более 62 000 членов, и в случае мобилизации могли быть призваны еще 120 400 солдат резерва. Имеющийся запас оружия и боеприпасов позволил бы мобилизованной литовской армии вести непрерывные бои в течение двух недель.
Цель Кремля, заключавшаяся в том, что литовская армия не будет оказывать вооруженного сопротивления военному вторжению, была достигнута. Красная Армия вошла в Литву с трех основных направлений и распространилась по всей Литве, заняв крупные города и поселки вдоль главных дорог. Военно-воздушным силам Литвы было запрещено летать, и советские самолеты приземлились в Каунасе, Шяуляе, Радвилишкисе и на других аэродромах. Вечером 15 июня гарнизон Науйойи Вильня Красной Армии занял Вильнюс, в то время как гарнизоны Алитуса, Приеная и Гайжюнай заняли Каунас. Вечером советские охранники были выставлены у здания Президента, Совета Министров, Департамента безопасности, Банка Литвы, телефонной станции, Каунасской радиостанции и других общественных зданий, а также у мостов через реки Нямунас и Нерис.
19 июня 1940 года Советская Армия, нарушив советско-германский договор от 28 сентября 1939 года, оккупировала юго-западную часть района Ужнемуне, выделенного нацистской Германии. Территориальный спор между Москвой и Берлином был разрешен договором от 10 января 1941 года, по которому нацистское правительство отозвало свои претензии на литовский район Ужнемуне, а советское правительство согласилось выплатить Германии 7,5 миллионов золотых долларов (цена, уплаченная за Аляску, когда она была куплена США у России в 1867 году).
Согласно Конституции Литвы, лицо, исполняющее обязанности президента, не обладало всеми президентскими полномочиями и не было главой государства. Парадоксально, но оба министра, оставшиеся в Каунасе, и Деканозов стремились расширить конституционные полномочия Меркиса. Конечно, причины этого были другие: министры надеялись, что после укрепления позиций Меркис, можно было бы договориться с Советами о правительстве лучшего состава, в то время как Деканозов был обеспокоен тем, что легитимность будущего марионеточного правительства не будет поставлена под сомнение. План Деканозова заключался в присоединении Литвы к Советскому Союзу с использованием Конституции и законов Литвы. Для осуществления этого плана требовался президент с широкими полномочиями. Должно было быть подобие законности. 16 июня Совет министров ultra vires принял резолюцию, согласно которой исполняющий обязанности президента Меркису были предоставлены все конституционные полномочия Президента Литовской Республики. Тем самым правительство Литвы оказало Деканозову ценную услугу.
Распад государства начался уже 15 июня. Лидер нации и министр обороны бежали, министр внутренних дел Скучас и директор департамента государственной безопасности парторганизации Повилайтис были арестованы по приказу министра юстиции, а командующий литовской армией приветствовал оккупационную армию. Выполняя приказ Меркиса закрыть границу, не солдаты Красной Армии или местные коммунисты, а литовские стрелки (Сауляй) направили оружие на президента Литвы в Кибартае.
Литовский пограничник Александрас Бараускас убит солдатами Красной Армии 15 июня 1940 года в Уте
Красная армия пересекает границу Литвы. 15 июня 1940 года.
15 и 16 июня 1940 года исполняющий обязанности президента Меркис заявил, что части Красной Армии вошли в Литву только по соображениям повышения безопасности Литвы и Советского Союза». 15 июня командующий армией дивизионный генерал Виткаускас и начальник штаба армии дивизионный генерал Пундзявичюс отдали приказ литовским солдатам, в то время как командующий Объединением стрелков полковник Пранас Саладжиус приказал своим стрелкам мирно встретить армию СССР. В его телеграмме из Москвы, Урбшис приказал Министерству иностранных дел создать у иностранных дипломатов впечатление, что требования Советов были не ультиматумом, а всего лишь пожеланиями безопасности. Этими действиями литовское руководство дезориентировало нацию, ввело в заблуждение мир и обеспечило видимость законности оккупации СССР.
Очевидно, что сохранить независимость Литвы было невозможно, но была альтернатива позорной капитуляции. У правительства было 28 000 хорошо вооруженных солдат (за годы независимости на национальную безопасность было потрачено миллиард литов), 62 000 стрелков и нация, неравнодушная к свободе; следовательно, Литва могла оказать вооруженное сопротивление агрессии. В худшем случае правительство могло отклонить ультиматум, идентифицировать агрессию, сбежать за границу и, следовательно, усложнить или даже сорвать задачу эмиссаров Кремля по разыгрыванию спектакля о добровольном присоединении Литвы к СССР, чтобы для будущих поколений и всего мира сохранился другой образ Литвы.