Старожилом среди призраков Тауэра считается убитый по приказу короля Генриха II архиепископ Кентерберийский Фома (Томас) Бекет. Убит он был в Кентерберийском соборе, но местом обитания его мятежный дух выбрал именно Тауэр, видимо чтобы тревожить королей.
Отец Томаса в молодости стал купцом, приобрел недвижимость в Лондоне и жил здесь на доходы от аренды. Существует легенда, что мать Томаса была мусульманской принцессой, встретившейся с Гилбертом во время его паломничества в Святую землю, последовавшей за ним в Англию и принявшей там крещение. Так или иначе, Бекеты были богатой и влиятельной семьей, а их гробницы находятся в соборе Святого Павла.
В 1154 году Бекет стал архидиаконом Кентербери, а новый английский король Генрих II назначил Бекета канцлером, которым тот пробыл семь лет. Генрих и Бекет стали друзьями, Томас, кроме того, был воспитателем наследника престола Генриха Молодого. В 1158 году Бекет возглавил посольство в Париж и договорился о браке своего воспитанника с дочерью Людовика VII. В среде духовенства Бекет считался «человеком короля», поэтому под давлением Генриха II капитул Кентербери после смерти Теобальда избрал Томаса Бекета новым архиепископом Кентерберийским. К моменту своего избрания в архиепископы Бекет не был рукоположен даже в сан священника.
Назначив своего друга и советника на кентерберийскую кафедру, Генрих II надеялся подчинить себе английскую церковь. Новое назначение, однако, оказало странное воздействие на личность Бекета. Он вдруг отказался от поста канцлера и повел политику, совершенно противоположную ожиданиям короля. Архиепископ начал судебные процессы против незаконного захвата церковной собственности. Когда в октябре 1163 года Генрих II на собрании духовенства в Вестминстере объявил о намерении ввести новую подать с церковных земель и передать полномочия церковных судов светским судам, Бекет решительно воспротивился. Став архиепископом, он отказался от образа жизни придворного, много молился, занимался благотворительностью.
Тридцатого января 1164 года на собрании знати и духовенства в Кларендонском дворце Генрих II предъявил присутствующим для подписания так называемые Кларендонские конституции — 16 статей, ограничивающих привилегии церкви. Представители духовенства одобрили конституции, но Бекет отложил их подписание. Папа Александр III отказался признать конституции, так как они противоречили каноническому праву. Вслед за папой новоявленный архиепископ Кентерберийский также объявил об отказе от подписания Кларендонских конституций. В ответ Генрих II обвинил архиепископа в растратах казны во время его службы канцлером. Томас Бекет объявил о своей неподсудности королевскому совету и бежал во Францию.
Французский король Людовик VII с честью принял изгнанного архиепископа Кентерберийского. Большую часть своего изгнания Бекет провел в аббатстве монахов-цистерцианцев Понтиньи, но Генрих II пригрозил расправиться с английскими цистерцианцами, чем вынудил Бекета переехать в Сане. Бекет убеждал папу добиться отмены Кларендонских конституций, даже если ради этого придется пойти на крайние меры против Генриха II — анафему и интердикт. Но Александр III не желал ссориться с возможным союзником Генрихом II.
В июне 1170 года Генрих Молодой, сын и наследник Генриха II, был коронован в Йорке. Церемонию совершили архиепископ Йоркский и епископы Лондона и Солсбери, хотя традиционно английских королей венчали на царство архиепископы Кентербери. Протест Бекета был на этот раз поддержан Александром III, угрожавшим Генриху II интердиктом. Двадцать второго июля 1170 года Генрих II, находившийся в этот момент в Нормандии, примирился с Бекетом. В качестве знака королевского раскаяния Томас Бекет потребовал от короля опубликовать в Англии папские послания, осуждавшие Кларендонские конституции, и отлучить от церкви епископов, венчавших Генриха Молодого. Тем не менее Генрих II позволил Томасу Бекету вернуться в Англию.
Томас Бекет вернулся из изгнания с триумфом: его и лодку, в которой он высадился на берег, восторженные богомольцы несли на руках до Кентербери. Видя такой энтузиазм, Бекет немедленно отлучил от церкви трех епископов. Узнав об этом, находившийся в Нормандии Генрих II, как гласит легенда, вскричал: «Неужели никто не избавит меня от этого мятежного попа?» И тогда четверо рыцарей восприняли слова короля как приказ и немедленно отбыли в Кентербери.
Рыцари накинули плащи на свои доспехи и спрятали оружие у входа в Кентерберийский собор. Встретив архиепископа, они сообщили ему, что король вызывает его для суда в Винчестер, но Бекет отверг это требование. Рыцари вернулись за оружием и, уже вооруженные, ворвались в собор. Они настигли Бекета на ступенях, ведущих к алтарю, и зарубили его мечами. Последними словами Бекета были: «Я принимаю смерть во имя Господа и отдаю свою душу на суд Божией Церкви».