Ордер о назначении Миллера пока что в исполнение приводить не стали, и Ломоносов возобновил активную работу в департаменте. Но 10 марта на заседании конференции у него произошла стычка с Миллером. Историограф, в качестве конференц-секретаря, делал доклад на совершенно постороннюю тему – замещение кафедры ботаники. Ломоносов вдруг прервал его и потребовал пересмотреть принятое год назад решение и напечатать все уже подготовленные карты. Миллер ответил, что под решением стоят подписи всех академиков. Ломоносов ответил, что это ничего не значит, что подписи получить нетрудно и что “полезному делу” хотят воспрепятствовать “мошенническим образом” (“auf eine spitzbuerische Weise”). Миллер хлопнул дверью, а Ломоносов, почувствовав, что перегнул палку, добавил, что не имеет в виду никого лично.
После этого он (то ли из-за нездоровья, то ли ожидая разрешения своих споров с Миллером и Таубертом) опять перестал ездить в академию. Тауберт, однако, счел необходимым 4 апреля послать Ломоносову на дом все бумаги, выпущенные канцелярией за время его болезни. Ломоносову предлагалось задним числом подписать их. Тот отказался: “На всех сиих делах резолюции от Его Сиятельства Академии наук Президента”. При этом Ломоносов потребовал “до его приезда не чинить в канцелярии никаких дел, а особливо по расходованию денежной казны” и как можно скорее разрешить следующие вопросы: об отправке географической экспедиции, о прикомандировании Попова и Красильникова к Географическому департаменту и о “подаче г. профессором Миллером известия, впредь в Географическом департаменте присутствовать будет ли”. Ломоносов выжидал неделю: видимо, оценивал соотношение сил и в конце концов решил, что оно не в его пользу. За время его болезни многое в стране переменилось. А именно – в январе канцлер Воронцов был отпущен “для лечения” за границу; два месяца спустя “разрешение отъехать на некоторое время в чужие края” получил генерал-поручик Иван Шувалов. Это не была эмиграция в полном смысле слова. Воронцов, через несколько месяцев вернувшийся, продолжал именоваться канцлером, хотя Коллегией иностранных дел руководил теперь Никита Панин; Шувалов, остававшийся во Франции и Италии до 1777 года, исполнял кое-какие разовые поручения русского правительства. Но помочь Ломоносову они уже ничем не могли… Тем временем звезда переселившегося в Москву Сумарокова вновь ярко зажглась: данное в честь коронации по его сценарию представление “Торжествующая Минерва” имело успех при дворе, затмив ломоносовскую оду. Видимо, обо всем этом с грустью размышлял обиженный на всех, уставший, раздраженный поэт, профессор и советник между 4 и 11 апреля. В этот день он, переменив свое решение, подписал все старые бумаги.
А шесть дней спустя Екатерина II написала статс-секретарю Олсуфьеву такую записку: “Адам Васильевич, я чаю, Ломоносов беден: свяжись с гетманом, не можно ли ему пенсию дать, и скажи мне ответ”. Заявление об отставке с чином и пенсией, поданное в июле прошлого года, никуда не исчезло и продолжало свое путешествие по бюрократическим каналам, независимо от воли автора. Но кому-то надо было дать ему ход именно в тот момент, когда здоровье Ломоносова стало поправляться. Михайло Васильевич обвинял во всем, естественно, Тауберта, Миллера, Трускота и Эпинуса, которые якобы посылали в Москву, где еще находился двор, “сочиненные скопом и заговором разные клеветы” против своего старого врага. 2 мая Екатерина подписывает указ: “Коллежского советника Михайлу Ломоносова всемилостивейше пожаловали мы в статские советники с вечною от службы отставкой с половинным по смерть его жалованием”.
15 мая Ломоносов узнает о том, что судьба его решилась. Видимо, это известие было для него тяжелым ударом, хотя вроде бы он сам о нем ходатайствовал. Правда, и чин, и пенсия были меньше запрошенного – а главное, сейчас, после надежд, поданных Орловым, после болезни, после выздоровления он явно рассчитывал на другое. Отказавшись подписывать принесенные ему бумаги, он в тот же день – впервые за долгое время – уезжает из Петербурга в Усть-Рудицу.