Последние годы жизни Сигизмунд-Август терзался угрызениями совести. Его постоянные стремления к любви и гармонии сменились страхом, что любовь и гармония исчезли. В 1569 году сейм настоял на обсуждении его семейных проблем и начался 12 сентября, не дав ответа на его предыдущие запросы и пожелания.
Сигизмунд-Август в глубокой депрессии удалился в замок Книжина на границе с ВКЛ, отказавшись принимать у себя сенаторов. Он умер 7 июля 1572 года, одетый во все черное в знак траура о Барбаре Радзивилл, окруженный странной компанией колдунов, астрологов и ведьм. Похоронили последнего Ягеллона на Вавельском холме в Кракове. Он правил как типичный король, но оставил после себя Республику, объединенную державу двух автономных государств.
Административные принципы и религиозные законы Речи Посполитой были окончательно определены в 1581 году. Великое Княжество обладало своим собственным трибуналом, который работал между сессиями в трех регионах: девять воеводств, княжество Самогития (Жамойтия), Ливония (Инфлянты). Центрами воеводств были: Вильня, Троки, Брест, Минск, Витебск, Мстиславль, Полоцк, Северск и Смоленск. Каждое из них было разделено на поветы (районы), и каждое проводило собственный сеймик (региональную ассамблею шляхты), выбирая делегатов на центральный сейм в Варшаву, столицу Речи Посполитой (в отличие от Кракова — столицы Польши).
Княжество Самогития (Жамойтия) функционировало как воеводство, кроме того, было разделено на 28 «трактов» вместо поветов. Ливония отошла Швеции в 1621 году, а Северск в 1634 году и Смоленск в 1667 году были вновь захвачены Московией, на этот раз окончательно. Остальная часть Речи Посполитой существовала до 1773 и частично до 1795 года.
Основной отличительной чертой содружественной шляхты было ее презрение к титулам: теоретически они были все равны, аристократы и низшие шляхтичи. В отличие от остальной Европы здесь не было своих собственных эрлов, графов или баронов. Старый рутенский (русинский) титул князя был сохранен для Рюриковичей, Гедиминовичей и Рогволодовичей. Латинские титулы princeps and dux использовались лишь в Священной Римской Империи. После 1569 года они вошли в польский язык в значении «князь». Таковыми стали самые знатные рутенские фамилии, включая кланы Гедройцев, Пузынов, Сангушек, Сапег и Чарторыйских. Радзивиллы получили двойной титул. Все эти рода были magnati/magnatomm — «величайшие из великих».
Лидеры ВКЛ, пользуясь тем, что в «Республике» их государство сохранило автономию, были полны решимости расширять свои права и свободы. Таким образом, государственные законы пересмотрели вновь, и в 1588 году была подготовлена третья версия Литовского Статута. Отцом и вдохновителем новых реформ для Литвы стал канцлер, утвержденный с 1581 года, Лев Сапега (1557–1633). Четырнадцать глав Статута (они содержат 488 статей) были одобрены Сигизмундом Ваза в первом слушании, подтверждены сеймом и опубликованы в Вильне в 1588 году. Третья глава Статута, где говорится о невозможности передавать земли ВКЛ кому-либо, представляла корпоративную концепцию Великого Княжества:
Раздел третий
«О шляхетской вольности и развитии Великого Княжества Литовского.
Мы, Гаспадар, обещаем также и подтверждаем это за Себя и Наших потомков, и Клятвой, что Мы клялись на сеймах всех земель Великого Княжества… Мы не будем никому никаким образом от бояров и шляхты передавать их поместья, владения и земли отдавать…
10. Униатство
В то время христианская религия в Европе переживала трудный момент. Речь Посполитая образовалась в год, когда в ночь на святого Варфоломея в Париже произошла резня, в ходе которой погибли 20 тысяч гугенотов (протестантов). Да и остальная часть Европы пылала в огне религиозных войн. В Варшаве шляхта новорожденного содружества сформировала специальную лигу, чтобы избежать насилия на почве религиозных разногласий. И это сработало.
Несмотря на то, что сопротивление Реформации со стороны католицизма было сильно, в Содружестве оно проходило только в мирных формах. В Литве, где протестантизм особенно прогрессировал, католики открыли ряд иезуитских коллегиумов в Вильне, Полоцке, Дерпте (Тарту), Орше и Витебске. В результате католикам удалось вернуть некоторую часть своей паствы в лоно Римского костёла и свести к минимуму конфликты между католиками и православными.