Выступая перед слушателями Высшей школы НКВД СССР в 1939 г., научный сотрудник 1 спецотдела НКВД СССР, а со 2 августа 1939 г. — заместитель начальника Особого бюро при НКВД СССР, А.И.Коссой говорил, что с приходом в НКВД Л.П.Берия и под руководством партии советская разведка очистилась от банды предателей и шпионов, пролезших в ее ряды, и что ряды советской разведки обновились и пополнились новыми кадрами, посланными на этот решающий участок охраны государственной безопасности страны социализма, и что под руководством своего наркома товарища Берия, верного ученика и соратника товарища Сталина, советская разведка, очистившись от врагов народа, от шпионов иностранных разведок, стоит на страже нашей социалистической Родины.
С приходом в НКВД СССР Л.П.Берия и после проведения чистки ежовских кадров как в центре, так и на местах, расстановка руководства НКВД СССР была следующей:
Л.П.Берия — нарком внутренних дел СССР;
В.Н.Меркулов — 1 зам. НКВД СССР и начальника ГУГБ НКВД СССР;
И.И.Масленников — зам. НКВД СССР по войскам;
В.В.Чернышев — зам. НКВД СССР и нач. ГУЛАГА;
С.Н.Круглов — зам. НКВД СССР по кадрам.
16 декабря 1938 г. первым заместителем наркома ВД СССР был назначен комиссар гб 3 ранга В.Н.Меркулов, а 17 декабря 1938 г. он стал начальником ГУГБ НКВД СССР. Его заместителями были назначены комиссар гб 3 ранга В.Г.Деканозов (начальник 3 и5 отделов ГУГБ) и старший майор гб Б.З.Кобулов (начальник 2 отдела ГУГБ).
22 декабря 1938 г. была организована Следственная часть (Следчасть) НКВД СССР. Начальником стал по совместительству Б.З.Кобулов
20 февраля 1939 г. 2 спецотдел НКВД СССР был разделен на два самостоятельных отдела:
Отдел оперативной техники (2 спецотдел НКВД СССР, начальник — Е.П.Лапшин);
Отдел лабораторий (4 спецотдел НКВД СССР, начальник — М.П.Филимонов).
Постановлением СНК СССР № 245 от 28 февраля 1939 г. заместителями наркома внутренних дел СССР были назначены: комбриг И.И.Масленников (по войскам); майор гб С.Н.Круглов (по кадрам).
8 марта 1939 г. ГУПВВ НКВД СССР было разделено на шесть главных управлений:
Главное управление погранвойск (ГУПВ) НКВД) СССР (начальник — Г.Г.Соколов);
Главное управление войск НКВД СССР по охране ж.д. сооружений (А.И.Гульев);
Главное управление войск НКВД СССР по охране особо важных предприятий промышленности (Е.В.Козик);
Главное управление конвойных войск НКВД СССР (В.М.Шарапов);
Главное управление военного снабжения (ГУВС) НКВД СССР (А.А.Вургафт);
Главное военно-строительное управление войск (ГВСУ) НКВД СССР (И.С.Любый).
Общее руководство образованными главными управлениями было возложено на заместителя наркома ВД СССР по войскам И.И.Масленникова.
20 апреля 1939 г. был сформирован Мобилизационный отдел (Моботдел) НКВД СССР. Его начальником был назначен майор гб И.С.Шередега.
Приказом НКВД СССР № 363 от 19 июня 1939 г. при наркоме внутренних дел СССР была организована Контрольно-инспекторская группа. Этим же приказом руководителем этой группы был назначен заместитель начальника Секретариата НКВД СССР капитан гб Н.С.Сазыкин (по совместительству).
20 июня 1939 г. был организован 5 спецотдел (Гохран) НКВД СССР. Его начальником был назначен старший лейтенант гб В.Н.Владимиров.
22 июня 1939 г. был организован Отдел железнодорожных и водных перевозок НКВД СССР. (Начальник — капитан гб С.И.Зикеев).
5 августа 1939 г. была образована Следчасть ГТУ НКВД СССР. Начальником Следчасти и заместителем начальника ГТУ НКВД СССР был назначен майор гб Н.И.Синегубов.
Приказом НКВД СССР № 0253 от 9 августа 1939 г. Переселенческий отдел НКВД СССР был расформирован.
4 сентября 1939 г. Следчасть НКВД СССР была расформирована, а на основе ее аппарата были организованы:
Следчасть ГУГБ НКВД СССР во главе с майором гб В.Т.Сергиенко;
Следчасть ГЭУ НКВД СССР во главе с майором гб П.Я.Мешиком.
В.Т.Сергиенко стал также заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР (до него начальником Следчасти НКВД СССР и заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР был Б.З.Кобулов.
19 сентября 1939 г. было образовано Управление НКВД СССР по военнопленным и интернированным (УПВИ НКВД СССР). Начальником этого управления был назначен майор П.К.Сопруненко.
На 1 января 1940 г. структура центрального аппарата НКВД СССР была следующей:
Руководство НКВД СССР (5 человек: Берия, Меркулов, Масленников, Чернышов, Круглов);