В течение этого времени Сиддханта Сарасвати занимался составлением вайшнавской энциклопедии, которая должна была содержать объяснение вайшнавской терминологии, краткие биографии великих вайшнавов, обзор книг вайшнавских ачарий, описания вайшнавских тиртх, разнообразные учения вайшнавских сект и т. д. Он назвал её Вайшнава-Манджуша-Самахрити и позже опубликовал в четырех томах. Один вайшнавский ученый сказал по поводу этой энциклопедии: «Такая работа не под силу простому смертному, ее мог исполнить только великий человек — Прабхупада Сарасвати Тхакур. Даже три десятка ученых и десяток сотрудников в придачу, получи они к тому же царскую казну в свое распоряжение, не смогли бы издать такой труд». Сиддханта Сарасвати начал составлять эту энциклопедию в Пури и продолжал во время своих проповеднических путешествий по Шри Маяпурдхаме, Шри Джаганнатха Пури-дхаме и Шри Враджа-дхаме. Кроме того он изучал книги Шрилы Мадхавачарьи и Шрилы Рамануджачарьи и опубликовал некоторые из них в Бенгалии. Но и это еще не все. Он составил и напечатал биографии этих и других святых вайшнавов в журнале Шрилы Бхактивиноды Тхакура «Саджана-Тошани».
В 1904, а затем и в 1905 годах Сиддханта Сарасвати путешествовал по Южной Индии, посетив такие места, как Тирупати, Шрирангам, Сингхачал, Радж Махендри, Мадрас, Перамбадур, Конджеварам, Кумбхаконам и Мадурай. В Перамбадуре он получил от Рамануджи триданди Свами полную информацию о ритуалах и правилах ведической триданда вайшнава-санньясы. Куда бы ни приводили его путешествия, он всегда давал лекции, писал, дискутировал с учеными пандитами того времени. Вскоре он приобрел такую репутацию, что одно его имя вселяло страх в сердца оппонентов. Фальшивые культы и секты были обречены.
Однако в Пури Сиддханта Сарасвати подвергался столь сильному притеснению и порицанию за свою проповедь против рифмованных киртанов и теории сакхибхеки столь популярного Радхараманачарана даса Бабаджи, что в конце концов Шрила Бхактивинода Тхакур приказал ему отправиться в Йогапитху — место рождения Шри Чайтаньи Махапрабху — и заняться там бхаджаной.
НАМА-БХАДЖАНА
В 1905 году, тридцатиоднолетний Сиддханта Сарасвати, следуя примеру Намачарьи Харидаса Тхакура, принял великий обет повторения трех лакхов Имен (192 круга) в день. Он вычислил, что если повторять ежедневно триста тысяч имен, за девять лет он произнесет Имена Господа десять миллиардов раз. Четыре года он провел в хижине из травы в Йогапитхе, а в феврале 1909 года построил домик во Враджапаттане (одном из городов Враджи) недалеко от Йогапитхи, рядом с домом Чандрашекхары Ачарьи, дяди Шри Чайтаньи Махапрабху. Это место считается не отличным от берегов Радха-кунды и здесь он непрерывно повторял Святые Имена: Харе Кришна, Харе Кришна, Кришна Кришна, Харе Харе, Харе Рама, Харе Рама, Рама Рама, Харе Харе. Он строго следовал своему обету и соблюдал Чатурмасью, готовя рис (высушенный на солнце) в гхи и поедая его прямо с земли, как корова. Он отдыхал, ложась на голую землю, никогда не пользовался подушкой и постоянно повторял джапу или изучал священные писания. Видя такую отрешенность, его Гурудева, Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи сказал: «Я вижу, как в моем Прабху проявляется отрешенность Рупы Рагхунатхи». Он имел обыкновение обращаться к своему ученику: «мой Прабху».
Шрила Прабхупада, рассказывал об этом периоде его жизни: «С самого детства он был строгим брахмачари — Бхактисиддханта Сарасвати Махараджа. Он прошел суровые аскезы, чтобы начать это движение, мировое движение. Такова была его миссия».
Когда крыша его кутира прохудилась, то, чтобы не прерывать своей джапы из-за дождя, он просто открывал зонтик и продолжал повторять святые имена. Иногда ему приходилось выезжать, но он всегда строго соблюдал свой обет.
В 1906 году Шри Рохиникумара Гхошу (племяннику Чандра-мадхавы Гхоша Махашайи, судьи Верховного Суда Калькутты) приснился чудесный сон, который заставил его обратиться к Сиддханте Сарасвати за посвящением. Юноша этот жил с каким-то так называемым гуру и его супругой, принадлежащими к секте Баулов, которых ему приходилось называть «отцом» и «матерью». На самом деле это были нечестивцы и мошенники, скрывающиеся под маской преданных, но юноше посчастливилось: в Майяпуре он услышал несколько лекций Сиддханты Сарасвати. Вернувшись к Баулам, юноша почувствовал себя больным и прилег отдохнуть. И тут он увидел сон. В этом сне «гуру» представился ему тигром, а его жена — тигрицей. Они готовы были сожрать неудачливого парнишку, изо всех сил стремившегося укрыться у стоп Господа Гаурасундары. В этот момент появился Сиддханта Сарасвати, прогнал тигров и повел его в Майяпур. Проснувшись утром, юноша отправился в Майяпур, где в течение нескольких дней слушал лекции Сиддханты Сарасвати. Под конец он так горячо стал умолять своего спасителя дать ему посвящение, что Сиддханта Сарасвати сжалился над ним.