Контрольно-инспекторская группа при НКВД СССР — (Н.И.Павлов);
Секретариат НКВД СССР — (С.С.Мамулов);
Горнотехническая инспекция — (П.В.Марков);
Инспекция по котлонадзору — (Н.П.Стружков).
28 февраля 1941 г. был образован 1 спецотдел (1 с/о) НКВД СССР — учетно-архивный). Его начальником был назначен А.Я.Герцовский.
Приказом НКВД СССР от 18 марта 1941 г. было организовано Управление учебными заведениями (УУЗ) НКВД СССР. Начальником УУЗ НКВД СССР был назначен майор гб П.А.Шария.
На основании постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 24 марта 1941 г., возложившего на НКВД СССР строительство аэродромов для военно-воздушных сил Красной Армии, приказом НКВД СССР № 00328 от 27 марта 1941 г. в составе НКВД СССР было организовано Главное управление аэродромного строительства (ГУАС) НКВД СССР. Этим же приказом начальником ГУАС НКВД СССР был назначен начальник ГУШОСДОР НКВД СССР военный инженер 1 ранга В.Т.Федоров.
НКВД СССР
июль 1941 г. — апрель 1943 г
22 июня 1941 г. началась война СССР с Германией. 30 июня 1941 г. был образован Государственный Комитет Обороны (ГКО) СССР и Л.П.Берия был назначен его членом, а Указом ПВС СССР от 20 июля 1941 г. НКВД СССР и НКГБ СССР были вновь объединены в единый наркомат: НКВД СССР во главе с Л.П.Берия, а бывший нарком госбезопасности СССР В.Н.Меркулов был назначен вновь первым заместителем наркома ВД СССР.
Постановлением СНК СССР от 30 июля 1941 г. заместителями НКВД СССР были назначены: С.Н.Круглов, В.С.Абакумов, И.А.Серов, Б.З.Кобулов, В.В.Чернышев, И.И.Масленников, А.П.Завенягин, Л.Б.Сафразьян и Б.П.Обручников.
В целях повышения качества следственной работы и более тесной увязки ее с агентурно-оперативной работой были организованы следственные отделения и группы при контрразведывательном, секретно-политическом, экономическом и транспортном управлениях, а также при оперотделе ГУЛАГа НКВД СССР.
Для ведения особо важных следственных дел была создана Следчасть по особо важным делам НКВД СССР.
На базе Управления войск НКВД СССР по охране железнодорожных сооружений и особо важных предприятий промышленности и Управления конвойных войск НКВД СССР было организовано Главное управление внутренних войск НКВД СССР.
На базе Особого технического бюро НКВД СССР и 4 отдела бывшего НКГБ СССР был организован 4 спецотдел НКВД СССР.
На базе Управления лагерей горно-металлургических предприятий, Управления лагерей топливной промышленности и Управления лагерей черной металлургии было организовано Главное управление лагерей горно-металлургической и топливной промышленности НКВД СССР. Сюда же были включены бывшая Горно-техническая инспекция НКВД СССР и Инспекция по котлонадзору НКВД СССР.
ХОЗУ, Отдел кадров, 1 спецотдел были организованы путем слияния соответствующих управлений и отделов бывшего НКВД и бывшего НКГБ СССР.
УУЗ было ликвидировано, передав свои функции Отделу кадров НКВД СССР, а бывший 3 отдел войск НКВД СССР вошел в состав Управления особых отделов НКВД СССР как 6 отдел УОО НКВД СССР.
После объединения НКВД и НКГБ СССР приказом НКВД СССР от 31 июля 1941 г. была объявлена новая структура центрального аппарата НКВД СССР:
Секретариат НКВД СССР — (С.С.Мамулов);
Контрольно-инспекторская группа при наркоме — (Н.И.Павлов);
Секретариат ОСО при наркоме — (В.В.Иванов).
Оперативно-чекистские управления и отделы:
1 управление (разведка за границей) — (П.М.Фитин);
2 управление (контрразведка) — (П.В.Федотов);
3 управление (секретно-политическое) — (Н.Д.Горлинский);
Управление особых отделов — (В.С.Абакумов);
Транспортное управление — (Н.И.Синегубов);
Экономическое управление (ЭКУ) — (П.Я.Мешик);
Следчасть по особо важным делам (по ОВД) — (Л.Е.Влодзимирский);
1 отдел (охрана правительства) — (Н.С.Власик);
1 с/о (учетно-статистический) — (Л.Ф.Баштаков);
2 с/о (опертехники) — (Е.П.Лапшин);
3 с/о (обыски, аресты, наружное наблюдение) — (П.М.Кубаткин);
4 с/о (особое техбюр о, "ВЧ"-связь) — (В.А.Кравченко);
5 с/о (шифры) — (И.Г.Шевелев);
6 с/о (Гохран) — (В.Н.Владимиров).
Административно-оперативные управления:
ГУМ — (А.Г.Галкин);
ГУПО — (П.М.Богданов);
ГУМПВО — (В.В.Осокин);
Управление государственных архивов (УГА) — (И.И.Никитинский);
Тюремное управление — (М.И.Никольский);
УПВИ — (П.К.Супруненко);
УКМК — (Н.К.Спиридонов);
Штаб истребительных батальонов НКВД — (Г.А.Петров).
Управления войск:
ГУПВ — (Г.Г.Соколов);