Итак, Ливонская война окончилась неудачей. Русское государство не получило необходимого ему выхода к Балтийскому морю. Разоренные военными действиями латышский и эстонский народы тоже проиграли в результате неудачи для Русского государства Ливонской войны.
Используя раздел Ливонии и опираясь на иностранные правительства, немецкие феодалы еще более усилили эксплуатацию латышского и эстонского крестьянства и увеличили свои сословные привилегии.
Главной причиной, приведшей к неудаче для Русского государства Ливонской войны, было экономическое истощение страны. Прямым показателем его был упадок торговли и развал государственных финансов. Наступившая в Русском государстве хозяйственная разруха была тесно связана с событиями времен опричнины и многолетней войной. Самым серьезным ее проявлением было так называемое «запустение центра», т. е. массовое бегство городского и сельского населения из центральных областей страны. Для продолжения борьбы за Прибалтику Русское государство нуждалось в серьезной передышке. Громадное истощение военных и экономических ресурсов страны было обусловлено как внутриполитическими, так и международными обстоятельствами. Ливонская война не была подготовлена внутри Русского государства путем предварительного разгрома княжеско-боярской оппозиции. Разгром ее происходил в ходе Ливонской войны, отвлекал с театров военных действий значительные военные силы, занимая внимание дворянского правительства. Изменнические действия бояр-заговорщиков тяжело отзывались на военных усилиях государства и использовались его противниками. Наконец, сама борьба правительства с крупными феодалами имела характер вооруженного подавления оппозиции в стране и сопровождалась зачастую значительным разрушением производительных сил. При создавшейся в 60-х годах XVI в. обстановке в Русском государстве борьба эта не могла иметь другого характера. Кроме того, тяжелая война помешала русскому правительству довести до конца борьбу с реакционным боярством.
В военном и внешнеполитическом отношении самым важным было то обстоятельство, что Русскому государству приходилось бороться в состоянии почти полной изоляции и в решающий период войны (в конце 60—70-х годов) на два фронта — в Прибалтике и на юге против Крыма. В самой Ливонии оно должно было в ходе войны попеременно направлять свои удары то против Ливонского ордена, то против Литвы или Швеции, пока в конце 70-х годов ему не пришлось отражать одновременно наступление польско-литовских и шведских феодалов, имевших возможность опереться на поддержку других европейских государств.
Главной противницей Русского государства в Ливонской войне оказалась Речь Посполитая. Польско-литовским феодалам, однако, недолго удалось продержаться в захваченной ими Ливонии. Швеция вытеснила их оттуда, а затем сама Речь Посполитая стала жертвой шведской феодальной агрессии.
Еще более тяжелые последствия имела Ливонская война для Польши на западе. Завязший в войне с Русским государством Сигизмунд II Август в 1563 г. согласился признать за бранденбургским курфюрстом наследственные права на Прусское княжество. При Батории курфюрст бранденбургский был объявлен опекуном душевнобольного прусского князя Альбрехта-Фридриха с правом наследования после него. Вопрос о соединении в руках Гогенцоллернов Бранденбурга и Восточной Пруссии был предрешен. Жизненно важный для страны выход к морю в устье великой польской р. Вислы был крепко зажат в тиски немецкими феодалами. Идя на такой шаг, польские феодалы по существу предавали национальные интересы Польши. Борьба между Русским государством и Речью Посполитой имела, таким образом, крайне отрицательные последствия для обеих стран.