6 сентября 1749 года Миллер должен был произнести речь в торжественном собрании Академии. Тему для своего публичного выступления он избрал, что называется, животрепещущую — «О происхождении народа и имени российского». В августе рукопись была представлена на обсуждение. Рецензентами выступили Фишер, Штрубе де Пирмонт, Тредиаковский, Крашенинников, Попов и Ломоносов. Все, за исключением Тредиаковского, уклонившегося от прямой оценки, высказались о работе Миллера отрицательно.
Миллер обратился к К. Г. Разумовскому с жалобой, в которой просил назначить вторичное обсуждение его сочинения. Президент указал академикам вновь «исследовать помянутую диссертацию». 20 октября 1749 года этот президентский указ был оглашен в Академическом собрании. Обсуждение диссертации Миллера длилось беспрецедентно долго, с 23 октября 1749 года по 8 марта 1750 года, и носило беспрецедентно же горячий характер. Спустя полтора десятилетия Ломоносов вспоминал: «Сии собрания продолжались больше года. Каких же не было шумов, браней и почти драк! Миллер заелся со всеми профессорами, многих ругал и бесчестил словесно и письменно, на иных замахивался палкою, и бил ею по столу конференцскому».
Столь бурный характер обсуждения Миллеровой диссертации объясняется тем обстоятельством, что в ней была предпринята попытка развить основные положения статьи Байера «О варягах» не в узком кругу специалистов, а на публике. Критика летописного источника — дело объективно необходимое. Но критиковать летопись в академических «Комментариях» — это одно. Тут возможны любые гипотезы, ибо возможно их обсуждение. Если же исторический источник критикуется в торжественном собрании, а не на диспуте, то критик самого себя ставит вне критики. Это было тем более нетерпимо, что дело шло о начале русской народности и государственности — предметах не только актуальных научно, но и дорогих сердцу. Эмоциональный взрыв был неизбежным. После того, как Миллеру запретили произнести его «скаредную» речь, и накануне первого из двадцати девяти чрезвычайных собраний, посвященных обсуждению ее уже как диссертации, Шумахер писал Теплову с досадой: «Если бы я был на месте автора, то дал бы совсем другой оборот своей речи. Я бы изложил таким образом: происхождение народов весьма неизвестно. Каждый производит их то от богов, то от героев. Так как я буду говорить о происхождении русского народа, то изложу вам, милостивые государи, различные мнения писателей по этому предмету... Я же, основываясь на свидетельствах, сохраненных шведскими писателями, представляю себе, что русская нация ведет свое начало от скандинавских народов. Но откуда бы ни производили русский народ, он был всегда народом храбрым, отличавшимся геройскими подвигами, которым следует сохраниться в потомстве... Но он хотел умничать! Habeat sibi12 — дорого он заплатит за свое тщеславие!»
Действительно, наибольший протест оппонентов Миллера вызвала откровенно антирусская установка его сочинения. У Миллера, писал в своих замечаниях Ломоносов, «на всякой почти странице русских бьют, грабят благополучно, скандинавы побеждают, разоряют огнем и мечом истребляют». Но было бы неверно думать, что Ломоносов противопоставлял научным доказательствам пришлого ученого одни лишь патриотические чувства «россиян верных». Он сосредоточил критику диссертации прежде всего «в рассуждении оснований, на которых господин Миллер свои мнения утверждает».
Соглашаясь с Миллером в том, что летопись (так же, впрочем, как и западноевропейские хроники) содержит и легендарные сведения, и фактические неувязки, что во всем полагаться на нее как на безупречный документ нельзя, Ломоносов резонно замечает: «Правда, что и в наших летописях не без вымыслов меж правдою, как то у всех древних народов история сперва баснословна, однако правды с баснями вместе выбрасывать не должно, утверждаясь только на одних догадках».
Наряду с этим Ломоносов упрекает Миллера в одностороннем отборе и интерпретации источников для доказательства своей точки зрения: «Иностранных авторов употребляет он весьма непостоянным и важному историографу непристойным образом, ибо где они противны его мнениям, засвидетельствует их недостоверными, а где на его сторону клонятся, тут употребляет их за достоверные».
Этот упрек, в общем-то, и сейчас можно предъявить первым норманистам (Байеру, Миллеру, Шлёцеру). Помимо русских летописей, они привлекали к рассмотрению лишь скандинавские и германские хроники, игнорируя упоминания о славянах у греческих, римских, византийских историков. И неудивительно: для них, увлеченных идеей скандинавского происхождения русской государственности, только «северные» аргументы представляли интерес: «Здесь примечания достойно, что господин Миллер... о роксоланах свидетельства древних авторов, то есть Страбоновы, Тацитовы и Спартиа-новы, пропустил вовсе, чего ему учинить отнюд было не должно...»
Полемика с норманистами в этом пункте была очень важна для Ломоносова. Если принять за достоверный «северный» вариант, то начало русской истории следует относить не ранее, чем к середине IX века. Если же взять в соображение и «южные» свидетельства, то его должно будет отодвинуть на несколько столетий в глубь веков — по меньшей мере, ко II веку. Ломоносов вообще был убежден в еще более раннем обосновании славян на русской равнине: «Что славянский народ был в нынешних российских пределах еще прежде рождества Христова, то неоспоримо доказать можно». Уже в замечаниях на диссертацию Миллера проглядывает в общих чертах концепция, которую Ломоносов разовьет позднее в своей «Древней Российской истории»: не менее чем за тысячу лет до прихода варягов на Русь славянские предки русских людей создали здесь свой жизненный уклад, свои формы государственности, свое хозяйство, торговлю, культуру. Иными словами, Рюрик и его братья — не начало, а продолжение русской истории.
Наконец, третий упрек Миллеру высказан Ломоносовым в связи с одним из его регулярных способов аргументации, основанным на этимологии географических названий, собственных имен и т. п.: «Чтобы из одного сходства имен выводить следствия, того по правде не принимает, однако, где видит что себе в пользу, того мимо не пропущает, но толкует имен сходства в согласие своему мнению...»
Стремясь во что бы то ни стало доказать свой тезис об огромном культурном воздействии варягов на русских людей, Миллер вслед за Байером утверждал, что даже собственные имена первых князей имели скандинавское происхождение: «...так что из Владимира, — писал Ломоносов, — вышел у него Валдамар, Валтмар и Валмар, из Ольги Алогия, из Всеволода Визавалдур и проч.». Назвав эти этимологические манипуляции «Бейеровыми перевертками», Ломоносов здравомысленно замечает: «Я не спорю, что некоторые имена первых владетелей российских и их знатных людей были скандинавские; однако из того отнюд не следует, чтобы они были скандинавцы. Почти все россияне имеют ныне имена греческие и еврейские, однако следует ли из того, чтобы они были греки или евреи и говорили бы по-гречески или по-еврейски?» Далее Ломоносов приводит целый ряд других «переверток» с возражениями на них и завершает его замечательно ироническим рассуждением, которое касается предмета, особенно дорогого для него, выходца с поморского Севера: «...он имя города Холмогор производит от Голмгардии, которым его скандинавцы называли. Ежели бы я хотел по примеру Бейеро-Миллерскому перебрасывать литеры, как зернь, то бы я право сказал шведам, что они свою столицу неправедно Стокголм называют, но должно им звать оную Стиоколной для того, что она так слывет у русских. Имя Холмогоры соответствует весьма положению места, для того что на островах около его лежат холмы, а на матерой земле горы, по которым и деревни близ оного называются, напр., Матигоры, Верхние и Нижние, Каскова Гора, Загорье и проч.».