Зигварт намеревался по защите диссертации занять кафедру философии в Тюбингене. Но внезапный упадок сил нарушил его планы. В 1859 году он отправился в Blaubeuren в качестве преподавателя. Однако уже спустя немного лет, осенью 1863 г., он был приглашен в Тюбинген занять освободившуюся благодаря уходу Фихте кафедру. Осенью 1865 г. он стал ординарным профессором.
Литературные работы этих и последующих лет движутся сплошь в исторической области. Еще в Blaubeuren Зигварт выступил против несправедливого суждения Либиха о Бэконе. Либих возражал, и спор длился еще некоторое время. Великий химик был в этом случае прав: традиционное понимание, усматривавшее в Бэконе не только пролагающего пути методолога и натурфилософа, но вместе с тем и экспериментирующего естествоиспытателя в нынешнем смысле, – это понимание было несостоятельно. Но критику недоставало понимания исторических предпосылок, из которых только и можно было оценить такого мыслителя, как Бэкон. Зигварт ограничил нападки Либиха той мерой, какая соответствует исторической истине. – Его ближайшие работы имеют своим предметом «краткий трактат» Спинозы, который был найден незадолго до этого. Результаты этих работ ныне в различных пунктах уже превзойдены. Несмотря на то, эти исследования сохранят основоположное значение для исследований о Спинозе.
Также и впоследствии Зигварта всегда вновь влекло к историческим занятиям. И при том он особенно охотно останавливается на том переходном времени, когда подготовлялась современная наука. Так, он трактует об Агриппе из Неттесгейма, о Феофстрате Парацельзе, о Джордано Бруно, о Томасе Кампанелле, о Иоганнесе Кеплере и Якове Шегке (Schegk). Это образы, которые мастерски умеют схватить колорит времени, также и по форме это небольшие художественные произведения, совершенно освобожденные от ученого аппарата, который все же применяется с точной добросовестностью историка. Зигварт вообще в высокой мере обладал даром рисовать эпохи и характеры. И можно было бы, пожалуй, сожалеть, что он не стал вполне историком философии.
Но немецкому философу в то время была поставлена более важная задача. В то время серьезно стали работать над новым обоснованием философии. Уже психология готова была развиться в настоящую эмпирическую науку. С начала шестидесятых годов далее зачалось мощное движение, которое, примыкая к Канту, стремилось создать для самой философии теоретико-познавательное обоснование. К этой работе примкнул теперь также и Зигварт. Правда, ни в более узком, ни в более широком смысле он не принадлежит к «кантианцам», к которым он все же стоял близко по своему научному прошлому. От переоценки Канта, которая, конечно, была понятна как естественная реакция против прежнего пренебрежения, его предохраняла уже острота его исторического понимания, от которого не ускользнули исторически обусловленные элементы кантовского мышления. Но, наконец, тут было одно более глубоко лежащее соображение, которое повелело ему идти своей собственной дорогой. Теоретико-познавательное исследование ведь снова приводит к метафизическим проблемам, разрешение которых всегда должно оставаться гипотетическим. А Зигварт не противник метафизики, и он становится затем решительно на почву реалистической теории. Но все это такие вопросы, с которыми философия, к счастью, встречается лишь в конце своего пути. Здесь, разумеется, они должны появиться: последние основания мышления и познавания кроются в метафизическом мраке. Но ближайшей и настоятельнейшей работой, которая вместе с тем единственно только в состоянии привести философию во внутреннюю связь с особыми науками, является исследование самого логического мышления, как оно, руководимое своей имманентной нормой истины, в науке находит свое наиболее совершенное применение. Это приводит дальше к установлению предпосылок, основных понятий, методов и теорий научного познания и в конце концов к критическому уяснению всего целого нашего знания, – и только это уяснение открывает взгляд на высшие принципы природной и духовной действительности. Но тем путем, на котором достижима эта цель, может быть лишь психологический анализ функции мышления и рефлексии над методами фактической науки.