Сенат был явно на стороне Ломоносова. «Тауберт сознался, наконец, в том, что не мог моего, то есть своего дела выиграть у превосходящего его силами Ломоносова», — писал Шлёцер, который мечтал лишь о том, чтобы поскорее получить свой паспорт на отъезд за границу. Но друзья Шлёцера, рассматривавшие его борьбу с Ломоносовым как свое дело, не дремали. 3 января 1765 года, как гром среди ясного неба, последовал указ Екатерины о назначении адъюнкта Шлёцера ординарным профессором истории, минуя все процедуры, вроде избрания в Конференции профессоров, представления научных трудов и т. д. Шлёцеру было, назначено жалованье восемьсот шестьдесят рублей в год, предоставлен отпуск для «поправления здоровья» в Германию, дано право представлять свои сочинения непосредственно царице, чтобы они «тем беспрепятственнее могли производимы быть в печать»; в указе подчеркивалось, что не только «не возбраняется ему [Шлёцеру] употреблять все находящиеся в императорской библиотеке и при Академии книги и манускрипты и прочие к древней истории принадлежащие известия, но дозволяется требовать через Академию всего того, что к большему совершенству поручаемого ему дела служить может».
Шлёцер подробно рассказывает в своих мемуарах, как Тауберт сумел найти покровителей при дворе, которые в должном свете сумели представить все это дело Екатерине. К ней имел открытый доступ генерал-рекетмейстер Козлов, сын которого учился у Шлёцера латыни вместе с детьми Кирилы Разумовского и Теплова. «Тауберт этого господина, как и многих других, потешал рассказами о моих приключениях», — сообщает Шлёцер. Козлов, улучив нужную минуту, сумел доложить Екатерине; которая не только весьма охотно его выслушала, но и одобрительно отозвалась о представленном ей прошении Шлёцера, сказав, что оно «хорошо написано».
Екатерина II не питала никаких иллюзий относительно Тауберта и порядков, насаждавшихся им в Академии наук. Когда Авраам Ганнибал доложил ей, что проект канала между Петербургом и Москвой пропал неизвестно куда вместе с другими бумагами Петра Великого, она собственноручно написала: «Есть ли сии планы в Академии, то испрашивать их не для чего, понеже верно украдены». А другой раз, когда Тауберт подал рапорт об уничтожении некоторых изданий Академии наук как малоценных, она наложила резолюцию: «Тож выкрал. У меня в конюшни отцепили и продали за тридцать рублев Аглинскую лошадь, которая стоит пятьсот Рублев, но то учинено незнающими людьми. Видно, что у них беспорядится не менее как в воеводской канцелярии, но таковых воевод сменяют ныне отчасти». Но ей так и не пришло в голову сместить Тауберта. Зато она сочла вполне возможным принять жалобу на Ломоносова и без всякого разбирательства решить дело в пользу Шлёцера.
В черновых бумагах Ломоносова сохранились такие замечания: «Все удивляются, что профессор Миллер (за) диссертацию, в которой нашлись сатирические некоторые выражения, штрафован был не токмо уничтожениям оныя; но и понижением чина и убавкою жалования и публично тем обруган, несмотря на долговременную его службу. Ныне Шлёцер, новоприезжий, еще за большие наглости вдруг награжден чином и жалованьем ординарного профессора с преимуществами, каковых никогда славнейшие в свете профессоры не имели».
Даже Миллер был огорошен таким поворотом дела и открыто присоединился к Ломоносову, отважившемуся противодействовать указу. Они добились некоторых изменений в контракте со Шлёцером. Но враги Ломоносова торжествовали. «Тауберт и его креатуры разносят по городу копии безвестной Шлёцеровой на Ломоносова жалобы». — пишет Ломоносов. Это же подтверждает в своих мемуарах и Шлёцер, сообщающий, что Тауберт «велел тотчас перевести мой ответ на русский язык, сделать множество немецких и русских копий и разослать повсюду», то есть явно в целях подорвать авторитет Ломоносова.
О том, как тяжело переносил эту новую опалу Ломоносов, говорит небольшая сохранившаяся его записка «для памяти», которая дышит подлинным отчаянием: «Беречь нечево! Все открыто Шлёцеру сумасбродному. В российской библиотеке нет больше секретов. Вверили такому человеку, у коего нет ни ума, ни совести, рекомендованному от моих злодеев. За то терплю, что стараюсь защитить труд Петра Великого, чтобы выучились россияне, чтобы показали свое достоинство». Но Ломоносов верит в силы русского народа и знает, что он не будет вечно терпеть обнаглевших иноземцев, попирающих его священные права. «Ежели не пресечете, великая буря восстанет», — пророчески говорит он в конце своей записки, словно прямо обращаясь к правящей верхушке, предающей интересы русского народа.