Ломоносов на первых порах устраивает его на службу «придворным истопником», так как срок паспорта Шубного истекал и медлить было нельзя. Но и это должно было стоить больших усилий, ибо даже в 1775 году, когда Шубный стал знаменитым скульптором, сенат с недоумением запрашивал: «как из доношения Архангелогородской губернской канцелярии видно, что означенный Шубин в 1761 году определен был ко двору Е. И. В. истопником, то от придворной Е. В. Контору и потребовать сведения с каким основанием он будучи в подушном окладе ею принят в службу». Наконец 23 августа 1761 года Иван Иванович Шувалов вытребовал в Академию художеств истопника Федота Шубного, «который своей работой в резьбе на кости и перламутре дает надежду, что со временем может быть искусным в своем художестве мастером».
Федот Шубин, как стали его теперь называть, сделался несравненным мастером, не знавшим себе равного по обработке камня в России. Его скульптурные портреты по своей выразительности, суровой и напряженной правде, проникновенности психологической характеристики делают его одним из величайших скульпторов своего века. Это был человек ломоносовского закала, не шедший на сделки со своей художественной совестью и сохранивший независимость от суждений высоких заказчиков, умерший в нищете, но не ставший на путь красивости и лести.
Всецело обязан был Ломоносову своим образованием Михаил Евсеевич Головин, сын родной сестры Ломоносова Марьи Васильевны, по мужу Головиной — крестьянки села Матигоры, неподалеку от Курострова. Головин был привезен в Петербург в 1764 году, всего восьми лет от роду (родился в 1756 году, умер в 1790 году). Ломоносов принял его необычайно сердечно и зачислил в академическую гимназию. «Весьма приятно мне, — писал он сестре, — что Мишенька приехал в Санктпетербург в добром здоровье и что умеет очень хорошо и исправно читать, также и пишет для ребенка нарочито. С самого приезду сделано ему новое французское платье, сошиты рубашки и со всем одет с головы и до ног, и волосы убирает по-нашему, так чтобы его на Матигорах не узнали. Мне всего удивительнее, что он не застенчив, и тотчас к нам и нашему кушанью привык, как бы век у нас жил, не показал никакова виду, чтобы тосковал или плакал. Третьего дня послал я его в школы здешней Академии Наук, состоящие под моею командою, где сорок человек дворянских детей и разночинцев обучаются и где он жить будет и учиться под добрым смотрением, а по праздникам и по воскресным дням будет у меня обедать, ужинать и ночевать в доме. Учить его приказано от меня латинскому языку, арифметике, чисто и хорошенько писать и танцевать».
Ломоносов сообщает сестре, что ходил сам в школу «нарочито осмотреть как он в общежитии со школьниками ужинает, и с кем живет в одной камере. Поверь, сестрица, что я об нем стараюсь, как должен доброй дядя и отец крестной. Также и хозяйка моя и дочь его любят и всем довольствуют. Я не сомневаюсь, что он через учение счастлив будет». Письмо это написано Ломоносовым 2 марта 1765 года, за месяц до смерти.
Мишенька Головин оправдал надежды Ломоносова. Он обнаружил замечательные математические способности и по выходе из академической гимназии стал ближайшим учеником Леонарда Эйлера, возвратившегося в Россию в 1766 году. Уже в 1774 году Эйлер представил два математических сочинения Головина на латинском языке и хлопотал о назначении его адъюнктом. Однако его принадлежность к «податному сословию» послужила препятствием. Но все же в 1776 году Головин был избран адъюнктом по опытной физике. Свою вступительную речь он произнес, вопреки традиции, на русском языке. Головин отличался разносторонними интересами. Помимо физики, астрономии и математики, он уделял большое внимание кораблестроительному делу и с увлечением занимался античной литературой и древними языками.
M. E. Головин деятельно работал в комиссии по созданию учебников для народных школ и некоторые из них составил сам (по геометрии, механике и гражданской архитектуре). За короткое время было издано 27 учебников, изготовлены глобусы, географические карты и другие пособия. Он шел по стопам Ломоносова, боролся за просвещение русского народа и, как Ломоносов, терпел преследования от правящей феодально-дворянской верхушки. В январе 1786 года княгиня Дашкова, ставшая директором Академии наук, вынудила Головина, как раз в то время занятого подготовкой к изданию собрания сочинений М. В. Ломоносова, к отставке.
Отдавая официальную дань имени Ломоносова, Екатерина II и ее приближенные сделали все, чтобы истребить в Академии наук ломоносовский дух и ломоносовские традиции.