Семья Мейтнеров жила в районе Леопольдштадт, где селились в основном евреи, и поэтому здесь было много синагог. Мейтнеры не исповедовали никакой религии. Крещение могло бы облегчить их жизнь, но родители предпочли, чтобы религия не имела решающего влияния на их детей. Уже в зрелые годы Мейтнер решила креститься и стала протестанткой.
Лиза как-то рассказывала, что в детстве бабушка предупредила ее: если она будет шить в шаббат, на нее обрушатся небеса. Девочка захотела проверить, так ли это, и однажды в субботнее утро села вышивать. Первые стежки она делала очень осторожно и неуверенно, но довольно скоро поняла, что ничего страшного не происходит. Да, любопытство очень часто подталкивало Лизу в ее поступках. Многодетная семья Мейтнеров вела не очень богатую жизнь и даже испытывала стеснение в средствах, но при этом в доме всегда было много книг, и все дети получили высшее образование.
Женщинам было запрещено поступать в университеты. Не было у них доступа и к среднему образованию. Когда в 1892 году Мейтнер закончила базовый курс школы, она не смогла продолжить обучение. Считалось, что в этом возрасте, примерно с 13 лет, любая молодая венка должна начать готовиться к браку и учиться вести домашнее хозяйство. Писатель Стефан Цвейг отзывался об этом так: «[...] именно такими общество желало видеть молодых женщин: глупенькими и необразованными». Единственной возможностью продолжать учебу была специализация на одном предмете, чтобы стать учительницей, — университетского диплома для такой работы не требовалось. Лиза выбрала французский.
Но в империи подул ветер перемен. В 1897 году женщинам было позволено поступать в австрийские университеты, и это стало для Мейтнер великой возможностью. В одной из бесед с отцом она рассказала о своем желании получить образование в области науки и попросила его поддержки. Этот путь не был легким, но на помощь родителей девушка могла рассчитывать всегда.
Для поступления в университет необходимо было иметь среднее образование (что предполагало учебу в течение восьми лет), а также сдать вступительный экзамен (Matura). Женщинам, которые хотели поступить в университет, но не прошли курс среднего образования, была предоставлена возможность ограничиться сдачей вступительного экзамена. Курс, который обычно слушали восемь лет, Лиза самостоятельно прошла всего за два года. Девушка очень серьезно относилась к учебе, так что братья даже начали подшучивать над ней: в те редкие минуты, когда они видели Лизу без книги, они предостерегали, что ее ждет провал на экзаменах.
Лиза была очень благодарна своему наставнику, физику Артуру Сарваши, о котором писала: «У него был невероятный дар преподавания математики и физики в очень увлекательной манере». Кроме того, Сарваши показал Мейтнер некоторые приборы, которые исследователи использовали в лабораториях. В 1901 году Мейтнер отправилась сдавать экзамен вместе с еще 14 претендентками, среди которых была и дочь Больцмана, впоследствии оказавшего значительное влияние на карьеру Мейтнер. Выдержали экзамен только четыре девушки. Несмотря на то что Лиза очень интересовалась физикой, она испытывала некоторые колебания, поскольку разрывалась между страстью к этой дисциплине и желанием оказывать помощь другим:
«Когда мне было 23 года и я собиралась поступать в университет, я лелеяла мысль о том, что буду учиться медицине, а в свободное время — заниматься математикой и физикой».
Конец сомнениям положил отец, посоветовавший Лизе не отклоняться от первоначальной цели:
«Отец ясно объяснил мне, что такое возможно только для гения, каким был Герман Гельмгольц, но не для обычного человека».
Мейтнер с большим уважением относилась к советам отца, поэтому остановила свой выбор на физике.
Она приступила к учебе в Венском университете в 1901 году. Лиза была немного старше других студентов и при этом одной из немногих женщин. Она постоянно чувствовала неуверенность из-за того, что не прослушала обычную программу среднего образования, и считала, что в ее знаниях много пробелов. Желая устранить их, Лиза записалась на изучение множества разных дисциплин.