Но это не значит, что скопище иностранцев, обосновавшихся в Петербурге, живущих своей замкнутой, обособленной жизнью, свысока, а то и враждебно относившихся к русскому народу, не было серьезной помехой и угрозой для самостоятельного развития русской культуры. Их вредным и опасным стремлениям играть руководящую роль в русской политической и культурной жизни был вскоре дан мощный отпор Ломоносовым.
Печально складывались дела и в Академии наук. Поредел и стал изменяться ее состав. Крупные ученые, не желавшие плясать под дудку Шумахера, разъезжались. В 1733 году Петербург покинул Даниил Бернулли. В марте 1736 года умер академик Лейтман. Эйлер помышлял об отъезде. Шумахер заполнил все, даже незначительные, места в Академии своими ставленниками.
В конце 1734 года «главным командиром» Академии был назначен барон Корф, человек образованный и начитанный. Ободрившиеся академики решили протестовать против того, что «оная канцелярия» под начальством Шумахера «взяла команду» над Академией. Корф не только не внял этим доводам, но стал выказывать особое расположение Шумахеру.
Корф не мог не заметить, в каком запущенном состоянии находилась Академия и в особенности подготовка новых специалистов. Его осенила благая мысль набрать для пополнения опустевшей академической гимназии и университета учеников из монастырских школ, о чем он и сделал в 1735 году представление в сенат. Сенат издал надлежащий указ, который возымел действие и в Спасских школах. 23 декабря 1735 года отставной поручик Попов повез избранников на санях в Петербург, куда благополучно доставил их 1 января.
Новоприбывших учеников приняли со снисходительной важностью. 27 января 1736 года Корф распорядился выдать академическому эконому Матиасу Фельтену сто рублей «на покупку им постелей, столов и стульев и протчего, что потребно». Для них приобрели простые кровати по тринадцать копеек штука, выдали каждому по паре простых смазных сапог и паре башмаков, шерстяные и гарусные чулки, немного полотна на рубахи и постельное белье, редкий и частый гребень и кусок ваксы. Им отвели сперва покои при самой Академии, а потом наняли для них на Васильевском острове «новгородских семи монастырей дом», где было устроено общежитие. «Пропитанием» учеников ведал эконом Матиас Фельтен. Общее «смотрение» было поручено адъюнкту Адодурову.
3 февраля штатс-контора отпустила на их содержание 360 рублей «до будущего указу». Но деньги эти растаяли, как дым. Эконом Фельтен писал все новые счета на покрытие понесенных им издержек. Но студенты не видели, на что уходят деньги, бедствовали и, наконец, в октябре 1736 года отважились обратиться в сенат с просьбой определенную им от Академии наук сумму давать им на руки, а не эконому — «понеже и ныне от него… как в пище, так и содержанию нашему в принадлежащих вещах не малую претерпевали нужду». Особенно их возмущало, что за стол было поставлено по пяти рублей с каждого в месяц. А студенты жаловались, что они голодают и им так живется, что и «учиться не можно». 11 ноября 1736 года, когда Ломоносова уже не было в Петербурге, истопник Афанасий Петров донес Адодурову, что студенты «при столе, во время кушанья неучтиво поступают». Особенно возмущался Прокофий Шишкарев, объявивший во всеуслышание: «хотя де про немцев и говорят, будто они не воры, однако ж де и они воруют».
Шумахер, разгневанный этим «бунтом», учинил строжайшее следствие. 17 ноября главные зачинщики Шишкарев и Чадов были немилосердно «биты батожьем». А накануне, 16 ноября, академик Байер должен был всех провинившихся учеников «порознь свидетельствовать» в науках. Сухой и чопорный Байер, который почти не знал русского языка, проявил большую строгость к испытуемым. О семнадцатилетнем Алексее Барсове, ставшем потом корректором академической типографии, будущем астрономе Никите Попове и Михайле Гаврилове Байер написал, что от них «о дальнейшем успехе в науках никакой надежды иметь не можно», ибо они «в такие свои годы грамматического фундамента (в латинском языке) весьма немного получили». Но вот как раз о Прокофии Шишкареве Байер отозвался хорошо. По его словам, Шишкарев «всех прочих превзошел и изрядные стихи сочинил», а кроме того, «сам от себя и без всякого наставления две книги Виргилия, и одну книгу Овидиевых Метаморфозов, с тремя письмами сего же автора, и несколько Цицероновых писем читал, о которых добрую отповедь сказать может. Еще своею охотою по-гречески учился, и начал греческую книгу переводить… К тому же он человек житья такого, что всякой похвалы достоин».