Все это время Ломоносов пробыл в бедственном положении. Он ожесточился и проявлял страшное упорство и «нераскаянность». Он даже отказался дать показания перед сиятельной комиссией. 28 мая 1743 года строптивый адъюнкт был заключен под караул. Но и после этого он «двоекратно» отказывался дать показания. Нет никакого сомнения, что Ломоносов считал себя правым и несправедливо преследуемым. В поступках Ломоносова мы должны видеть естественный национальный и социальный протест молодого, сильного и талантливого человека, связанного в своих творческих порывах.
Ломоносов болезненно чувствует, что он «отлучен от наук», как он писал в Академию 23 июня 1743 года: «и то время, в которое бы я, нижайший, других моим учением пользовать мог, тратится напрасно, и от меня никакой пользы отечеству не происходит: ибо я, нижайший, нахожусь от сего напрасного нападения в крайнем огорчении».
Находясь под арестом, Ломоносов должен был содержать себя на своем коште, а жалованья ему не выплачивали. В августе он с отчаянием писал в Академию, что «пришел в крайнюю скудость»: «нахожусь болен, и при том не токмо лекарство, но и дневной пищи себе купить на что не имею, и денег взаймы достать не могу».
Дело принимало нехороший оборот. Выплыла на свет и жалоба Генкеля из Фрейберга, которую в свое время положил под сукно Шумахер. В июле 1743 года следственная комиссия признала Ломоносова виновным по ряду статей уложения — и «за ту винность по пятому пункту морского устава, по 55-й главе генерального регламента учинить наказание». Морской устав гласил: «Кто адмирала и прочих высших начальников бранными словами будет поносить, тот имеет телесным наказанием наказан быть, или живота лишен, по силе вины». Доклад комиссии был передан на «высочайшую волю и во всемилостивейшее рассуждение императорского величества». Но когда это рассуждение воспоследует, никто не знал.
Телесные наказания были в то время обыкновеннейшим делом. Адъюнкт Академии наук Михайло Ломоносов имел все основания опасаться, что его подвергнут наказанию батогами или будут бить плетьми. Покровителей при дворе у него не было. Милость капризной Елизаветы могла зависеть от случайной прихоти. Его будущее было под угрозой. Но Ломоносов не теряет мужества. Долгие месяцы, проведенные под арестом в холодной и промозглой академической каморке, не прошли бесплодно. Живя впроголодь, Ломоносов усердно работает. 23 июля 1743 года он подает в Академию наук просьбу — «потребна мне, нижайшему, для упражнения и дальнейшего происхождения в науках математических Невтонова физика и Универсальная Арифметика, которые обе книги находятся в книжной академической лавке». Ломоносов пишет диссертацию «О тепле и стуже», собирает материалы для своего курса «Риторики», перечитывая для этого старых античных авторов. Наконец он участвует в своеобразном литературном конкурсе — переложении 143-го псалма русскими стихами. С ним соперничали Сумароков и Тредиаковский.
В августе 1743 года результаты состязания были опубликованы за счет авторов отдельною книжицею: «Три оды парафрастические Псалма 143, сочиненные через трех стихотворцев, из которых каждой одну сложил особливо». Издание 350 экземпляров обошлось 14 рублей 50 копеек, и стоимость его была разложена на всех троих. Брошюрка была снабжена предисловием, написанным Тредиаковским, подробно излагавшим сущность теоретических споров, возникших при переходе русской поэзии на тоническое стихосложение. Тредиаковский указывал, что двое поэтов предпочитают ямб, полагая, что эта стопа «сама собою имеет благородство для того, что она возносится снизу вверх, от чего всякому чувствительно слышится высокость ее и великолепие», а посему всякий героический стих должен складываться ямбом; хорей же более подходит для элегии. Это были Ломоносов и Сумароков. Третий поэт (то есть сам Тредиаковский) утверждал, что никакой размер сам собою «не имеет как» благородства, так и нежности» и что «все сие зависит токмо от изображений, которых стихотворец употребит в свое сочинение». Переложения были напечатаны без подписей, и читателям как бы предлагалось угадать, какое из них кем написано. Но имена трех участников состязания были указаны в предисловии. Состязание показало, как далеко ушло вперед развитие русской поэзии. Стихи Ломоносова ярки и выразительны. Они напоены гневом и ненавистью. Ломоносов находит в страстных псалмах Давида отзвук своих переживаний, более того, делает их средством для выражения своих собственных чувств: