Ректором в 1708 году стал архиепископ Феофилакт (Лопатинский), крупный церковный писатель и мыслитель, выходец с Украины, товарищ Феофана (Прокоповича) по Киево-Могилянской академии — и убежденный оппонент его в богословских и церковно-административных вопросах. Оба, Феофан и Феофилакт, были «западниками», но если первый больше симпатизировал протестантизму, то второй — католицизму.
Естественно, он со своей стороны способствовал «латинской» ориентации школы. В 1722-м Лопатинский оставил ректорский пост, но его традиции сохранялись.
По собственным свидетельствам Ломоносова, он подал заявление в академию и был туда зачислен не то 15 января, не то «в последних числах» января 1731 года. В «Академической биографии» это описывается так: «У караванного приказчика был знакомый монах в Заиконоспасском монастыре, который часто к нему хаживал. Через два дня после приезда его в Москву пришел с ним повидаться. Представя он ему молодого своего земляка, рассказал об его обстоятельствах, о чрезмерной охоте к учению и просил усиленно постараться, чтобы взяли его в Заиконоспасское училище. Монах взял то на себя и исполнил самым делом…» Таким образом, и здесь не обошлось без помощи земляков. В городе жили пять-шесть человек с Курострова (Тихон Шенин, братья Пятухины). Едва ли они искренне сочувствовали стремлению Михайлы к получению образования: оно должно было казаться им «чрезмерным», если не попросту — нелепой придурью. Но, возможно, они считали, что, помогая юноше, оказывают услугу его отцу. Между тем бедный Василий Дорофеевич не имел о сыне никаких известий. «Дома… долго его искали, и не нашед нигде, почитали пропадшим, до возвращения обоза по последнему зимнему пути…» («Академическая биография») — то есть до апреля.
При поступлении в академию Ломоносову пришлось обойти по крайней мере одно препятствие. В примечании к «Академической биографии» сказано: «А как не принимают в сию семинарию положенных в подушный оклад, то назвался Ломоносов дворянином». Это подтверждается и собственными показаниями Ломоносова, сделанными в 1734 году при «разоблачении». Дело в том, что первоначальное правило, допускавшее в академию людей «всех званий», было позднее изменено. В Указе от 7 июня 1728 года было сказано следующее: «Обретающихся в московской Славяно-Греко-Латинской Академии в школах солдатских детей обуча, отослать в полки в службу и впредь для обучения не принимать таковых, о которых тех полков, в которых отцы их служат, от командиров будет прислано письменное уведомление, что они ныне и впредь в полки не надобны; а помещиков людей и крестьянских детей, также непонятных и злонравных от помянутой школы отрешить и впредь таковых не принимать».
Петровская эпоха с ее воинствующим плебейством закончилась, и представители привилегированных сословий — «шляхетства» (образовавшегося в результате объединения боярства с дворянами и «детьми боярскими») и духовенства — стремились максимально отделиться от презренного податного населения. К тому же Синод (что бы там при Петре ни происходило) по-прежнему видел в академии прежде всего школу по подготовке грамотных священников и, конечно, стремился укомплектовать ее священническими сыновьями. Между тем на самом деле в 1728 году лишь 109 учеников (из 362) происходили из «поповых, дьяконовых и церковнических детей». Меньше трети… В последующие годы этот процент практически не менялся. Дворян было очень мало (в 1730 году всего четыре «спасских школьника» происходили из «шляхетства»), по большей же части в академии по-прежнему учились дети солдат, мастеровых, посадских и даже сироты из богадельни. Не крестьяне, конечно, но тоже — «записанные в подушный оклад». У академического начальства просто не было выхода. Между 1725 и 1730 годами общее число «спасских школьников» и так сократилось с 629 до 236 человек (потом, правда, снова стало расти). Ректор академии Герман Копцевич бил тревогу и просил Синод отменить ограничительные правила 1728 года, так как «число учеников во всей Академии зело умалилося и учения распространение пресекается». Ограничения не отменили — но смотрели на них сквозь пальцы. Тяга к образованию в тогдашней России была критически слаба, и сословная спесь боролась с необходимостью хоть как-то набрать необходимое количество учащихся. Попы и дьяконы не хотели отдавать сыновей в школы: для рукоположения в родном медвежьем углу достаточно было славянской грамоты. Когда одного из ломоносовских учителей, Тарасия Посникова, уже в 1740-е годы назначили директором новосозданной семинарии в Вязьме, поповичей пришлось определять туда насильно, и бедняга Посников столкнулся с настоящим террором: его избивали, его дом поджигали… Тем более не было охоты посылать своих чад в Москву — далеко от дома и налаженного хозяйства.