Взятие Равенны стало победой, однако у нее не было будущего. Новый главнокомандующий, Жак де Шабани, сеньор де ла Палис, не сумел ни завоевать авторитет, ни сохранить коалицию. Распри между войсками Максимилиана и герцога д'Эсте вылились в массовые грабежи, пожары, насилие. Однако если Феррарское герцогство наемники пощадили, то вся Северная Италия вынуждена была восстать против французов, «новых варваров», которые решили обчистить страну и пересечь Альпы, увозя с собой фургоны, груженные награбленным добром.
После победы при Равенне Альфонсо оказался у Юлия II. Под влиянием Лукреции он решил направиться в Ватикан, чтобы просить папу об отпущении грехов. В Ватикане он мог рассчитывать на помощь Фабрицио Колонна, которого Альфонсо захватил в плен во время битвы при Равенне, затем отпустил, не потребовав выкупа, и Федерико Гонзага, сына Изабеллы, окруженного нежными заботами папы (его облик, по просьбе Юлия II, запечатлен на большой фреске «Афинская школа», в группе слева, позади философа Аверроэса). В то же время Лукреция настойчиво просила Изабеллу вмешаться, чтобы добиться у Юлия II разрешения для Альфонсо направиться в Рим для отпущения грехов. Хотя глава Церкви, несмотря на присутствие в Ватикане юного Федерико, считал Изабеллу своим заклятым врагом, он дал охранное свидетельство, о котором она просила.
Освободив всех военнопленных и доверив управление государством своей супруге, Альфонсо, облачившись в покаянные одежды, 24 июня выехал в сопровождении Марио Эквиколы, преподававшего латынь Изабелле. По виа Фламиниа они приехали в Рим в первых числах июля и поселились во дворце кардинала Сиджизмондо Гонзага. Племянник-заложник пришел поприветствовать дядю и принес обнадеживающее послание от папы. С разрешения Его Святейшества Федерико провел Альфонсо в новую капеллу, где работал Микеланджело, и оба с разрешения художника взобрались на леса.
Герцог, — пишет Гроссино, — поднялся наверх вместе с несколькими дворянами из своей свиты, чтобы рассмотреть свод. Один за другим они спустились вниз, за исключением герцога, продолжавшего любоваться росписью. Он долго беседовал с Микеланджело и просил написать для него картину, за которую предлагал значительную сумму. Художник пообещал, что сделает это. В это время Федерико повел дворян из его свиты осматривать комнаты папы, где тогда работал над росписями Рафаэль из Урбино. Герцог отказался пойти из почтения к Его Святейшеству, чтобы не беспокоить его в его покоях6.
Несмотря на то, что все началось благополучно, Колонна, знавшие, как переменчиво настроение папы, внимательно следили за безопасностью своего протеже, и, чтобы отблагодарить его за великодушное отношение к Фабрицио, они прислали в его дом сотню вооруженных людей, чтобы предотвратить всевозможные инциденты.
Итак, 9 июля Альфонсо отправился на консисторию. Любопытствующая толпа ожидала у ворот Святого Петра грозного владыку, пришедшего покаяться в грехах, как когда-то в старину Барбаросса, припавший к стопам архипастыря. Его сердечно приняли, даровали отпущение грехов, дали распоряжение посетить четыре главные церкви города и отменили эдикт об отлучении от Церкви герцогства и его семьи, что вызвало слезы признательности у «грешника». Церемония закончилась, оставалось только узнать, какие условия выдвигает папа. Ждать пришлось недолго, и феррарцы быстро разочаровались. Внешнее благодушие папы было обманом. Его требования были жесткими: Альфонсо должен был не только отказаться от верховной власти над Феррарой, но и отречься от престола, отказаться от всех своих прав и прав своих наследников в пользу Ватикана, переселиться вместе с семьей в маленький город Асти в Ломбардии и жить там до самой смерти. В ожидании его ответа Юлий II, решивший ни в чем не уступать и уничтожить этот род, заключил его в тюрьму.
Герцог д'Эсте знал, что он может рассчитывать на семью Колонна. Действительно, Фабрицио сделал все возможное, чтобы устроить побег, и сумел вывезти его под охраной, выдав за повара Просперо Колонна. После того как он, не медля ни секунды, выехал за пределы Папской области, его покровитель предоставил ему убежище, крепость в Марино.
Гонец Колонна сообщил Лукреции, что Альфонсо находится в безопасности. Тем не менее она оставалась женой изгнанника, одна, с двумя детьми (Эркуле недавно исполнилось четыре года, Ипполито — три), во главе государства, обескровленного войной, население которого после событий в Риме не было уверено в своем будущем. Кроме того, казна вновь была пуста.