Курс философии в Славяно-греко-латинской академии делился на три части: логику, физику и метафизику. Основы курса были заложены еще Лопатинским, хотя сам он находился в опале: в результате интриг Прокоповича его старый враг в 1735 году был арестован. Через год после ареста Прокопович умер. Перед смертью он в бреду беспрестанно повторял имя Лопатинского. Но в судьбе бывшего ректора академии смерть Феофана ничего уже изменить не могла: карусель закрутилась, Тайная канцелярия начала работу… Сперва Феофилакт три года подвергался «допросам» (то есть пыткам), а потом был заточен в Выборгском замке до самой смерти Анны Иоанновны. Из заточения он вышел немощным старцем, чтобы вскоре умереть.
Философские воззрения академистов основывались на Аристотеле — как его понимала средневековая схоластика. (Потом, при изучении богословия, ученики, впитавшие западнохристианскую схоластическую ученость, переключались на чтение восточнохристианских церковных писателей, за которыми стояла совершенно иная мировоззренческая традиция.)
Логику в академии преподавал в 1730-е годы Антоний Кувечинский. Качество преподавания логики было, видимо, более удовлетворительным, чем последующих курсов. В 1732 году академик Готлиб Байер, проэкзаменовав четырех студентов-старшекурсников, переведенных из Славяно-греко-латинской академии в Академический университет в Петербург, дал такую оценку их знаниям: «Экзаменовав их в логике аристотелевской, нашел, что оные хорошо ее знают на свой лад; в физике же принципы их стары и сбивчивы, также и в терминах запутаны так, что и я сам не мог толком все уразуметь».
До «физики» Ломоносов, собственно, не добрался. Тем не менее юношей он был пытливым, учился старательно, а потому более чем вероятно, что некоторые элементы того мировоззрения, которое господствовало в академии, мог усвоить через чтение, беседы с преподавателями и товарищами.
Прежде всего, Лопатинский резко разграничивает мир материальный и мир нематериальных сущностей (отсюда жесткое разделение курса на «физику» и «метафизику»). Материальный мир принципиально постижим, информация, которую дают нам органы чувств, объективна и достоверна. Количество материи постоянно: «Первоматерию нельзя никогда ни создать, ни разрушить, также ни увеличить, ни уменьшить, ту, которую создал Бог в начале мира, и какой и в каком количестве создана, такою остается до сих пор и будет оставаться всегда». Позволим себе заметить: это тот самый «закон сохранения материи», открытие которого приписывают, в частности, Ломоносову и который (как теоретический принцип) на самом деле известен с древнейших времен. При этом в отличие от томистов (последователей Фомы Аквинского), полагавших, что материя получает свою сущность от формы (которая носит идеальный характер), Лопатинский, как и другой русский религиозный мыслитель той поры, местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский, приписывал материи самостоятельное бытие. Свойства материи определяются соотношениями четырех элементов: теплоты, сухости, холода и влажности.
В курсе Лопатинского излагались (критически, но довольно подробно) взгляды мыслителей-атомистов, которые сам преподаватель частично разделял. Однако признавая, что «тело разлагается на корпускулы, которые представляют собой очень маленькие частички того или иного вида», он, как и Прокопович и их учителя из Киево-Могилянской академии, изменения материи объяснял не движением корпускул, а изменением соотношения элементов. Рассказывал Лопатинский и про гелиоцентрическую систему. Для него это была лишь спорная гипотеза. Сам он не был сторонником идей Коперника, как Прокопович; скорее, он стоял на точке зрения Тихо Браге: признавал практические выводы из учения Коперника и его последователей, но не само учение.
Одной из проблем, занимавших Лопатинского, была проблема движения. Почему движется брошенный камень? Сам бросающий его человек не может быть непосредственной причиной движения. Ведь этого человека могут через секунду убить — а камень все равно продолжит полет. Может быть, его подталкивают частицы воздуха (как считали многие древние мыслители, в том числе перипатетики, последователи Аристотеля)? Но почему же летит камень, брошенный против сильного ветра? В конце концов Лопатинский, вслед за У. Оккамом, Ж. Буриданом и некоторыми другими средневековыми философами, пришел к выводу, что бросающий придает бросаемому предмету «особое свойство», под влиянием которого тело и продолжает движение.