Хуже всего обстояло дело с тем направлением деятельности, для которого академия, собственно, в первую очередь и создавалась: с обучением русского юношества. Согласно утвержденному Петром проекту при Академии наук предусматривались университет и гимназия. Вольф прекраснодушно полагал, что благодаря педагогической деятельности приехавших в Россию по его рекомендации европейских ученых «уже через несколько лет» их место займут русские. Увы! Лишь в 1733 году первый русский, Василий Евдокимович Адодуров (Ададуров), был произведен в адъюнкты математики. Вслед за ним этой же чести удостоился Тредиаковский, который, сдав экзамен, был признан достойным звания адъюнкта элоквенции (то есть филологии, словесных наук). Однако затем ему предложили равноценную по рангу и более денежную должность секретаря академии. Фактически обязанности Тредиаковского заключались в сочинении стихов на случаи придворной жизни, в переводе стихотворных произведений профессоров-иностранцев и «совершенствовании русского языка». О том же, чтобы подготовить настоящих ученых из числа «местных кадров», особенно никто не заботился. Первые иностранные профессора привезли своих учеников, которым и продолжали читать лекции. Разумеется, желающие местные юноши, знающие латынь, могли на этих лекциях присутствовать. В их числе были, в частности, Антиох Кантемир и только что помянутый Адодуров. Всего в первые годы в академии обучалось 38 студентов, из которых русских было семь. Гимназией в первые годы существования ведал все тот же неутомимый молодой Миллер, учеников там было много, и учили их неплохо. Но после переезда двора в Москву, а особенно после отъезда за границу старших профессоров (вместе с их учениками) университет фактически закрылся. Пришла в упадок и гимназия, разделившаяся на две школы — «немецкую» (начальную) и «латинскую». Обеими ведали случайные люди, а профессор истории Готлиб Зигфрид Байер, формально ставший с 1736 года во главе гимназии, уделял своим обязанностям, видимо, мало внимания. Миллер сперва уехал на несколько месяцев в Германию, потом, поссорившись с Шумахером, счел за благо отправиться в экспедицию Беринга — подальше от Академической канцелярии. В 1735 году в «немецкой» гимназии учили немецкому языку, начаткам истории и географии, рисованию и танцам. Числилось там 120 человек в возрасте от 6 до 22 лет, из которых дай бог половина в самом деле училась. Многие «отстали без абшида», то есть просто ушли, не подавая рапорта; были среди гимназических «мертвых душ» дворянские недоросли, таким образом уклонявшиеся от обязательной явки на государеву службу. В действительности в гимназии учились дети петербургских иностранцев, с одной стороны, и сыновья солдат, мелких приказных, плотников — с другой. Последние получали от казны месячное пособие в один рубль — примерно такое же, как и «спасские школьники». (Постепенно их становилось все меньше: школы чистили от «подлых».) В старшей, «латинской» гимназии числились 40 человек, но неизвестно, сколько из них учились на самом деле и далеко ли продвинулись они в «высших науках». За редчайшими исключениями, все они были детьми иностранцев, и никто из них не рвался продолжать образование, по крайней мере в России.
Поэтому, когда в 1732 году решено было возобновить университетские занятия, не нашлось иного выхода, кроме как обратиться в ту же Славяно-греко-латинскую академию с просьбой прислать нескольких знающих латынь юношей из числа ее учеников. Прислали двенадцать, в том числе Крашенинникова. Но до чтения лекций дело так и не дошло. Сам Ломоносов в «Истории Академической канцелярии» так описывает судьбы этих первых двенадцати студентов-москвичей: «Половина взяты с профессорами в Камчатскую экспедицию, из которых удался один Крашенинников, а остальные от худого присмотру все испортились. Оставшаяся в Санкт-Петербурге половина, быв несколько времени без призрения и обучения, разопределены в подьячие и к разным делам». Относительно «удавшимся» можно счесть еще и Горланова, который был копиистом при Миллере, а потом преподавал в Академической гимназии латынь. Остальные «испортились» так: один остался в Сибири, другой за пьянство отдан в солдаты, третий признан неспособным ни к чему, кроме «потрошения птиц, также сохранения и сушения трав», и отстранен от академии.