Ли провел следующие девять месяцев в одиночной камере. В условиях жестких специальных административных мер (special administrative measures, SAM), введенных по приказу генерального прокурора, на него надевали наручники, кандалы на поясе и на ногах в тот один час в неделю, когда ему разрешали прогулку вне камеры.
Адвокаты Ли тщетно пытались освободить его от тягостных тюремных условий. Но за прошедшие месяцы государственное обвинение столкнулось с рядом неудач. Два ведущих обвинителя вышли из дела. Один ушел, чтобы участвовать в выборах в Конгресс, другого пришлось заменить из-за сообщений, у него была интрижка с женщиной в его штате. Роберт A. Мессемер, старший специальный агент ФБР, признал в суде, что давал неверные показания о Ли.
Джон Клайн обещал вынудить правительство представить совершенно секретные доказательства, если дело Ли дойдет до суда. Директор ФБР Луис Джей. Фри беспокоился, что если Ли будет признан виновным, правительство никогда не узнает, почему он загрузил коды ядерного оружия и записал их на ленты, семь из которых отсутствовали.
Альберта Ли, дочь Вэня Хо Ли, неустанно и результативно защищала своего отца на собраниях и по телевидению, утверждая, что он был невиновен и пал жертвой расовых предрассудков из-за его китайского происхождения. В августе Джеймс A. Паркер, судья федерального округа, осуществляющий контроль над расследованием, сказал, что он не убежден в том, что Ли должен находиться в тюрьме, и приказал его освободить. Правительство заблокировало его решение. К сентябрю, однако, обвинители, видя, что дело разваливается, были готовы сдаться. Они предложили Ли соглашение о признании вины.
Условия сделки согласовывались адвокатами двух сторон; правительство готово было снять пятьдесят восемь из пятидесяти девяти пунктов в обвинительном акте. В свою очередь, Ли признал бы себя виновным по одному пункту: плохое обращение с данными оборонного значение, уголовное преступление, и сообщил бы правительству, почему он загрузил секретные файлы и что он сделал со своими лентами.
Затем судья Паркер ошеломил беззвучный зал суда в Альбукерке своими словами. — Я считаю, что с вами поступили ужасно несправедливо, содержа под арестом до суда в тюрьме округа Санта-Фе в унизительных, излишне жестких условиях. Я действительно сожалею, что исполнительная власть нашего правительства убедила меня в том, чтобы отдать приказ о вашем аресте в прошлом декабре. Доктор Ли, я говорю вам с большой печалью, что я чувствую, что был введен в заблуждение в прошлом декабре исполнительной властью нашего правительства…. Они сбили с толку не одного меня. Они сбили с толку всю нашу нацию и каждого из нас, который является гражданином ее.
— Я мог бы сказать, что мне также грустно и тревожно, потому что я не знаю реальных причин, почему исполнительная власть сделала все это….
— Хотя, как я указал, у меня нет никаких полномочий говорить от имени исполнительной власти, президента, вице-президента, генерального прокурора, или министра энергетики, в качестве члена третьей ветки Правительства Соединенных Штатов, судебной власти, Судов Соединенных Штатов, я искренне приношу извинения вам, доктор Ли, за несправедливость, которую допустила в отношении вас исполнительная власть, держа вас под арестом.
Вэнь Хо Ли был свободен. Он вышел на яркий солнечный свет Нью-Мексико, сопровождаемый своими адвокатами и Альбертой, и встал перед телевизионными камерами. — Следующие несколько дней я собираюсь ловить рыбу, — сказал он.
Сторону обвинения высмеивали, потому что правительство обвинило Ли по пятидесяти девяти пунктам, а оказалось в состоянии признать его виновным только в одном. Но необычная длина обвинительного акта была следствием того, что каждый пункт включал отдельный файл, который Ли «переместил», или изменил и скопировал.
Соглашение о признании вины было почти пущено под откос, когда в последнюю минуту Ли упомянул адвокатам, что он не только загрузил коды и скопировал их на ленты, но также сделал и копии лент. Он утверждал, что выбросил ленты в мусорный контейнер около его офиса в лаборатории. ФБР позже поручило несчастной группе агентов рыться на городской свалке в поисках лент, но их так и не нашли.
После этого дела Брайан Сан, проницательный адвокат из Лос-Анджелеса, который позже представлял Джей-Джей Смита на процессе «Горничной», от имени Вэня Хо Ли подал иск о вторжении в частную жизнь против правительства за то, что оно допустило утечку имени Ли в прессу. В 2006 году иск был улажен за 1 645 000 долларов, причем пять служб новостей согласились уплатить почти половину этой суммы.