В июле 1761 года умер Шумахер. Ломоносов остался один на один с Таубертом. Ожесточение Ломоносова достигает предела. В декабре 1761 года он отправляет Кириле Разумовскому донесение с перечнем «пунктов предерзостей канцелярии советника Тауберта» и требует предания его суду.
24 декабря 1761 года смерть Елизаветы и воцарение полоумного Петра III развеяли в прах лучшие надежды Ломоносова. Инавгурация университета не состоялась. Речь Ломоносова во славу наук и русского народа не была произнесена. Но Ломоносов не перестает бороться за развитие русской культуры После свержения Петра III он пытается обратиться к Екатерине II через всесильного временщика графа Г. Г. Орлова. В письме от 25 июля 1762 года он просит Орлова помочь ему открыть второй университет — «златой здешним наукам век поставить». Но Орлов остался равнодушен к просьбе Ломоносова.
Ломоносов не оставляет попечения об академическом университете и пытается в труднейших условиях наладить его учебную работу. В декабре того же 1762 года в академическом университете состоялись экзамены семнадцати студентов, получивших хорошие отзывы от профессоров. В «Записке о состоянии университета», представленной Разумовскому 5 февраля 1763 года, Ломоносов радостно сообщает, что «через год из помянутых студентов человеков двух надеяться можно адъюнктов». Это будут, с гордостью подчеркивает Ломоносов, «действительные академические питомцы, с самого начала из нижних классов по наукам произведенные, а не из других школ выпрошенные».
Усилия и надежды Ломоносова скоро оправдались. Уже в первые десятилетия после его смерти многие воспитанники академической гимназии заявили о себе замечательными трудами. Они все принадлежали к демократическим слоям русского народа и на разных поприщах боролись за развитие производительных и культурных сил своей страны. Мы упомянем лишь о плеяде замечательных ученых-натуралистов, значительно подвинувших вперед изучение России, ее природы и естественных богатств. Среди них солдатский сын, талантливейший ботаник и этнограф Василий Федорович Зуев (1754–1794) и сын захолустного пономаря химик Никита Петрович Соколов (1748–1795), ставшие впоследствии академиками. Они участвовали в широко известной в науке экспедиции академика Палласа, выполнили наибольшую часть работ и были соавторами научного описания экспедиции. Книга Зуева «Начертания естественной истории» (1786) превосходила, по отзыву Палласа, все тогдашние иностранные руководства. В. Ф. Зуев первый описал криворожские рудные месторождения и напечатал несколько работ о других полезных ископаемых, в том числе большую статью «О Турфе» (1788). Никита Соколов составил «Описание приисков земляного угля в Калужском местничестве» (1794).
Сын солдата Преображенского полка, астроном Петр Борисович Иноходцев (1742–1806), замеченный в юности Ломоносовым, совершил много поездок для определения географического положения различных мест России, разрабатывал проект соединения каналом Волги и Дона. Сын солдата Семеновского полка Иван Иванович Лепехин (1740–1802) стал крупнейшим русским ботаником и зоологом, в честь которого были названы два вида насекомых и одно редкое растение.
Лепехин много путешествовал по России, изучал бассейн Северной Двины и берега Белого моря. Сотрудником и помощником его был воспитанник академической гимназии, сын деревенского священника, Николай Яковлевич Озерецковский (1750–1827), крупный русский биолог, известный исследователь Кольского полуострова, также ставший впоследствии академиком.
Четыре тома «Дневных записок путешествия Ив. Лепехина по разным провинциям Российского государства» (1771–1805) заключали не только описание множества растений, животных, рыб, птиц, насекомых, найденных им во время путешествий, но и сведения о минералах и других природных богатствах, способах или возможностях их добычи и применения, описание ремесел да и вообще всего быта населения, с которым он встречался, обстановки, утвари, примет, легенд, поверий, копии с древних актов и грамот, описание старинных зданий, монет и оружия. Лепехин уделял большое внимание этнографии нерусского населения нашей родины, подробно и с сочувствием говорил об обычаях, образе жизни, занятиях, верованиях коми, вогулов, чувашей, мордвы, киргизов и башкиров.
В течение пятнадцати лет Иван Лепехин был инспектором академической гимназии, по-ломоносовски заботясь о воспитании образованных русских людей. Он вникал в нужды учеников, был прям и независим и выдерживал крупные столкновения с начальством.
Трудами этих передовых ученых русское естествознание прочно становилось на ноги. Ломоносовское пламя горело в сердцах его питомцев, отдавших все свои силы на благо родины и просвещения своего народа.