В это время в Джайпуре члены Рамануджа-сампрадаи подвергли сомнению право Гаудия-сампрадаи на существование. Их аргументы были разнообразны и многочисленны и, среди прочего, содержали обвинение в том, что у гаудия-вайшнавов нет собственного комментария к Веданта-сутре. Правитель Джайпура известил об этом обвинении Вишванатху Чакраварти Тхакура, но тот был к тому времени уже слишком стар, чтобы путешествовать, и потому послал в Джайпур Баладеву Видьябхушану. Баладева Видьябхушана успешно противостоял ученым Шри-сампрадаи в дебатах, но что касалось их главного обвинения, то они желали видеть прямой комментарий и не признавали достаточным Шримад-Бхагаватам, который, согласно Шри Чайтанье Махапрабху, является естественным комментарием к Веданте. Между прочим, в Навадвипа-дхама-махатмье Бхактивиноды Тхакура Нитьянанда Прабху упоминает, что Гопинатха Ачарья, слышавший, как Господь Чайтанья наставлял Сарвабхауму Бхаттачарью в правильном понимании Веданты, примет рождение как Баладева Видьябхушана, чтобы под диктовку Говиндаджи составить Говинда-бхашью.
Говиндаджи явился Баладеве Видьябхушане во сне и успокоил его, сказав, что продиктует ему необходимый комментарий. Итак, в короткое время Говинда-бхашья была написана и представлена правителю и представителям Шри-сампрадаи в Джайпуре. Они были потрясены услышанным и тут же изъявили желание стать учениками Баладевы Видьябхушаны. Он, однако, из-за своей искренней скромности, отказал. На страницах Говинда-бхашьи Баладева Видьябхушана утвердил наличие истинной связи Гаудия-сампрадаи с линией Мадхвачарьи через Лакшмипати Тиртху, Мадхавендру Пури и Ишвару Пури. Вскоре после этих победных дебатов, проведенных Баладевой Видьябхушаной от имени Говиндаджи, Вишванатха Чакраварти Тхакур, жизнь и душа Рупы Госвами, ушел, благословив Баладеву Видьябхушану, который теперь стал главой Гаудия-сампрадаи.
У Гаудия Веданта ачарьи, Шрилы Баладевы Видьябхушаны был ученик — Шрила Уддхава даса Бабаджи. Его учеником был Шрила Мадхусудана даса Бабаджи, а учеником последнего — Шрила Джаганнатха даса Бабаджи, шикша-гуру Шрилы Бхактивиноды Тхакура, которого Бхактивинода называл главнокомандующим вайшнавов. Шрила Гаура Кишора был посвящен в бабаджи Шрилой Бхагаватдасой Бабаджи, которому дал посвящение Шрила Джаганнатха даса Бабаджи, но к Шриле Бхактивиноде Тхакуру Шрила Гаура Кишора даса Бабаджи относился как к своему шикша-гуру. Итак, в XIX веке Бхактивинода Тхакур руководил возрождением Гаудия-сампрадаи в Индии и даже пытался с помощью литературы распространять учение Шри Чайтаньи Махапрабху за границей. В начале XX века его усилия были весьма расширены Шрилой Бхактисиддхантой Сарасвати Тхакуром, учредившим Гаудия Матх, который распространял сознание Кришны по всей Индии и в Бирме, а также попытался продвинуть свою миссию и в Европу. Кроме того, проповедники Гаудия Матха проповедовали на землях современных Пакистана и Бангладеш. Во времена Шрилы Бхактисиддханты Сарасвати Тхакура нападки по поводу подлинности нашей линии продолжались. Говорилось, что будто бы она — не строго дикша-сампрадая. Но Шрила Бхактисиддханта Сарасвати Тхакур, рассказывая историю Вишва-вайшнава-раджа-сабхи, общества превосходных преданных, основанного Шрилой Дживой Госвами, объясняет, что сабха иногда проявлялась, когда являлся маха-бхагавата, а иногда, в плохие времена, не проявлялась, но всегда присутствовала в шикше махаджан, таких как Шрила Бхактивинода Тхакур, который возродил ее в конце XIX века. Во второй половине XX века, благодаря героическим усилиям Его Божественной Милости А.Ч. Бхактиведанты Свами Прабхупады, Основателя-Ачарьи Международного Общества Сознания Кришны, эта сабха стала всемирным революционным движением.
Как говорил в свои последние дни Шрила Бхактисиддханта Сарасвати Тхакур: «Мы лелеем желание посвятить это никчемное тело жертвоприношению санкиртаны Шри Кришны Чайтаньи и Его спутников. Мы вовсе не стремимся к героизму в деятельности ради плодов или в религии, ибо все, что нам нужно — это занять свое истинное положение, жизнь за жизнью пребывая пылинкой у лотосов стоп Шри Рупы Прабху. Школа Бхактивиноды никогда не падет. Вам следует еще более вдохновенно проповедовать сердечное желание Бхактивиноды... Пусть поток идей последователей Шри Рупы стремится по всему миру. Пусть мы никогда, ни при каких обстоятельствах не выкажем отвращения к жертвоприношению пением семиязычной санкиртаны Шри Кришны. Если привязываться все больше и больше к этому, совершенство будет достигнуто и во всем остальном. Пусть каждый из вас, ревностно следуя приверженцам Шри Рупы, бесстрашно и вдохновенно во весь голос проповедует учение Шри Рупы-Рагхунатхи».