В конце 1764 года Миллер в письме Эйлеру пожаловался на то, что Ломоносов тиранит Румовского (немедленно по завершении шлёцеровской эпопеи Ломоносов и Миллер снова стали врагами). Эйлер ответил: “Я самым лучшим образом г. Румовского рекомендовал г. канцлеру. Положение его действительно заслуживает сожаления, поскольку против него так сильно восстает г. советник Ломоносов. Конечно, у г. Румовского ум, приносящий много чести русскому народу, и было бы в высшей степени непростительно, если бы его стали утеснять собственные единоземцы”. Миллер зачитал это письмо 21 февраля на Академическом собрании – в отсутствие Ломоносова, хотя письмо было частным и для публичного чтения едва ли предназначалось. Доброхоты, естественно, сделали для Ломоносова список. Ломоносов с Эйлером не переписывался больше десяти лет, но привык считать великого математика своим другом и союзником. То, что Эйлер публично выступил против него в защиту их общего ученика, было воспринято им с болезненной остротой. Ломоносов начал набрасывать письмо Эйлеру; можно лишь порадоваться, что этот текст не был отделан и отправлен адресату. “В высшей степени удивился я тому, что ваше высокородие, великий ученый и человек уже пожилой, а сверх того еще и великий мастер счета, так сильно просчитались в последнем своем вычислении. ‹…› Вы достаточно хорошо знали, каким плутом был в отношении ученых Шумахер, и знали, что его ученик, зять и преемник еще хуже его; что Миллер – невежда и самыми первыми профессорами прозван бичом профессоров; что он сущий Маккиавель и возмутитель мира в Академии, каким был и всегда. И при том вы не сумели разобраться в лживых инсинуациях, касающихся Таубертовой комнатной собачки, Румовского. Тауберт, как только увидит на улице собаку, которая лает на меня, тотчас готов эту бестию повесить на шею и целовать под хвост. И проделывает это до тех пор, пока не минует надобность в ее лае; тогда он швыряет ее в грязь и натравливает на нее других собак…” Дальше Ломоносов, великий ритор, мастер композиции, начинает совсем уж сбиваться с мысли, вспоминая какие-то незапамятной давности истории (с Бургаве, с “жалким Сальховым” и т. д.) Ему было очень плохо. Против него были время и природа – а он пытался уверить себя, что все зло в его жизни от Тауберта и Миллера.
Немало находилось людей, благоговевших перед Ломоносовым и при том готовых – с самыми лучшими намерениями – лишний раз стравить его с сослуживцами, спровоцировать конфликт. Можно представить, с какими, к примеру, чувствами читали академики памфлет, названный “Сон, виденный в 1765 оду генваря 1-го” и в течение нескольких месяцев ходивший по рукам в Петербурге. Содержание его таково: некая “сухощавая старуха” приводит героя на остров, населенный говорящими зверями. “Старуха повела меня в ученое собрание, которого главный член был ужасный медведь, ничего не знавший и только в том упражняющийся, чтобы вытаскивать мед из чужих ульев и присваивать чужие пасеки к своей норе. ‹…› Советник сего собрания был прожорливый волк и ненавидел тамошних зверей, потому что он был не того лесу зверь. ‹…› В оном собрании был третий член, который совсем не походил на тамошних зверей и имел вид и душу человеческую, он был весьма разумен и всякого почтения достоин, но всем собранием ненавидим за то, что родился в тамошнем лесу, а прочие оного собрания ученые скоты, ищучи своей паствы, зашли на оный остров по случаю”. Речь шла, разумеется, о Разумовском, Тауберте и Ломоносове. Автор памфлета, Федор Александрович Эмин, в прошлом Мухаммед Али, сам был “не того леса зверем” – он родился (по одной из версий) в Боснии, на территории Османской империи, был то ли польского, то ли греческого происхождения, учился в Венеции, побывал в Португалии, Франции, Англии и лишь двадцати шести лет от роду прибыл в Россию. Он преподавал в Академии художеств и Сухопутном шляхетном корпусе, а с Академией наук имел дело в качестве переводчика. Славу ему принесли сентиментальные романы, которые читала еще героиня пушкинского “Домика в Коломне”. За сочинение “Сна, виденного в 1765 году” его по высочайшему указу “вместо заслуженного им наказания ‹…› в знак высочайшего и бесприкладного милосердия” продержали две недели под арестом. Но это было уже после смерти Ломоносова.
Миллер зачитал письмо Эйлера “под занавес” – в тот же день он заявил о своем уходе из академии и сложил с себя обязанности конференц-секретаря. Он принял предложенную ему странную для профессионального ученого-историка должность директора Московского воспитательного дома – только бы быть подальше от Академической канцелярии “и от таковых людей, каков Ломоносов”. А ведь ждать оставалось совсем недолго. У 60-летнего историографа впереди были долгие годы плодотворной работы: год спустя он возглавит московский архив Коллегии иностранных дел, потом будет членом Комиссии для подготовки нового Уложения от Академии наук; именно в московские годы он подготовит к печати “Судебник” Ивана Грозного, соберет знаменитые “портфели Миллера” – уникальную коллекцию средневековых исторических документов. А его недруг умирал, жить ему оставалось меньше двух месяцев.