После утомительного путешествия по аравийской пустыне они достигли священного Синая. Проведя здесь несколько времени в подвигах молитвы и богомыслия, они обошли пустыни Синайскую, Фаран, Раиф и, встречаясь с великими старцами, собирали сведения о великих подвижниках ужасных пустынь. Наконец, путники через Клизму на берегу Суэцкого перешейка прошли в Египет и явились в Александрии около 607 года, в патриаршество Иоанна Милостивого. Иоанн Мосх уже хорошо знаком был с положением дел в Александрийской Церкви, волнуемой различными ересями. Патриарх с радостью принял просвещенных и благочестивых гостей, которые оказались его ревностными помощниками в борьбе с еретиками. В жизнеописании Иоанна Милостивого епископ Кипрский Леонтий весьма сочувственно отзывался о плодотворных трудах Мосха и Софрония: «По его (патриарха) желанию, Бог послал ему мудрых и достопамятных мужей Иоанна и Софрония. Они были для него верными советниками, которым внимал он, как отцам, и благодарил их, как мужественных воинов, подвизавшихся за благочестие и веру. Руководимые Духом Святым, они мудро боролись с северианами и другими нечестивыми еретиками. Много скитов, храмов и обителей они исторгли из пасти этих зверей, подобно добрым пастырям. Этим-то они и заслужили особое уважение патриарха».
В Александрии Софроний принял иночество, к которому долго готовился под руководством своего мудрого наставника. С радостным настроением духа отрекался высокообразованный Софроний от мира и всецело посвящал себя на служение Господу. О тогдашнем строе души его красноречиво говорит нам знаменательное сновидение. «Я видел, – говорил Софроний, – как на пути передо мною девы, составив хор, радостно приветствовали меня, восклицая: «Как мы рады приходу твоему, Софроний! Какого венца сподобился ты, Софроний!!.»
Александрия уже издавна славилась как центр всемирной образованности. Там было единственное по своему богатству книгохранилище. Большими собраниями рукописей владели и частные лица, как показывает пример Космы Схоластика. Наши путники старались ознакомиться со всем, что могли найти для себя поучительного среди богатого умственного наследства, завещанного языческой и христианской древностью Александрии. Но, углубляясь в книги и беседуя с мужами высокой мудрости, они не пропускали без внимания ни одного случая из действительной жизни, который мог навести их на благочестивые размышления. Однажды они пришли для беседы к ученому александрийцу и, застав его спящим, отправились в одно особенно посещаемое место в Александрии. Там они застали трех слепцов и, незаметно приблизившись к ним, выслушали замечательный рассказ одного из них о том, как Бог покарал его за покушение на великое преступление. Софроний дал знак своему наставнику. Отойдя от слепцов, он сказал: «Ну, сегодня нам нет нужды учиться чему-нибудь. Мы получили очень хороший урок».
Посетив все храмы и знаменитые обители в Александрии и ее окрестностях, путники вознамерились посетить знаменитые местности, бывшие, так сказать, колыбелью и рассадниками иночества. Горные хребты, образуя Нильскую долину, представляют в своих каменистых скатах и ущельях удобные местности для отшельнической жизни, и там-то, вскоре после смерти основателя иночества св. Антония, появились обители: к востоку от Нила – до самого Чермного моря и древнего Синая, а к западу – до страшных пустынь Ливийских. В Ливийских горах, почти на равном расстоянии от Александрии и древней столицы Египта – Мемфиса, возвышается местность, известная благодаря своей почве под именем Нитрийской горы. Там-то находилась славная Нитрийская пустыня, «град Божий», прославленный именами Макария, Серапиона, Пафнутия, Памво, Пиора, Хрония… В близлежащей местности рассеяно было множество келий, в которых подвизались одинокие отшельники. Но самой дикой, ужасной пустыней считалась Скитская, лежащая ближе к Нилу. Чтобы добраться до этих местностей, нужно было преодолеть страшные трудности. Бурное озеро Мареотис, дикие звери, множество крокодилов, топкие болота, дикие хищники – вот что грозило на пути, но все это не останавливало ревностных путников, горевших желанием посетить знаменитые места. Посетив Нитрийскую пустыню, они направились в Фиваиду…