Но чем больше правительство расследовало дело Вэня Хо Ли, тем больше обвинение понимало, что обвинить его в шпионаже невозможно. На самом деле не было ни малейших доказательств, что именно Ли передал китайцам информацию о W-88, о нейтронной бомбе, или любой другой секрет. Однако при обыске в его офисе в лаборатории следователи обнаружили, что он загрузил компьютерные файлы, коды, моделирующие ядерные взрывы, с засекреченного компьютера в открытую, «зеленую», компьютерную сеть. Кроме того, он тогда скопировал коды на ленты, и никто не знал точно, сколько лент существовало, и что с ними случилось.
Операция «Родственный дух» теперь превратилась в операцию «SEA CHANGE» («Преобразование»). Если Ли нельзя было преследовать по суду за шпионаж, его можно было бы обвинить в ненадлежащем обращении с ядерными секретами. Министерство юстиции начало готовить против Ли процесс по обвинению в загрузке секретных кодов.
Как ни странно, Министерство энергетики узнало о широкомасштабном копировании Ли засекреченных файлов за шесть лет до того, как правительство предъявило ему обвинение в этом. Компьютерный отдел в Лос-Аламосе установил систему под названием «Обнаружение сетевых аномалий и определение незаконных вторжений» (Network Anomaly Detection and Intrusion Recording, неизбежно сокращенную до NADIR (буквально «низшая точка» или даже «крайний упадок»), чтобы определять необычное использование компьютеров учеными лаборатории. В 1993 году система обнаружения заметила загрузку, осуществленную Вэнем Хо Ли. Но чиновник Министерства энергетики, который знал о подозрительной загрузке Ли, ничего не сделал и не сообщил об этом факте ни в отдел контрразведки Министерства энергетики, ни в ФБР.
В августе 1999 года Нотра Трулок был вынужден уйти из Министерства энергетики. Чтобы помочь справиться с кризисом контрразведки, Ричардсон принял на службу Лоуренса Санчеса, бывшего офицера ЦРУ, который был прикомандирован в Нью-Йорку, когда Ричардсон был там американским послом в Организации Объединенных Наций. Он устроил Санчеса на уровень выше Трулока — руководителем недавно созданного Управления разведки.
В ходе этой реструктуризации Трулока столкнули на обочину. Он вызвал хаос вокруг Вэня Хо Ли, разболтал изначальную историю газете «Нью-Йорк Таймс», и выболтал секреты Комитету Кокса. — Я чувствую себя как пария в этом отделе, — говорил Трулок ровно за несколько дней до того, как ушел в отставку. Однако, учитывая политическую огненную бурю, которая пронеслась по Министерству энергетики, Ричардсон посчитал благоразумным устроить Трулоку дружеское прощание и дать вознаграждение в 10 000 долларов.
В том же месяце Вэнь Хо Ли пришел на телепрограмму «Шестьдесят минут», и правительство проиграло его дело прежде, чем начало его. Появление Ли с благожелательно к нему настроенным ведущим Майком Уоллесом повернуло поток общественного мнения в пользу Ли, и обвинители так никогда и не вернули назад свою поддержку.
— Правда в том, что я невиновен, — говорил Ли в передаче телекомпании Си-Би-Эс. — Я не сделал ничего плохого, в чем они пытаются обвинить меня.
Он никогда не передавал ядерные тайны Соединенных Штатов Китаю? — спросил Уоллес.
— Нет, я никогда не делал этого…. Я посвящаю наилучшее время своей жизни этой стране, чтобы сделать страну более сильной…, таким образом мы сможем защитить американский народ.
Уоллес тогда спросил, почему Ли загрузил файлы. — Чтобы защитить мой код, ответил он. — Чтобы защитить мой файл.
Ли спросили, почему, по его мнению, именно он оказался мишенью.
— Мое лучшее объяснение этого, что они думают, что я, да, вы знаете, что я китаец — я родился на Тайване. Я думаю, что это — часть причины. И вторая причина, они хотят найти какого-то козла отпущения.
Объяснение Ли в «Шестидесяти минутах», почему он незаконно загрузил коды, звучало загадочно. В своих более поздних утверждениях он сделал уточнения. Он сказал, что он когда-то потерял результаты своей работы, когда лаборатория перешла на новую компьютерную систему, и не хотел, чтобы это случилась снова. Правительственные следователи выдвинули теорию, что, вероятнее, он хотел собрать материал на тот случай, если ему придется когда-либо уволиться из Лос-Аламоса, чтобы искать новую работу.
Четыре месяца спустя, 10 декабря 1999 года, федеральное большое жюри в Альбукерке огласило обвинительный акт из 59 пунктов, обвиняющих Ли в плохом обращении с секретными данными. Если бы его признали виновным, ему грозило бы пожизненное заключение. Он был арестован ФБР в его доме, на него надели наручники и доставили в тюрьму округа Санта-Фе. Три дня спустя ему отказали в освобождении под залог после того, как Стивен Янгер, заместитель директора программ ядерного оружия в Лос-Аламосе, зловеще предупредил, что коды, которые загрузил Вэнь Хо Ли, могли бы в неправильных руках «изменить глобальное стратегическое равновесие».