Сварливый и мелочный Сигизбек был лишен научного кругозора. Все его воззрения были необычайно старомодными. Астроном-любитель, он ухитрился написать полемическое сочинение против Коперника, в котором отстаивал ветхозаветное представление о неподвижной Земле. Он сочинил «ученый труд», названный им «Ботанософия» (1737), в котором выступил против учения Линнея о существовании пола у растений и построенной на этом системы классификации. Главным доводом благочестивого Сигизбека было то, что бог никогда бы не допустил в растительном царстве подобной безнравственности и что столь нецеломудренная система не может быть изложена перед юношеством.
Линней не остался в долгу. Вскоре Сигизбек получил из Швейцарии от Линнея пакет с семенами неизвестного растения, загадочно названного Cuculus ingratus» («Неблагодарная кукушка»). Сигизбек поспешил высеять семена на своем «огороде» и с нетерпением ждал, что появится. Когда же семена взошли, то оказалось, что это хорошо известное ему растение, названное некогда Линнеем в честь самого Сигизбека «Siegesbeckia orientalis».
Сигизбек был взбешен. Проживающий в Петербурге шведский барон Стен Белке упрашивает Линнея как-нибудь задобрить Сигизбека. «Нам в Швеции важно быть с ним в дружбе, — писал он в мае 1745 года из Або, — по крайней мере до тех пор, пока профессор Стеллер не вернется из Камчатки и Америки. Он уже без задержки едет обратно, нагруженный коллекциями и семенами. Сигизбек единственный человек, через которого мы можем получить долю в том, что Стеллер привезет». Но Линней объявил, что не согласен заискивать перед Сигизбеком за самую большую коллекцию растений из всей Сибири.
В Петербургском ботаническом саду было несколько сот редчайших растений, полученных из глубин Азии, Сибири, Монголии и Китая, которые были неизвестны еще науке. Западноевропейские ботаники буквально охотились за ними и старались всеми правдами и неправдами достать их семена в Петербурге и таким образом без особого труда воспользоваться результатами многолетних русских академических экспедиций. Сигизбек вел себя в Боновском доме самовластным хозяином и держал всех служащих «огорода» на положении челяди. Он расположился здесь с большим и буйным семейством — женою, тремя взрослыми сыновьями и пятью дочерьми. Сыновья балбесничали и наводили страх на окружающих. Однажды они ворвались в квартиру солдата Якова Тычкова, разгромили ее, кощунствовали над православными иконами и ставили к ним сальные свечи.
Кроме Сигизбека, в том же Боновском доме ютился различный мелкий академический люд, по большей части немцы, зависевшие от Шумахера, перероднившиеся друг с другом и жившие тесным замкнутым мирком. Среди них был садовник Иоганн Штурм, староста василеостровской евангелической церкви.
Против всей этой компании у Ломоносова давно накопилось раздражение. Под вечер 25 сентября Ломоносов, разыскивая украденную у него епанчу, зашел к Штурму. Здесь шла какая-то пирушка. Гостей было много: переводчик Иван Грове, лекарь Брашке, унтер-камерист Люрсениус, переводчик Шмит, бухгалтер и книгопродавец Прейсер, бухгалтер Битнер, столяр Фриш и копиист Альбом. Ломоносова встретили заносчиво. Началась перебранка. Разгорячившийся Ломоносов, «схватя болван, на чем парики вешают», повел себя, как Василий Буслаев на Волховом мосту, и пометал всю компанию. Штурм побежал «караул звать», но, воротившись, «застал гостей своих на улице битых». Жена его, хотя и была на сносях, выскочила из окошка. Ломоносов разбил зеркало и рубил двери шпагою. Пятеро караульных солдат и староста Григорий Шинаев с трудом доставили его на съезжую. Штурм и его служанка подали «в бою и увечье» письменные объявления. Но и Ломоносову это побоище обошлось не дешево. Он не явился на вызов Академической канцелярии, а академический врач Вильде засвидетельствовал, что он «за распухшим коленом выйти из квартиры не может, а особливо для лома грудного сего делать отнюдь не надлежит», и прописал ему «для отвращения харкания крови» потребные лекарства. Перетрусивший Иоганн Штурм боялся отлучиться из дому, опасаясь гнева Ломоносова.
Дело это не возбудило никаких последствий, так как над Академией грянул долгожданный гром.
30 сентября 1742 года Елизавета подписала указ о назначении следственной комиссии по делу Шумахера. 7 октября Шумахер был заключен под караул в его собственном доме. Вместе с ним был арестован Прейсер. Кунсткамера, библиотека, книжная лавка со всеми находившимися в них вещами и приходо-расходными книгами были опечатаны.