Ломоносов стремится к тому, чтобы в руководстве Академией наук было по крайней мере «в голосах равновесие между Российскими и иноземцами», а для того в январе 1761 года предлагает назначить членом Академической канцелярии талантливого математика, ученика Леонарда Эйлера, профессора Семена Котельникова (1723–1806), и ему «науки поверить», то есть возложить заведование научной частью. «Довольно и так иноземцы русскому юношеству недоброхотством в происхождении препятствовали», — восклицает Ломоносов. Что же касается Тауберта, то ему «не иметь никакого дела до наук», а поручить «привести в добрый порядок» библиотеку, кунсткамеру и книжную лавку.
Ломоносов хотел обеспечить русским ученым достойное место в Академии, но, стремясь провести в жизнь свою программу, встречал ожесточенное сопротивление. В одной из своих записок о положении в Академии Ломоносов утверждает, что Шумахер нередко говаривал: «Я де великую прошибку в политике сделал, что допустил Ломоносова в профессоры», а зять его Тауберт вторил: «Разве де нам десять Ломоносовых надобно — и один нам в тягость». Ломоносов яростно обрушивался на «наглых утеснителей наук», но не всегда видел стоящие за ними социальные силы.
Шумахер и его приспешники были сильны не сами по себе. Они не могли бы «завладеть» Академией, если бы их не поддерживали правящая верхушка, реакционеры и обскуранты из среды русского дворянства. Правящие классы вовсе не были заинтересованы в демократизации науки в России.
Поэтому и было так трудно бороться Ломоносову. Его усилия, направленные к обновлению Академии наук, к перестройке всей ее жизни на новых началах, встречали холодное непонимание или откровенную враждебность власть имущих. Это отчетливо сознавал и сам Ломоносов, который, составляя план своего обращения к Теплову, написал: «Стараюсь Академию очистить. А со стороны портят».
Представители правящих классов чувствовали, что Ломоносов заходит в своих требованиях слишком далеко, и потому неохотно шли ему навстречу. Ему трудно было чего-либо добиться, даже от своих признанных покровителей. Но Ломоносов не складывает оружия. Он сам говорит о себе, что получил в дар от природы «терпение и благородную упрямку и смелость к преодолению всех препятствий к распространению наук в Отечестве, что мне всего в жизни дороже» (письмо к Теплову от 30 января 1761 года).
Настойчивость и упорство Ломоносова не ослабевают, невзирая ни на какие препятствия. Он подает одну за другой докладные записки, планы, проекты, доношения, рапорты, постоянно напоминает о них, следит за их судьбой. Он обращается в сенат и к Разумовскому, осаждает своими требованиями Академическую канцелярию и собрание профессоров. Он стучится во все двери, обращается к своим покровителям и к своим недругам, пишет горячие послания вельможам и академикам. «Одобрите мое рачение к размножению в Отечестве природных ученых людей, в которых не без основания видим великий недостаток», — пишет он М. И. Воронцову 30 декабря 1759 года.
С начала 1760 года Ломоносов снова начинает бороться за преобразование Академии. Он составляет новую докладную записку «о худом состоянии Академии» и требует пересмотра, академического регламента, «дабы Академия не токмо сама себя учеными людьми могла довольствовать, но размножить оных и распространить по всему государству».
Ломоносов разрабатывает проект привилегий Академии наук, проект нового университетского и гимназического регламента. Проект привилегий предусматривал дарование Академии наук независимости «в произвождении ученых дел».
Ученым и учащимся предоставлялось «без вычету жалованья» на весь июль месяц «летнее прохлаждение и отдохновение дабы в течении трудов годичного обращения на несколько освободиться от утомления мыслей», то есть, говоря нашим языком, ежегодный отпуск. Академии жаловалась мыза, где ученые могли проводить лето и где они «не преминут чинить физические, особливо экономические примечания и опыты». После смерти профессоров их вдовы получали годовое жалованье умершего или одну шестую часть оклада до конца жизни.
Ломоносов стремился обеспечить участие русских ученых в управлении страной, развитии ее промышленности и культуры. «Академики не суть художники, но государственные люди», — писал он. Устанавливается присутствие академиков в различных государственных коллегиях, канцеляриях и комиссиях с присуждением им надлежащего ранга и уплатой им «окладного жалованья» сверх получаемого от Академии содержания.