Правителем Академической канцелярии стал Нартов. Нартовым руководило искреннее стремление служить заветам Петра. Он поднял на большую высоту академические мастерские, которые снабжали оптическими приборами, точными весами, астролябиями, компасами, термометрами, чертежными принадлежностями развивающуюся русскую промышленность, горное дело и мореходство. Он мечтал о превращении Академии наук в огромную мастерскую, выпускающую нужные и полезные инструменты и приборы. Подозрительные и часто бесплодные умствования заезжих иноземцев были ему не по душе, и он не видел от них пользы для России.
Ломоносов не одобрял некоторые поступки Нартова, прекратившего из экономии издание первого научно-популярного журнала на русском языке — «Примечание к Ведомостям» — и вообще замышлявшего «каждой науки по одному оставить, достальных же излишних от Академии отпустить». Ломоносов понимал, что Нартов может увести Академию на неверный путь, сузить и упростить ее задачи. Но Ломоносов не мог не сочувствовать демократическим побуждениям Нартова и вполне разделял его неприязнь к иноземцам. И он втягивался в борьбу на стороне Нартова.
В Академии наук царила настороженная тишина. Самое незначительное происшествие отзывалось громким эхом и еще более накаляло атмосферу. Нартов распорядился опечатать архив Конференции и проверять состояние печатей. Понятым при этом бывал и Ломоносов, принимавший участие в просмотре бумаг, когда их нужно было вынуть или вернуть в архив. Все это было не по нутру академикам, жаловавшимся в следственную комиссию, что адъюнкт Ломоносов, переводчик Горлицкий и другие «сообщники» Нартова «им во отправлении их дел мешали».
В результате столкновений Ломоносова с академиками в феврале 1743 года он был исключен из Конференции. Не помогло и вмешательство Нартова, которому открыто не подчинилась Конференция. Ко всему этому присоединилась и крайняя нужда. Почти целый год в Академии никому не платили жалованья. Еще в феврале 1743 года Ломоносов и Тредиаковский подали в канцелярию отчаянную просьбу: выдать им в счет годового жалованья — Тредиаковскому десять рублей, а Ломоносову «сколько заблагорассудится». Последовало определение: «первому выдать 10, а второму пять рублей из книжной лавки».
В Академии наук все напряженно ждали, чем разрешится следствие над Шумахером. Торжество сторонников Нартова оказалось преждевременным. В назначенную по делу Шумахера комиссию попали заведомо снисходительные люди: простоватый генерал-лейтенант С. Л. Игнатьев и князь Б. Г. Юсупов, отличавшийся рабской преданностью Бирону.
На допросе канцеляристы горячились и взывали к тени Петра Великого. Но какое дело было сановной комиссии до их негодования, что какие-то «русские переводчики, имеющие познания в науках, получают жалованья гораздо меньше, нежели многочисленные, часто вовсе ненужные немецкие писцы». Обвинители говорили, что Шумахер живет пышно, занял большой дом, употребляет без контроля казенные дрова и свечи, завел для своих надобностей шестивесельную шлюпку, которая с «мундиром» и жалованьем гребцам обходилась Академии двести рублей в год, что с 1727 по 1742 год он брал по четыреста рублей ежегодно на кунсткамеру, якобы для угощения знатных посетителей. Возмущенные канцеляристы рассказывали, что Шумахер по родству и свойству совал в Академию бесполезных людей, принял некоего егеря Фридриха «для стреляния птиц в кунсткамеру» с жалованьем в год по двести рублей — и с оного 1741 года «настреляно им шестьдесят птиц и принесено в кунсткамеру, которых птиц в Охотном ряду за малую цену купить можно». Шумахер, смелея день ото дня, с достоинством отвергал возводимые на него обвинения. Он даже ссылался на якобы данное Блюментросту словесное распоряжение Петра I расходовать деньги на трактирование знатных особ при посещении ими кунсткамеры. Такая ссылка на волю Петра была для комиссии вполне убедительной. Правда, обвинители, постепенно превращавшиеся в ответчиков, резонно говорили, что ныне «знатные» особы редко посещают кунсткамеру, да и трактир для них от него, Шумахера, бывает невеликий, и кроме кофе, водки и заедок не бывает, что на это в год изойдет не более десяти или пятнадцати рублей, и что для этого следовало иметь особую книгу, а у него (Шумахера) книги нет и в ревизион-коллегию о том знать не дает». Это был лепет цепляющихся за свою правду маленьких людей. Комиссии становилось все более ясно, что академическая «чернь» слишком разбушевалась и на величественном фасаде Академии наук появились нежелательные тени.