Около ста различных документов, касающихся организации учебного дела, составил Ломоносов, не считая при этом постоянных напоминаний об университете и гимназии в письмах к Шувалову и М. И. Воронцову. То, что работу в учебных заведениях Академии необходимо в корне менять, со временем начали понимать и в верхах. Университет и гимназия не имели своих регламентов и своего бюджета, студенты и гимназисты содержались из рук вон плохо, общеобразовательная и специальная их подготовка оставляла желать лучшего. Не дожидаясь утверждения проекта регламента гимназии, Ломоносов как член Академической канцелярии практически взял на себя всю работу по гимназическому переустройству в соответствии с основными пунктами проекта. Результаты были явственны. Наконец последовало юридическое закрепление того, что уже было в действительности. В январе 1760 года Ломоносов становится единоличным руководителем университета и гимназии Петербургской Академии наук. В определении по этому вопросу говорилось: «Сего генваря 19 числа в полученном от его высокографского сиятельства Академии г. президента в Канцелярию Академии наук ордера написано: понеже-де чрез разные опыты усмотрено, что учреждению и распорядку, а особливо сочинению регламентов Гимназии и Университета от несогласия разных мыслей, также и надлежащему происхождению сих департаментов чинится остановка, и уже многие годы минули не с таким успехом и пользою, каковых бы по справедливости ожидать должно было; и сверх того, сумма, определенная на Университет, исходила по сие время по большей части на другие расходы, так что Академическое комиссарство должно стало Университету многие тысячи; того ради прошедшего 1758 году дан был от его сиятельства ордер г. коллежскому советнику Ломоносову, чтобы он сочинил регламенты для Университета и Гимназии, которые им сочинены и по ордеру его сиятельства отданы в Канцелярию для общего рассмотрения, но как-де еще видно, что дело сие по-прежнему от несогласных мнений претерпевает остановку, а г. Ломоносов между тем, по сочиненному от него регламенту Гимназии поступая с позволения его сиятельства, привел своим старанием Гимназию во много лучшее состояние перед прежним, того ради его сиятельство по данной от е. и. в. власти поручил учреждение и весь распорядок Университета и Гимназии единственно оному г. советнику Ломоносову по сочиненным от него регламентам, полагаясь на его знание и усердие и уповая, что он в произведении до цветущего состояния оных двух департаментов по должности сына отечества со всяким прилежанием и усердием поступать будет».
Однако ж и строгая оценка того положения, в котором оказались университет и гимназия, и похвала Ломоносову за его усердие мало чего стоили бы, если б не указание президента в том же ордере «определенную на Университет сумму не токмо не употреблять ни на какие другие расходы, но и недоимочную на прошлые годы в случае надобности для помянутого учреждения выдавать по частям из академической суммы или из книжных лавок...». Дело в том, что ранее университет и гимназия финансировались из общего бюджета Академии наук, распорядителями которого были противники Ломоносова. Если бы все продолжалось по-старому, его назначение единовластным смотрителем за университетскими и гимназическими делами осталось бы лишь на бумаге: ни штата, соответствующего новой программе, ни учебных пособий, ни улучшения содержания учащихся не воспоследовало бы. Надо думать, что пункт о возвращении университету его ранее разбазаренных денег был включен в ордер по настоянию самого Ломоносова.
Тем не менее даже после 19 января 1760 года Ломоносов постоянно сталкивался с противодействием именно на финансовом поприще. Внешне все обстояло вроде бы благополучно: и прежняя задолженность университету возвращалась, и новые суммы поступали — пусть с задержками, но деньги отпускались же! Даже с учетом сказанного в президентском ордере Тауберту очень легко было вновь и вновь выставлять Ломоносова перед К. Г. Разумовским чересчур нетерпеливым, безудержным, в конечном счете неблагодарным. Деньги же были нужны не тогда, когда их, наконец, выделит Тауберт, а когда, к примеру, рыба или овощи стоят дешевле всего, когда и надо делать закупки для студенческого стола. Получив деньги не в сезон, университет и гимназия вынуждены были переплачивать вдвое-втрое и, следовательно, ограничивать траты на закупку книг, наглядных пособий и т. д. Таким образом, финансовая независимость академической учебной части, во главе которой Ломоносов был поставлен 19 января 1760 года, грозила обернуться фикцией.
Вот почему Ломоносову еще пришлось позаботиться об утверждении действительной независимости университета и гимназии от Канцелярии. Спустя почти полтора года он добился наконец нового определения по этому серьезному вопросу. 31 мая 1761 года Академическая канцелярия, подчинившись указанию президента (в свою очередь, подвергшегося убеждениям и давлению Ломоносова), определила вместо положенных ранее 8090 рублей в год на университет и 2890 рублей на гимназию «производить впредь жалованье... на Университет по девяти тысяч по сту рублев, а на Гимназию по шести тысяч по сту по сороку по восьми рублев, всего по пятнадцати тысяч по двести по сороку по восьми рублев в год, и оная сумма должна до сих двух департаментов употребляться и быть содержана при Комиссарстве особливо».
Это уже было похоже на серьезное решение вопроса. Хотя общая годовая сумма на университет и гимназию увеличивалась ненамного, теперь она полностью оказывалась в распоряжении Ломоносова, который только с этого момента получал возможность устранить сложности в работе «сих двух департаментов», о чем в определении Канцелярии говорится следующее: «...понеже за долговременным неполучением от Статс-конторы суммы бывают в деньгах недостатки, а студентам и гимназистам содержание должно быть беспрерывно, и потребные на них съестные припасы и другие потребности покупать заблаговременно не в дорогую пору, когда привоз чему есть, для наблюдения интереса е. и. в. и чтобы все было свежее и требуемой доброты для пропорционального по окладу учащихся удовольствия, также и из учащих большая часть таких людей служащих по контрактам, кои никакого другого доходу кроме жалованья не имеют, и люди новые и беспомощные, и требуют порядочной выдачи жалованья не так, как мастеровые люди, кои своим мастерством на стороне промышляют или промышлять по шабашам могут. Того ради по указу е. и. в. Канцелярия Академии наук в силу вышеписанного приказали: впредь от принимаемой в Академию наук суммы отделять определенную на Университет и Гимназию по новому штату сумму особливо и ни на какие другие расходы не употреблять, но содержать за казенною и его, г. советника Ломоносова, и комиссарскою печатьми, дабы он по вверенному ему единственному над вышеписанными департаментами смотрению мог производить нужное государству полезное смотрение в приращении наук в отечестве беспрепятственно, и из оной суммы по насылаемым указам производить жалованье университетским профессорам и всем гимназическим учителям и прочим служителям по третям года, а для содержания пищею студентов и гимназистов отпущатъ, сколько когда востребуется».
Ломоносову, который неоднократно обращал внимание начальства на бедственное положение учащихся («видя бедных гимназистов босых, не мог выпросить у Тауберта денег» — признавался он и добавлял, что у него не однажды «до слез доходило»), удалось постепенно улучшить бытовые условия в гимназии. Он увеличил содержание каждого гимназиста с тридцати шести до сорока восьми рублей в год. При этом он запретил выдавать им деньги на руки, ибо многие из них, получая свое жалованье «весьма малое», «и тем еще поделясь с бедными родительми, претерпевали скудость в пище и ходили по большой части в рубищах, а оттого и досталь теряли охоту к учению».