В составленной в 1728 году синодом подробной ведомости указано, что за двадцать восемь лет — с 1701 по 1728 год — из учащихся Славяно-греко-латинской академии вышло в духовенство (в том числе и в монашествующее) всего 68 человек, в то время как на гражданское поприще ушло 168 человек, причем только в Московский госпиталь «для учения хирургической науки» было отпущено 63 человека.
В 1735 году ректор Стефан жаловался синоду, что из его питомцев редко кто доходит до богословия: «инии посылаемы бывают в Санкт-Петербург для обучения ориентальных диалектов и для камчадальской экспедиции, инии в Астрахань для наставления калмыков и их языка познания, инии в Сибирскую губернию и с действительным статским советником Василием Татищевым, инии в Оренбурскую экспедицию и с статским же советником Иваном Кириловым, инии же берутся в Московскую типографию и монетную контору, мнозие же бегают, которых и сыскать невозможно». Эти «мнозие» беглецы пристраивались переводчиками в московских канцеляриях и весьма искусно укрывались от начальства духовного при прямом содействии начальства светского. И вот ректор жалуется, что самые способные — «остроумнейшие и надежнейшие» — то и дело переходят на гражданские должности, а пуще всего устремляются в Московский гошпиталь, будучи «удобно наговорены» своими товарищами. «А в Академии почти самое остается дрождие».
Московский госпиталь, привлекавший к себе учеников Спасских школ, был основан Петром I в 1707 году «за Яузой рекой». Госпиталь занимал огромное пространство за Яузой, против Немецкой слободы. В длиннейшем здании, построенном в 1727 году по плану и рисункам Бидлоо, нижний этаж и подвалы которого были каменными, расположились больничные помещения, аптека, «бурсы», как называли светлицы, в которых жили и занимались хирургические ученики. Разместились кругом в деревянных домах многочисленные службы: «приспешная», поварня, пивоварня, мертвецкая, баня и караульная изба.
Во главе госпиталя и школы был поставлен известный анатом Николай Бидлоо, которому Петр обещал выдавать по сто рублей за каждого ученика, признанного достойным «лекарского градуса». Бидлоо был широко образованным человеком, преданным своему делу. За время своего управления госпиталем он подготовил большое число русских хирургов для армии, флота и гражданской службы. Учеников, достаточно уже разумеющих по-латыни, он набирал в Славяно-греко-латинской академии, с которой, кстати сказать, Московский госпиталь находился даже в одном ведомстве, ибо медицинские учреждения находились на иждивении монастырского приказа, а с учреждением синода поступили в его ведение, в котором находились до 1765 года.
Академия прилагала все усилия, чтобы не дать Бидлоо учеников больше положенного комплекта в пятьдесят человек, и притом старалась сбыть ему наиболее буйных и нерадивых. Бидлоо строго экзаменовал учеников и принимал тех, кто хотел у него учиться, не спрашиваясь у Духовного начальства. Академия часто жаловалась синоду на такое «непорядочное нахальство», отчего происходит «опасное своеволие», то есть повальное бегство учащихся. Попав в госпиталь, ученики получали по рублю в месяц на готовых харчах. Им выдавали сукно на кафтан, камзол и штаны из расчета на два года. И они были обеспечены сносным жильем. А главное — они избавлялись от схоластики и уготованного им духовного звания.
Конечно, и в госпитале было не все сладко. Ученики вставали в пять часов утра, проводили целые дни то в классах, то в мертвецкой, то помогая при операциях, которые проводились без всякого обезболивания. В жарко натопленных палатах стоял смрад от гниющих ран и слышались стоны умирающих. В госпитале царили порядки военной казармы петровского времени. Бидлоо безжалостно за малейшую провинность сажал хирургических учеников в карцер на хлеб и на воду, приказывал заковывать в кандалы, бить плетьми и батогами, а в некоторых случаях — за пьянство и распутство — сдавал в солдаты.