Военные успехи русских войск показали ливонским феодалам полную невозможность устоять перед натиском могущественного Русского государства. Разумеется, правительство Ивана Грозного было феодально-крепостническим правительством, и вступление Прибалтики в состав Русского государства в конкретных условиях середины XVI в. не могло повести к ликвидации в Ливонии феодального строя. Однако мероприятия русского военного командования показывали ливонской аристократии, что дворянская Россия не намерена в этот момент защищать классовые интересы немецкого феодального землевладения. Угроза классовым интересам немецких феодалов в Прибалтике являлась важнейшей причиной, побуждавшей их торопиться с поисками иностранного покровительства. Поскольку ни Швеция, ни Литва, ни Германская империя и Ганзейский союз не были склонны немедленно прийти на помощь ливонским феодалам, среди них на короткий срок возобладала ориентация на Данию. Главными противниками про-датской ориентации были архиепископ рижский и город Рига. Датские феодалы были заинтересованы в укреплении своих позиций в Ливонии, тем более, что в это время эзельский епископ тайно обещал передать в подчинение Дании свои владения.
Однако в Копенгагене не думали о войне с Русским государством. Датские дипломаты обещали ливонским феодалам только свое посредничество. Перемирие 1559 г. было заключено под влиянием группировавшихся вокруг Алексея Адашева участников «Избранной рады», в руках которых в это время все еще оставалось практическое руководство военными и политическими делами. Великому магистру было предложено явиться лично в Москву или отправить туда посольство до истечения срока перемирия.
Перемирие 1559 г. было невыгодно для национальных интересов Русского государства. Ливонские феодалы получили совершенно необходимую им в военном отношении передышку. Впрочем, гораздо более серьезное значение имели последствия политические. Непрерывные поражения в ходе войны, сознание того, что помощь со стороны Империи, во всяком случае в ближайшем будущем, исключена, в чем лучше всего могло убедить ливонцев рассмотрение ливонского вопроса на Аугсбургском рейхстаге 1559 г., разочарование в возможности получить немедленную помощь со стороны Швеции и Дании, пока ограничивавшихся только дипломатическими представлениями, — все это способствовало усилению в Ордене польско-литовской партии, делавшей ставку на польско-литовский протекторат. Страх перед вспыхнувшей в Латвии и Эстонии крестьянской войной тоже побуждал значительную группу ливонских феодалов соглашаться на польско-литовский протекторат. Эта часть немецко-ливонских феодалов вполне основательно могла рассчитывать на то, что переход Ливонии под власть Польши и Литвы укрепит ее классовые позиции в стране. Для массы немецкой феодальной аристократии установление польско-литовского протектората означало и гарантию сохранения исключительно широких сословных и политических привилегий прибалтийско-немецких феодалов. По-видимому, аналогичными мотивами руководствовались и те группы ливонских феодалов и ливонской городской верхушки, которые впоследствии пошли на соглашение с Данией и Швецией. Ливонскую аристократию определенно не устраивала сильная центральная власть в Русском государстве. Между тем только нахождение в составе сильного централизованного государства могло обеспечить латышскому и эстонскому народам необходимые условия для экономического и культурного прогресса.
Переговоры с Сигизмундом II Августом вел глава польско-литовской партии Готард Кетлер, вскоре ставший великим магистром вместо престарелого Фюрстенберга. Они закончились соглашением, заключенным в Вильне (Вильнюсе) 31 августа 1559 г. По этому соглашению Сигизмунд II Август принимал в свою «клиентеллу и протекцию» Орден. 15 сентября королевский протекторат был распространен и на рижского архиепископа. Король обязывался «защищать» ливонских феодалов от Русского государства, взамен чего он получал в залог юго-восточную часть страны вдоль Двины, которую должны были занять литовские войска. Формально соглашения от 31 августа и 15 сентября не нарушали верховной власти германского императора над Ливонией. Вслед за тем 17 сентября Кетлер заставил отказаться от должности магистра Фюрстенберга, являвшегося противником польско-литовской ориентации.
Вильненское соглашение явилось важным рубежом в ходе Ливонской войны. Война между Русским государством и немецко-ливонскими сословиями превратилась в борьбу за ливонское наследство между всеми заинтересованными в балтийском вопросе государствами. Вслед за Сигизмундом II Августом в ливонские события активно вмешалась Дания. 26 сентября 1559 г. эзельский епископ отдался под покровительство датского короля. Одновременно по секретному соглашению с Фридрихом II эзельский епископ уступил Эзель (Сааремаа) герцогу Магнусу, брату короля, за 30 000 талеров. Наконец, в мае — июле 1561 г. поспешила завладеть своей долей добычи и Швеция. Сменивший на шведском престоле Густава I Вазу Эрик XIV отказался от политики своего отца, рассчитанной на сохранение Ливонии, и, вытеснив из Ревеля польско-литовский гарнизон, захватил город. Новый шведский король рассчитывал при этом, что противоречия между Польшей, Литвой, Данией и Русским государством обеспечат ему прочные позиции в захваченной части Эстонии.