Феррарцы смотрели теперь на Альфонсо как на героя. «Пусть теперь [папа] делает, что хочет, — писал Проспери Изабелле 16 декабря 1512 года, — потому что эти люди преданны Вашему достопочтенному роду и господину герцогу. Вашему брату, в этом я ничуть не сомневаюсь…» Юлию II удалось отобрать у Альфонсо все земли, кроме Ардженты, Комаккьо и самой Феррары, но Альфонсо приготовился сражаться до конца. Он заключил договор о перемирии с Венецией и нанял четыре тысячи итальянских и немецких солдат. Франческо Гонзага, однако, думал, что с Феррарой покончено, и посоветовал своему родственнику, Федерико Гонзага да Боццоло, прекратить помощь Альфонсо, чтобы не потерять собственное государство.
Франческо хотел, чтобы Лукреция приехала к нему в Мантую. 22 декабря он написал архидьякону Габбионете: «Я хочу быть уверенным в одном: герцогиня Феррары всегда полностью мне доверяла, и к ней как к женщине я испытываю огромное сочувствие и хочу всегда доставлять ей удовольствие. Если она приедет к нам без мужа и детей, нам следует вести себя с ней так, чтобы не разгневать Его Святейшество…» Согласилась ли Лукреция с его планом, мы никогда не узнаем. Скорее всего, мечта Франческо была мечтой больного и одинокого человека. Впрочем, конфиденциальная переписка продолжалась: 9 января 1513 года она передала записку с одним из своих придворных, Пьетро Джорджио (Лампуньяно?), под прикрытием другого письма. Судя по всему, Франческо тоже посылал ей конфиденциальные записки, потому что 4 февраля она написала, опять собственноручно, что рада была получить от синьора Толомео (Спаньоле) хорошую новость о его выздоровлении. Хорошо также, что к нему вернулся Лоренцо Строцци: он лично будет рассказывать Франческо о ее чувствах.
Взаимоотношения между Франческо и Изабеллой дошли до разрыва. Теперь они, по сути, жили порознь: она — в герцогском дворце, а он — в своем дворце Сан-Себастьяно. По словам Луцио, они не спали друг с другом с 1509 года «из страха заразиться сифилисом». Изабелла наслаждалась независимостью и властью, пока Франческо сидел в тюрьме. Франческо был связан с папой военным долгом и интересами своего государства, а Изабелла тем временем осуществляла дипломатическую политику, завязывала важные отношения с единственной целью — спасти род Эсте. У Франческо имелась собственное окружение, враждебно к ней настроенное, в том числе секретарь, Толомео Спаньоле, а также Вито Кампосампьеро, находившийся в тот момент в Риме. В начале нового 1513 года Изабелла, по обоюдному соглашению, оставила Мантую, как высказался Луцио, «чтобы сохранить мир». Она собиралась в Милане принять участие в карнавальных празднествах вместе с племянником, герцогом Массимильяно Сфорца, сыном ее сестры Беатриче и Лодовико Моро. Недавно ему разрешили вернуться. В Милане она сказала Альфонсо, что постарается воспользоваться своим влиянием на испанского вице-короля Рамона Кардона, представителя императора, кардинала-епископа Гуарко и, конечно же, на своего племянника герцога. Накануне отъезда, 8 января, она написала Ипполито: «Папа хочет забрать себе все владения рода Эсте, поскорее бы Господь прибрал его, и я надеюсь, что так и будет…»
Желание Изабеллы и в самом деле скоро исполнилось. В ночь с 20 на 21 февраля 1513 года Юлий II очень вовремя умер в Ватикане. Феррара была спасена. До своей кончины он заключил соглашение с императором Максимилианом, что тот не будет помогать Альфонсо д'Эсте, и в конце января Людовик XII, главный защитник Альфонсо, направил в Рим посла для мирных переговоров. 31 января, по слухам, папа, несмотря на свою болезнь, «не думал ни о чем, кроме Феррары». Слабость не помешала ему впасть в гнев, когда он услышал, что некоторые кардиналы устроили банкет. Он воспринял это как празднество по случаю недалекой своей смерти. Учитель Федерико Гонзага, Стацио Гадио, сообщил, что он был «ужаснее, чем всегда», метал громы и молнии на «трусливое стадо», кричал: пусть, мол, не радуются раньше времени, он «еще жив и всех их убьет», особенно это «животное», кардинала Агененсиса, устроителя пиршества. Этот приступ гнева был последним в его жизни. Почувствовав себя лучше, он решил выпить вина, и перепробовал не менее восьми его сортов. В результате у него началась горячка, от которой он так и не оправился.
Покровитель Микеланджело, Рафаэля и Браманте, Юлий II был выдающейся личностью в светском понимании, настоящим ренессансным понтификом. Бывший Джулиано делла Ровере не был приспособлен для религиозной жизни. Как писал Гвиччардини, великим папой считали его те, кто «оценивает понтифика по количеству созданного при нем оружия, по объему крови, пролитой христианами, по вмешательству Ватикана в жизнь людей, вместо того чтобы судить его по настоящим делам, по собственному его примеру, по заботе о тех, кто отстал, упал и не может подняться, по спасению душ. Как же можно тогда утверждать, что Христос назначил папу своим викарием на земле?». Затем Гвиччардини добавил, что Юлий был бы «и в самом деле достоин великой славы, если бы был светским правителем». Санудо выразил свое мнение с точки зрения венецианца: он не видел в Юлии патриота, каким он часто представлялся. «Этот папа, — писал он, — стал причиной поражения Италии. Жаль, что Господь не послал ему смерть пять лет назад: это послужило бы благу христиан и бедной Италии». Один лишь ксенофобский его клич «Долой варваров! [то есть иностранцев]» послужил развязыванию бесконечных войн, принесших разруху Риму.