Ломоносов, как свидетельствуют все его современники, отличался высоким ростом, крепостью и необычайной силой. Отзывчивый и великодушный по натуре, он вместе с тем был необыкновенно вспыльчив, горяч и полон веселого задора. Любопытную сценку, характеризующую молодого адъюнкта Ломоносова, жившего отшельником на Васильевском острове, сохранил в своей биографии Ломоносова академик Якоб Штелин:
«Однажды в прекрасный осенний вечер пошел он один одинехонек гулять к морю по Большому Проспекту Васильевского острова. На возвратном пути, когда стало уже смеркаться и он проходил лесом, по прорубленному проспекту, выскочили вдруг из кустов три матроса и напали на него. Ни души не было видно кругом. Он с величайшей храбростью оборонялся от этих трех разбойников. Так ударил одного из них, что он не только не мог встать, но даже долго не мог опомниться; другого так ударил в лицо, что он весь в крови изо всех сил побежал в кусты, а третьего ему уж не трудно было одолеть; он повалил его (между тем как первый, очнувшись, убежал в лес) и, держа его под ногами, грозил, что тотчас же убьет его, если он не откроет ему, как зовут двух этих разбойников и что хотели они с ним сделать. Этот сознался, что они хотели только его ограбить и потом отпустить. «А, каналья, — сказал Ломоносов, — так я же тебя ограблю». И вор должен был тотчас снять свою куртку, холстинный камзол и штаны и связать все это в узел своим собственным поясом. Тут Ломоносов ударил еще полунагого матроса по ногам, так что он упал и едва мог сдвинуться с места, а сам, положив на плечи узел, пошел домой со своими трофеями, как с завоеванною добычею».
Ломоносов находился в полном расцвете своих сил, и его энергия бурно искала себе выхода. Он чувствовал себя скованным по рукам и ногам, и в нем то и дело закипало негодование против наглых чужеземцев, оттеснявших его от занятий науками и не допускавших отдать все свои силы своему отечеству.
Вся атмосфера в Академии наук в это время была чрезвычайно накаленной. В стенах Академии раздавались голоса о произволе Шумахера и злоупотреблениях его приспешников. Во главе обличителей стал токарь и механик Петра I, выдающийся изобретатель, создатель механического суппорта Андрей Константинович Нартов, ведавший академической мастерской. Он видел, что Шумахер искажает замысел великого основателя Академии. К нему присоединились астроном Делиль, несколько переводчиков, канцеляристов и студентов. Они написали в сенат доношение, в котором слышится искренняя тревога за судьбы русской науки. «Петр повелел учредить Академию не для одних чужестранных, но паче для своих подданных», — писали обвинители Шумахера. А ныне «Академия в такое несостояние приведена, что никакого плода России не приносит…» Выписанные Шумахером профессора «все выдают в печать на чужестранных диалектах, а прежние выдавали на российском диалекте, чтоб и российской народ знал». Безвестные канцеляристы как бы говорили от имени всей России.
Среди жалобщиков было и несколько прежних однокашников Ломоносова, вызванных вместе с ним в Петербург из Славяно-греко-латинской академии, — Прокофий Шишкарев, Никита Попов и Михаил Коврин.
Подписи Ломоносова под доношением Нартова не было. Он недавно прибыл из-за границы и не мог бы дать подробных показаний по всему делу. Но в сердце его кипели те же страсти и то же озлобление против чужестранцев. И недаром Герард Миллер в составленной им на немецком языке истории Академической канцелярии утверждал, что «господин адъюнкт Ломоносов был одним из тех, кто подавал жалобу на господина советника Шумахера, и вызвал тем назначение следственной комиссии».
Ломоносов по-прежнему жил в Боновском доме.
В декабре 1741 года умер Амман. После его смерти «академическим огородом» стал ведать Иоганн Сигизбек, преподававший ботанику в Петербургском госпитале. Сигизбек стал академиком в апреле 1742 года, воспользовавшись замешательством, наступившим в эти бурные времена. Ему оказал покровительство лейб-медик Елизаветы Лесток. Этого было вполне достаточно, чтобы вызвать приступ расположения у Шумахера.