В науке принято для слова «гипотеза» последнее значение, и потому в логике рассматриваются только предположения этого третьего вида. Их мы и будем называть в дальнейшем гипотезами, или гипотетическими умозаключениями.
В естественных и исторических науках, как и в других науках, гипотеза нередко занимает видное место, причём гипотезы выдвигаются не только в тех частях естественных наук, которые изучают современное состояние природы, но и в тех, предметом изучения которых является развитие: развитие космической жизни, развитие нашей планеты, развитие органической жизни на ней, а также общественной жизни.
Так, общее соответствие береговых очертаний и сходство геологического строения материков, которые теперь разделены широкими океанами, внушило некоторым геологам (Вегенеру, Кеппену и др.) мысль о том, что материки эти когда-то составляли единую, сомкнутую массу. Оторвавшись друг от друга, они постепенно заняли своё нынешнее положение, так что разделяющие их океаны показывают расстояние, какое проплыли разорванные части некогда гораздо более обширных масс суши.
Теория эта — гипотеза. Предполагаемое ею объяснение геологического сходства разобщённых в настоящее время океанами материков, а также соответствия их внешних очертаний предполагаемой линии разрыва не могут быть предметом непосредственного наблюдения — как по отдалённости во времени, предшествующем возникновению человека на земле, так и по невозможности непосредственно удостовериться в существовании тех движений материков, которые должны были, согласно этой теории, разделить когда-то сплошные массивы суши.
Гипотезой эту теорию делает совершенная невозможность непосредственно проверить — при современном состоянии науки — основное предположение теории Вегенера. Вопрос о том, являются ли материки, которые кажутся неподвижными, плавающими островами — наподобие айсбергов, плавающих в Ледовитом океане, — не может быть разрешён до тех пор, пока наука не будет располагать рядом геодезических наблюдений, достаточно точных, чтобы устранить возможные ошибки наблюдения. Гипотезой теорию Вегенера делает её способность объяснить установленную, но до сих пор не объяснённую аномалию в распределении растений на Земле: современное распределение растений на поверхности Земли требует, повидимому, сообщения в отдалённом прошлом между теми областями суши, которые в настоящее время отделены друг от друга тысячами километров океана.
В науках исторических по целому ряду вопросов также приходится выдвигать гипотезы. Так, например, современное языкознание, исследующее индо-европейскую группу языков, установило, что в различных языках этой группы из восьми падежей древнего индо-европейского склонения сохранилась до нашего времени только часть; исчезли все формы падежей конкретного значения — творительного, местного, отложительного — и сохранились только формы грамматических падежей — именительного, звательного, винительного, родительного и дательного. При этом в разных языках утраты эти оказались неодинаковыми: в то время как ни у Гомера, ни в одном из диалектов древнегреческого языка не сохранилось шестого падежа, армянский, литовский и славянский языки и в настоящее время имеют богатое формами склонение. В этих языках хорошо сохранились падежи конкретного значения: так, литовский, польский, украинский, а также современный восточноармянский языки различают семь падежей из числа восьми, известных в древнем индо-европейском языке, а в восточноармянском употребляются постоянно ещё и теперь падежи отложительный, местный и творительный, которых не знает греческий язык уже в древнейший период своей истории.
Факты эти, хорошо изученные и установленные, требуют объяснения в истории индо-европейского языка. Но такое объяснение может быть только гипотетическим. Никто из современных учёных не может непосредственно наблюдать причину, которая в отдалённые от нас времена существования индо-европейского языка могла произвести эту неравномерность в утрате древних форм склонения. Недоступная прямому наблюдению, причина эта указывается языкознанием гипотетически. А именно: неравномерность эта объясняется влиянием населения, с которым смешались говорившие на индо-европейском языке переселенцы, обосновавшиеся на греческой почве. В пользу этого предположения говорят факты, согласно которым во всех случаях, когда склонение встречало условия, благоприятные для сохранения, оно оказывалось представленным большим количеством падежей.