La crise, alors, s'était déclarée. Il était prêtre, et il ne croyait plus. Cela, brusquement, venait de se creuser devant ses pas, comme un gouffre sans fond. C'était la fin de sa vie, l'effondrement de tout. Qu'allait-il faire? La simple probité ne lui commandait-elle pas de jeter la soutane, de retourner parmi les hommes? Mais il avait vu des prêtres renégats, et il les avait méprisés. Un prêtre marié, qu'il connaissait, l'emplissait de dégoût. Sans doute, ce n'était là qu'un reste de sa longue éducation religieuse: il gardait l'idée de l'indébilité de la prêtrise, cette idée que, lorsqu'on s'était donné à Dieu, on ne pouvait se reprendre. Peut-être aussi se sentait-il trop marqué, trop différent déjà des autres, pour ne pas craindre d'être gauche et mal venu au milieu d'eux. Du moment qu'on l'avait châtré, il voulait rester à part, dans sa fierté douloureuse. Et, après des journées d'angoisse, après des luttes sans cesse renaissantes, où se débattaient son besoin de bonheur et les énergies de sa santé revenue, il prit l'héroïque résolution de rester prêtre, et prêtre honnête. Il aurait la force de cette abnégation. Puisque, s'il n'avait pu mater le cerveau, il avait maté la chair, il se jurait de tenir son serment de chasteté; et c'était là l'inébranlable, la vie pure et droite qu'il avait l'absolue certitude de vivre. Qu'importait le reste, s'il était seul à souffrir, si personne au monde ne soupçonnait les cendres de son coeur, le néant de sa foi, l'affreux mensonge où il agoniserait! Son ferme soutien serait son honnêteté, il ferait son métier de prêtre en honnête homme, sans rompre aucun des voeux qu'il avait prononcés, en continuant selon les rites son emploi de ministre de Dieu, qu'il prêcherait, qu'il célébrerait à l'autel, qu'il distribuerait en pain de vie. Qui donc oserait lui faire un crime d'avoir perdu la foi, si même ce grand malheur un jour était connu? Et que pouvait-on lui demander davantage, son existence entière donnée à son serment, le respect de son ministère, l'exercice de toutes les charités, sans l'espoir d'une récompense future? Ce fut ainsi qu'il se calma, debout encore et la tête haute, dans cette grandeur désolée du prêtre qui ne croit plus et qui continue à veiller sur la foi des autres. Et il n'était certainement pas le seul, il se sentait des frères, des prêtres ravagés, tombés au doute, qui restaient à l'autel, comme des soldats sans patrie, ayant quand même le courage de faire luire la divine illusion, au-dessus des foules agenouillées.
Dès sa guérison complète, Pierre avait repris son service à la petite église de Neuilly. Il y disait sa messe chaque matin. Mais il était décidé à refuser toute situation, tout avancement. Des mois, des années s'écoulèrent: il s'entêtait à n'y être qu'un prêtre habitué, le plus inconnu, le plus humble de ces prêtres qu'on tolère dans une paroisse, qui paraissent et disparaissent, après s'être acquittés de leur devoir. Toute dignité acceptée lui aurait semblé une aggravation de son mensonge, un vol fait à de plus méritants. Et il devait se défendre contre des offres fréquentes, car son mérite ne pouvait passer inaperçu: on s'était étonné, à l'archevêché, de cette obstinée modestie, on aurait voulu utiliser la force qu'on devinait en lui. Parfois seulement, il avait l'amer regret de n'être pas utile, de ne pas s'employer à quelque grande oeuvre, à la pacification de la terre, au salut et au bonheur des peuples, comme l'enflammé besoin l'en tourmentait. Heureusement, ses journées étaient libres, et il se consolait dans une rage de travail, tous les volumes de la bibliothèque de son père dévorés, puis toutes ses études reprises et discutées, une préoccupation ardente de l'histoire des nations, un désir d'aller au fond du mal social et religieux, pour tâcher de voir s'il était vraiment sans remèdes.
C'était un matin, en fouillant dans un des grands tiroirs, en bas de la bibliothèque, que Pierre avait découvert un dossier sur les apparitions de Lourdes. Il y avait là des documents très complets, des copies donnant les interrogatoires de Bernadette, les procès-verbaux administratifs, les rapports de police, la consultation des médecins, sans compter des lettres particulières et confidentielles du plus vif intérêt. Il était resté surpris de sa trouvaille, il avait questionné le docteur Chassaigne, qui s'était souvenu que son ami, Michel Froment, avait en effet étudié un instant avec passion le cas de Bernadette; et lui-même, né dans un village voisin de Lourdes, avait dû s'entremettre pour procurer au chimiste une partie de ce dossier. Pierre, à son tour, s'était alors passionné, pendant un mois, infiniment séduit par la figure droite et pure de la voyante, mais révolté de tout ce qui avait poussé ensuite, le fétichisme barbare, les superstitions douloureuses, la simonie triomphante. Dans sa crise d'incrédulité, certes, cette histoire ne paraissait faite que pour hâter la ruine de sa foi. Mais elle en était venue aussi à irriter sa curiosité, il aurait voulu faire une enquête, établir la vérité scientifique indiscutable, rendre au christianisme pur le service de le débarrasser de cette scorie, de ce conte de fée si touchant et si enfantin. Puis, il avait abandonné son étude, reculant devant la nécessité d'un voyage à la Grotte, éprouvant les difficultés les plus grandes à obtenir les renseignements qui lui manquaient; et il n'était demeuré en lui que sa tendresse pour Bernadette, à laquelle il ne pouvait songer sans un charme délicieux et une infinie pitié.