В июле 1997 года Министерство юстиции отвергло запрос ФБР о прослушивании телефона семьи Ли, утверждая, что Бюро не предъявило достаточно доказательств, чтобы обратиться за ордером к специальному Суду по наблюдению за иностранными разведками. Джон Ф. Льюис-младший, тогда помощник директора ФБР, отвечающий за подразделение национальной безопасности, встретился с Генеральным прокурором Джанет Рино и снова настаивал на прослушивании, но опять получил отказ.
Весной 1998 года Эдвард Джей. Кёрран, бывший контрразведчик в ФБР и ЦРУ, поступил на службу в Министерство энергетики, чтобы возглавить его Отдел контрразведки. Высокий, спортивный, отец четырех детей, Кёрран был назначен руководителем группы контрразведки ЦРУ после катастрофы, вызванной разоблачением Олдрича Эймса. Придя в Министерстве энергетики, он был потрясен, узнав, что Вэнь Хо Ли все еще работает в Подразделении «X» в Лос-Аламосе.
В августе ФБР провело против Ли операцию под «чужим флагом». Агент ФБР, американский китаец, позвонил Ли по телефону, утверждая, что он является «представителем 'заинтересованного отдела' из Пекина». Он назвался вымышленным именем Ван Мин-Ли. Но, как это часто случалось в деле Вэня Хо Ли, попытка была ужасно плохо подготовлена и неуклюже проведена. Агент, изображающий из себя чиновника МГБ, говорил только на кантонском диалекте, хотя чиновники в Пекине говорят на путунхуа.
Изначальный план состоял в том, чтобы использовать агента, американского китайца, который говорил бы и на путунхуа, и на шанхайском диалекте, потому что ФБР подозревало, что у Вэня Хо Ли, возможно, была некая связь с шанхайским отделом государственной безопасности, филиалом МГБ в этом городе. Поскольку агент ФБР, посланный в Санта-Фе, говорил только на кантонском диалекте, у него не было никаких шансов выдать себя за офицера разведки из Пекина.
В ходе нескольких телефонных звонков тайный агент ФБР объяснил Вэню Хо Ли, что он приехал в Нью-Мексико, чтобы удостовериться, что у Ли все в порядке после осуждения в Калифорнии за передачу Китаю информации оборонного значения другого американского ученого китайского происхождения, Питера Ли. Он хотел договориться с Вэнем Хо Ли о встрече. У Ли пояснения звонившего вызвали подозрения, и он ответил, что обязан докладывать своему руководству о любой встрече с иностранными официальными лицами. Он сказал, что предпочел бы говорить по телефону.
Тайный агент ФБР настаивал на личной встрече с Ли, говоря, что есть и другие чувствительные темы, помимо случая Питера Ли, которые он хотел бы обсудить. Вэнь Хо Ли тогда согласился встретиться с агентом в отеле «Хилтон» в Санта-Фе. Но десять минут спустя Ли перезвонил и сказал, что передумал.
На следующий день человек ФБР, изображающий из себя китайского разведчика, позвонил снова, чтобы сказать, что он уезжает из Санта-Фе, и продиктовал Ли номер пейджера, принадлежавшего, по его словам, американскому другу, которому можно доверять, и этот номер можно использовать, если Ли захочет войти в контакт с ним. Ли не доложил руководству о телефонных звонках, но рассказал своей жене Сильвии, она рассказала своей подруге, а та уже сообщила в отдел безопасности Министерства энергетики. Когда после этого контрразведка Министерства энергетики расспрашивала Ли о звонках, он признал, что ему звонили, но не упомянул, что ему сообщили номер пейджера.
За два дня до Рождества, по настоянию Кёррана, жестко настроенного на удаление Ли из Подразделения «Х», он был, наконец, переведен в Подразделение «T», которое выполняет несекретную работу, где и оставался, пока Билл Ричардсон, министр энергетики, не уволил его совсем.
Ричардсон, конгрессмен с семью сроками и старый дипломат, ступил на политическое минное поле. Вашингтон шумел. Президенту Клинтону угрожал импичмент за его ложь о любовной интрижке с Моникой Левински; обвинения, что Китай внес деньги, чтобы попытаться повлиять на президентскую кампанию Клинтона в 1996 году, продолжали бурлить в прессе; и Ричардсон знал, что дело Вэня Хо Ли быстро достигает критической стадии. Комитет Кокса, с Трулоком в качестве его главного свидетеля, готовился выпустить свой сенсационный доклад о китайском шпионаже, и республиканцы в Конгрессе унюхали кровь.
Ричардсон теперь видел, что его шансы стать первым испаноговорящим кандидатом в вице-президенты Америки испаряются. Несмотря на его англоязычное имя, мать Ричардсона была мексиканкой, и у него были большие надежды, что его латиноамериканские достоинства и личные качества вместе с опытом дипломата и законодателя могли бы помочь катапультировать его на пост вице-президента от Демократической партии на выборах в 2000 году. Но Ричардсон был достаточно закален, чтобы понять, что суматоха в Министерстве энергетики, дискредитирующие сообщения прессы о недостаточной безопасности в лабораториях, и китайский шпионский скандал, хоть и не по его вине, означали, что с политическими амбициями ему придется повременить.